PDB-6yr3: 1.48 Angstrom Resolution Crystal Structure of Transaldolase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yr3

タイトル

1.48 Angstrom Resolution Crystal Structure of Transaldolase from Thermoplasma acidophilum in complex with D-fructose 6-phosphate Schiff-base intermediate

要素

Probable transaldolase

キーワード

TRANSFERASE / ALPHA-BETA BARREL / CONFORMATIONAL SELECTION / DOMAIN SWAPPING / TIM BARREL / SCHIFF BASE / Large-scale motions / Substrate binding / rate-determining product release

機能・相同性

機能・相同性情報

transaldolase / transaldolase activity / aldehyde-lyase activity / pentose-phosphate shunt / carbohydrate metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermoplasma acidophilum (好酸性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.48 Å

データ登録者

Sautner, V. / Tittmann, K.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Large-scale motions underlie physical but not chemical steps in transaldolase mechanism: Substrate binding by conformational selection and rate-determining product release
著者: Sautner, V. / Lietzow, T.H. / Klaus, M. / Funk, L.M. / Tittmann, K.

履歴

登録	2020年4月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yr3.cif.gz	490.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yr3.ent.gz	406.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yr3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/6yr3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/6yr3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yreC 6yrhC 6yrmC 6yrtC 6ys0C 3s0cS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3s1x-1 3s0c-1 3s1v-1 4xz9-1 3s1w-1 3s1u-1 5zol-d 4rxf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Probable transaldolase

B: Probable transaldolase

C: Probable transaldolase

D: Probable transaldolase

E: Probable transaldolase

ヘテロ分子

125 kDa, 5 ポリマー
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1

A: Probable transaldolase

B: Probable transaldolase

C: Probable transaldolase

D: Probable transaldolase

E: Probable transaldolase

ヘテロ分子

A: Probable transaldolase

B: Probable transaldolase

C: Probable transaldolase

D: Probable transaldolase

E: Probable transaldolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
249 kDa, 10 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	148.510, 172.200, 100.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-302- GOL
2	1	C-303- ACT
3	1	C-303- ACT
4	1	A-507- HOH
5	1	C-566- HOH
6	1	E-585- HOH

#1: タンパク質	Probable transaldolase 分子量: 24494.545 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (strain ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165) (好酸性) 遺伝子: tal, Ta0616 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HKI3, transaldolase
#2: 化合物	ChemComp-F6R / FRUCTOSE -6-PHOSPHATE / フルクト-ス6-りん酸分子量: 260.136 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 955 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 188 mM ammonium acetate pH 4.4, 10% (w/v) PEG 6000 and 25% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.82661 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.82661 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.48→32.288 Å / Num. obs: 208603 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.229 % / B_iso Wilson estimate: 24.09 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.043 / R_rim(I) all: 0.052 / Χ²: 1.096 / Net I/σ(I): 11.46 / Num. measured all: 673583 / Scaling rejects: 22

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.48-1.58	3.056	0.662	1.85	37430	0.639	0.804	99.5
1.58-1.68	3.369	0.369	3.53	29095	0.838	0.443	99.6
1.68-1.81	3.266	0.205	5.7	28816	0.935	0.248	99.3
1.81-2	3.401	0.115	9.55	29272	0.979	0.138	99.1
2-3	3.207	0.049	17.65	58805	0.996	0.059	96.1
3-3.5	3.171	0.037	26.39	9327	0.996	0.044	97
3.5-4	3.023	0.035	28	5067	0.996	0.042	93.1
4-4.5	3.082	0.033	30.3	3112	0.996	0.04	95
4.5-14	3.183	0.03	33.06	7416	0.998	0.035	96.6
14-17	3.233	0.023	37.82	120	0.999	0.027	93.8
17-50	2.93	0.025	31.96	143	0.999	0.031	85.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3S0C

3s0c

解像度: 1.48→32.288 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1862	10502	5.04 %
R_work	0.1601	-	-
obs	0.1614	208550	97.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 1.3 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 96.87 Å² / B_iso mean: 34.4768 Å² / B_iso min: 16.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.48→32.288 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8595	0	139	961	9695
B_iso mean	-	-	31.67	43.22	-
残基数	-	-	-	-	1115

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.48-1.4968	0.3213	380	0.3153	6507	98
1.4968-1.5144	0.307	385	0.2891	6646	100
1.5144-1.5329	0.2806	358	0.2684	6686	100
1.5329-1.5523	0.2759	348	0.2629	6649	100
1.5523-1.5727	0.2737	356	0.2527	6681	100
1.5727-1.5943	0.2995	349	0.2494	6686	100
1.5943-1.617	0.2755	349	0.2299	6649	100
1.617-1.6412	0.237	350	0.2171	6631	100
1.6412-1.6668	0.241	353	0.2058	6703	100
1.6668-1.6942	0.2337	351	0.1972	6659	99
1.6942-1.7234	0.215	349	0.1912	6620	98
1.7234-1.7547	0.2162	345	0.1812	6631	100
1.7547-1.7884	0.2073	356	0.1793	6712	100
1.7884-1.8249	0.2064	353	0.1726	6709	100
1.8249-1.8646	0.2067	351	0.1716	6701	100
1.8646-1.908	0.2245	349	0.1677	6641	99
1.908-1.9557	0.1885	352	0.1733	6632	99
1.9557-2.0086	0.1932	348	0.1622	6629	99
2.0086-2.0677	0.183	342	0.1594	6502	97
2.0677-2.1344	0.1901	341	0.1563	6504	97
2.1344-2.2107	0.1698	344	0.1483	6500	97
2.2107-2.2992	0.1718	347	0.1475	6571	97
2.2992-2.4038	0.1861	344	0.1588	6560	97
2.4038-2.5304	0.1943	341	0.1562	6489	96
2.5304-2.6889	0.1799	332	0.1538	6304	94
2.6889-2.8964	0.1839	336	0.1564	6374	94
2.8964-3.1876	0.2	348	0.1587	6612	97
3.1876-3.6484	0.1758	347	0.1545	6605	97
3.6484-4.5944	0.1545	339	0.1336	6438	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.531	-0.4092	-0.5851	1.8363	0.7352	1.0058	-0.1276	0.1748	-0.4467	-0.0164	0.0699	0.143	0.6115	-0.1835	-0.0041	0.4744	-0.0444	0.0395	0.2787	-0.0871	0.3485	4.5922	-73.4246	-0.6567
2	1.2343	-0.007	-0.3853	0.3613	0.4031	1.8766	-0.132	0.1762	-0.7518	-0.1485	0.0623	-0.1491	0.7599	0.0977	0.0256	0.5278	0.0178	0.0757	0.3797	-0.1635	0.4286	12.006	-73.357	-8.3168
3	1.2219	0.3028	-0.1111	1.5095	-0.2213	1.3851	-0.0454	0.4484	-0.2044	-0.3342	0.0436	-0.0832	0.1841	0.1148	0.0165	0.37	0.0022	0.0398	0.4495	-0.0977	0.268	12.4273	-60.1918	-14.1518
4	3.5014	0.2732	1.504	2.4357	0.3074	3.8797	0.1039	0.1757	0.3052	-0.2621	0.068	-0.1509	-0.4338	-0.0377	-0.1179	0.3534	0.0257	0.0665	0.4476	0.0041	0.2326	13.014	-49.1159	-14.8261
5	0.717	0.2753	-0.2341	1.1847	0.4013	0.9031	0.0505	0.23	-0.0777	-0.1825	0.0135	0.0123	0.0906	-0.0501	-0.0292	0.2344	-0.0042	0.0024	0.2978	-0.0296	0.2002	9.7299	-51.8653	-5.0811
6	1.5102	-0.9054	0.5153	0.9175	-0.5237	0.5458	-0.015	-0.0429	-0.0736	0.0236	0.0343	-0.0056	-0.0428	0.1113	-0.0213	0.2041	-0.0184	0.0012	0.2526	-0.0158	0.2181	10.2525	-51.2494	8.7883
7	0.2577	0.2328	-0.3326	1.1654	-0.2616	0.6605	-0.0118	0.0271	-0.0559	-0.0458	0.0179	0.0758	0.013	-0.0663	-0.0111	0.178	-0.0065	-0.006	0.2224	-0.0292	0.2092	4.4217	-56.3032	6.2691
8	0.7787	0.0726	-0.7917	0.0689	0.0894	1.2189	-0.081	-0.0113	-0.3484	-0.2051	0.0771	-0.0216	0.4034	0.0639	-0.0251	0.2666	0.0049	-0.0081	0.2195	-0.0328	0.301	3.7811	-69.1681	8.4687
9	3.0576	1.3839	0.3608	1.5575	-0.083	0.6725	0.0411	-0.0893	-0.7636	0.048	-0.0275	0.2437	0.49	-0.1961	0.0056	0.4062	-0.0744	-0.0333	0.2931	0.0069	0.5781	-14.032	-85.3977	21.5791
10	1.0259	0.0342	-1.1779	0.6352	0.0755	1.8727	0.0556	0.1695	-0.1775	-0.1454	-0.0664	-0.1431	0.0758	0.3153	-0.0235	0.3232	-0.0125	0.0808	0.4382	0.0185	0.2843	18.4485	-33.2138	-11.1524
11	1.1858	0.7445	-0.1439	1.6188	-0.203	0.6979	0.1377	0.2493	0.1024	-0.1869	-0.0786	-0.4757	-0.1934	0.5683	-0.0489	0.36	-0.0688	0.1028	0.4901	0.0644	0.3248	21.2744	-23.354	-10.5157
12	2.3753	1.6257	0.2206	3.2285	-0.7088	1.1771	0.0513	0.4317	0.1161	-0.3849	-0.1577	-0.2634	-0.2075	0.4004	0.0054	0.4135	-0.0115	0.1185	0.6274	0.1248	0.2933	18.0009	-21.9845	-18.9776
13	1.606	-0.3872	0.1319	1.8953	0.4013	1.3431	0.1329	0.4724	0.3487	-0.2329	-0.1387	0.0361	-0.5564	0.0861	-0.0271	0.4682	-0.0222	0.0646	0.3843	0.113	0.2725	8.29	-15.3689	-10.7242
14	3.4364	0.0516	0.6854	3.65	0.115	4.5034	0.3431	0.041	0.3663	0.2055	-0.1189	0.3447	-0.5272	-0.2439	-0.1138	0.5102	0.0514	0.0658	0.2943	0.1121	0.4171	-0.2006	-11.631	-5.0313
15	0.5774	0.0025	-0.515	0.9975	0.1208	1.1644	0.0344	0.1818	0.1546	-0.1677	-0.0325	0.0465	-0.2412	-0.0474	-0.006	0.3322	0.0054	0.0288	0.2451	0.0488	0.2332	3.3999	-20.044	-0.2584
16	2.0092	0.4079	0.2047	0.3706	-0.0066	0.251	0.1134	-0.0436	-0.0151	0.1272	-0.0443	-0.0618	-0.1305	0.0745	-0.06	0.2967	-0.0232	0.0089	0.2198	0.0054	0.2143	7.7911	-27.5338	10.412
17	0.5997	-0.4023	-0.4219	0.7765	0.1354	0.5749	0.0309	0.0792	0.0763	-0.0317	-0.0356	-0.0435	-0.1093	0.0344	0.0017	0.2545	-0.0203	0.0073	0.2219	-0	0.2089	7.0152	-31.7081	3.8963
18	0.1345	0.2732	-0.046	1.1237	-0.6797	0.5643	0.1628	0.2959	-0.0608	-0.2148	-0.1646	-0.2093	0.0144	0.1769	-0.009	0.2544	0.0089	0.0351	0.3447	0.001	0.2466	17.5218	-37.4908	-2.0139
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21	0.5025	-0.1364	0.2867	1.0621	-0.0245	0.2911	-0.0663	0.1245	0.5832	-0.0629	-0.0659	-0.1077	-0.8398	0.1972	0.0995	0.7365	0.0789	-0.0096	0.2424	0.0489	0.47	-13.6825	0.7987	15.177
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48	3.4105	-1.2486	0.4249	1.1711	-0.2357	1.0633	-0.039	-0.487	0.0048	0.177	0.0907	0.512	-0.0332	-0.5887	-0.0146	0.2719	0.0315	0.0327	0.5735	0.0313	0.3705	-42.5201	-46.4653	42.594

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 19 )	A	1 - 19
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3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 53 through 90 )	A	53 - 90
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 91 through 102 )	A	91 - 102
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 103 through 132 )	A	103 - 132
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 133 through 156 )	A	133 - 156
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 157 through 180 )	A	157 - 180
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 181 through 198 )	A	181 - 198
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 199 through 223 )	A	199 - 223
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 1 through 19 )	B	1 - 19
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 20 through 41 )	B	20 - 41
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 42 through 52 )	B	42 - 52
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 53 through 90 )	B	53 - 90
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 91 through 102 )	B	91 - 102
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 103 through 132 )	B	103 - 132
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 133 through 156 )	B	133 - 156
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 157 through 180 )	B	157 - 180
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 181 through 198 )	B	181 - 198
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 199 through 223 )	B	199 - 223
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 1 through 19 )	C	1 - 19
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 20 through 41 )	C	20 - 41
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 42 through 65 )	C	42 - 65
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 66 through 90 )	C	66 - 90
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 91 through 124 )	C	91 - 124
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 125 through 142 )	C	125 - 142
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 143 through 180 )	C	143 - 180
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 181 through 198 )	C	181 - 198
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'C' and (resid 199 through 223 )	C	199 - 223
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 1 through 19 )	D	1 - 19
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 20 through 41 )	D	20 - 41
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 42 through 52 )	D	42 - 52
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 53 through 90 )	D	53 - 90
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34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 103 through 132 )	D	103 - 132
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 133 through 156 )	D	133 - 156
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'D' and (resid 157 through 180 )	D	157 - 180
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'D' and (resid 181 through 198 )	D	181 - 198
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'D' and (resid 199 through 223 )	D	199 - 223
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 1 through 19 )	E	1 - 19
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'E' and (resid 20 through 41 )	E	20 - 41
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'E' and (resid 42 through 52 )	E	42 - 52
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'E' and (resid 53 through 90 )	E	53 - 90
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'E' and (resid 91 through 102 )	E	91 - 102
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'E' and (resid 103 through 124 )	E	103 - 124
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'E' and (resid 125 through 142 )	E	125 - 142
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'E' and (resid 143 through 180 )	E	143 - 180
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'E' and (resid 181 through 198 )	E	181 - 198
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'E' and (resid 199 through 223 )	E	199 - 223

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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