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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yo9 | ||||||
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タイトル | Product bound structure of the Ectoine utilization protein EutD (DoeA) from Halomonas elongata | ||||||
![]() | Ectoine hydrolase DoeA | ||||||
![]() | HYDROLASE / EutE / ADABA / ectoine / compatible solutes | ||||||
機能・相同性 | ![]() ectoine hydrolase / ectoine catabolic process / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amides / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / hydrolase activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mais, C.-N. / Altegoer, F. / Bange, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Degradation of the microbial stress protectants and chemical chaperones ectoine and hydroxyectoine by a bacterial hydrolase-deacetylase complex. 著者: Mais, C.N. / Hermann, L. / Altegoer, F. / Seubert, A. / Richter, A.A. / Wernersbach, I. / Czech, L. / Bremer, E. / Bange, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 178.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 138.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 48.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44995.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A1B8NWR1, UniProt: E1V7W1*PLUS, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.07 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M trisodium citrate, 20 % (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月16日 |
放射 | モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.399→50 Å / Num. obs: 60665 / % possible obs: 99.14 % / 冗長度: 14.7 % / Biso Wilson estimate: 46.24 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1901 / Rpim(I) all: 0.05096 / Net I/σ(I): 12.02 |
反射 シェル | 解像度: 2.399→2.484 Å / Num. unique obs: 5767 / CC1/2: 0.766 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6TWJ 解像度: 2.4→19.39 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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原子変位パラメータ | Biso mean: 52.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.39 Å
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拘束条件 |
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