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Yorodumi- PDB-4gxu: Crystal structure of antibody 1F1 bound to the 1918 influenza hem... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4gxu | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of antibody 1F1 bound to the 1918 influenza hemagglutinin | ||||||||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / viral fusion protein / immunoglobulin / virus attachment and entry / immune recognition / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationviral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
| Biological species | ![]() Influenza A virus Homo sapiens (human) | ||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.294 Å | ||||||||||||
Authors | Ekiert, D.C. / Wilson, I.A. | ||||||||||||
Citation | Journal: Plos Pathog. / Year: 2012Title: Influenza Human Monoclonal Antibody 1F1 Interacts with Three Major Antigenic Sites and Residues Mediating Human Receptor Specificity in H1N1 Viruses. Authors: Tsibane, T. / Ekiert, D.C. / Krause, J.C. / Martinez, O. / Crowe, J.E. / Wilson, I.A. / Basler, C.F. | ||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4gxu.cif.gz | 1.9 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4gxu.ent.gz | 1.6 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4gxu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4gxu_validation.pdf.gz | 2 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4gxu_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | |
| Data in XML | 4gxu_validation.xml.gz | 168.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 4gxu_validation.cif.gz | 220.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/4gxu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/4gxu | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4gxvSC ![]() 4gxxC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Hemagglutinin ... , 2 types, 12 molecules ACEGIKBDFHJL
| #1: Protein | Mass: 36452.797 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: UNP residues 18-344 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Influenza A virus / Strain: A/South Carolina/1/1918 H1N1 / Gene: HA / Cell line (production host): High5 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: Q9WFX3#2: Protein | Mass: 20093.121 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: UNP residues 345-520 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Influenza A virus / Strain: A/South Carolina/1/1918 H1N1 / Gene: HA / Cell line (production host): High5 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: Q9WFX3 |
|---|
-Antibody , 2 types, 12 molecules MOQSUWNPRTVX
| #3: Antibody | Mass: 24914.973 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): 293 Freestyle / Production host: Homo sapiens (human)#4: Antibody | Mass: 22788.197 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): 293 Freestyle / Production host: Homo sapiens (human) |
|---|
-Sugars , 2 types, 18 molecules 
| #5: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #6: Sugar | ChemComp-NAG / |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.64 Å3/Da / Density % sol: 66.2 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.9 Details: 8.5% PEG6000, 100 mM Tris, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 70 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL11-1 / Wavelength: 0.979 Å |
| Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jan 9, 2009 |
| Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.294→50 Å / Num. obs: 108722 / % possible obs: 80.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 104.24 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 14.2 |
| Reflection shell | Resolution: 3.294→3.42 Å / Redundancy: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.52 / % possible all: 34.9 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 4GXV Resolution: 3.294→35.036 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.14 / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.34 / Phase error: 34.18 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 1.2 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 308.71 Å2 / Biso mean: 109.4148 Å2 / Biso min: 18.36 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.294→35.036 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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