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- PDB-5svc: Mechanism of ATP-Dependent Acetone Carboxylation, Acetone Carboxy... -
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Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5svc | ||||||
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Title | Mechanism of ATP-Dependent Acetone Carboxylation, Acetone Carboxylase nucleotide-free structure | ||||||
![]() | (Acetone carboxylase ...) x 3 | ||||||
![]() | LIGASE / Acetone Carboxylase / acetoacetate | ||||||
Function / homology | ![]() acetone carboxylase / acetone carboxylase activity / cellular detoxification of acetone / 5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing) activity / glutathione metabolic process / ATP binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Eilers, B.J. / Mus, F. / Alleman, A.B. / Kabasakal, B.V. / Murray, J.W. / Nocek, B.P. / Dubois, J.L. / Peters, J.W. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Structural Basis for the Mechanism of ATP-Dependent Acetone Carboxylation. Authors: Mus, F. / Eilers, B.J. / Alleman, A.B. / Kabasakal, B.V. / Wells, J.N. / Murray, J.W. / Nocek, B.P. / DuBois, J.L. / Peters, J.W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 1 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 494.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 548.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 111.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 152.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Acetone carboxylase ... , 3 types, 6 molecules ADBECF
#1: Protein | Mass: 86440.250 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC BAA-1158 / Py2 / Gene: acxB, Xaut_3510 / Production host: ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 79793.102 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC BAA-1158 / Py2 / Gene: acxA, Xaut_3509 / Production host: ![]() ![]() #3: Protein | Mass: 19798.723 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC BAA-1158 / Py2 / Gene: acxC, Xaut_3511 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 4 types, 117 molecules ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.4 Å3/Da / Density % sol: 63.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.7 Details: 12-18%PEG 3350 and 0.2M MgSO4, pH and cryo was the addition of 15% glycerol PH range: 6.3-7.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 20, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.987 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→39 Å / Num. obs: 247620 / % possible obs: 93 % / Redundancy: 4.7 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 10.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.75 Å / Redundancy: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.827 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / CC1/2: 0.725 / % possible all: 93.4 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→38.899 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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