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- PDB-6twl: Apo structure of the Ectoine utilization protein EutE (DoeB) from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6twl
タイトルApo structure of the Ectoine utilization protein EutE (DoeB) from Ruegeria pomeroyi
要素N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase
キーワードHYDROLASE / Pita bread / ectoine degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / hydrolase activity, acting on ester bonds / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
N-alpha-acetyl diaminobutyrate deacetylase DoeB / N-alpha-acetyl diaminobutyric acid deacetylase-like / : / : / Succinylglutamate desuccinylase/Aspartoacylase catalytic domain / AstE/AspA barrel-sandwich hybrid domain / Zn peptidases / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Ruegeria pomeroyi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mais, C.-N. / Altegoer, F. / Bange, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Degradation of the microbial stress protectants and chemical chaperones ectoine and hydroxyectoine by a bacterial hydrolase-deacetylase complex.
著者: Mais, C.N. / Hermann, L. / Altegoer, F. / Seubert, A. / Richter, A.A. / Wernersbach, I. / Czech, L. / Bremer, E. / Bange, G.
履歴
登録2020年1月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1471
ポリマ－35,1471
非ポリマー00
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13850 Å2
2
A: N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,8826
ポリマ－210,8826
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
crystal symmetry operation10_555-y,-x,-z+1/21
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_545x,x-y-1,-z+1/21
Buried area16310 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area66780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.190, 99.190, 134.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Space group name HallP6c2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z
#10: -y,-x,-z+1/2
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase


分子量: 35146.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ruegeria pomeroyi (strain ATCC 700808 / DSM 15171 / DSS-3) (バクテリア)
遺伝子: doeB, SPO1139 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5LUB5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1 M Bicine pH 9.0, 20% (wt/vol) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→46.54 Å / Num. obs: 27066 / % possible obs: 99.48 % / 冗長度: 21 % / Biso Wilson estimate: 61.44 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0626 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 1.99→2.06 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 2612 / CC1/2: 0.551

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CDX

3cdx


解像度: 2→46.54 Å / SU ML: 0.3627 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 41.4651
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2949 1350 5.01 %
Rwork0.2447 25613 -
obs0.2471 26963 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 80.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→46.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2327 0 0 14 2341
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00482376
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91313226
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0664367
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006424
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.1452328
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.070.51841310.48242481X-RAY DIFFRACTION98.86
2.07-2.150.50971320.41562518X-RAY DIFFRACTION99.74
2.15-2.250.44871320.41892498X-RAY DIFFRACTION98.98
2.25-2.370.37161300.33192484X-RAY DIFFRACTION98.72
2.37-2.520.35281330.30732520X-RAY DIFFRACTION99.44
2.52-2.710.34991340.29832532X-RAY DIFFRACTION99.59
2.71-2.990.31591360.28862571X-RAY DIFFRACTION99.78
2.99-3.420.35071360.27662587X-RAY DIFFRACTION99.85
3.42-4.310.27951380.22232625X-RAY DIFFRACTION100
4.31-46.540.24731480.20512797X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.46305524758-0.423369995415-0.6007375205313.3784841617-0.2576629820353.48608874598-0.0736020360214-0.140385084179-0.2124217889470.1189278232570.0127267541179-0.1881993652210.4684897332050.02182569559570.05293693322780.6904021599480.00805140724325-0.0547598809110.641689953883-0.06687412440490.59762918445222.6284393529-38.344763437115.5715812437
22.438821405011.10420542042-0.2389478208713.14160982262.490148982632.24378012878-0.2493626050640.3383326376590.193418894399-0.3228849323760.18660695151-0.338967006556-0.2384512582910.3633186456110.03552832962820.6323715505730.0171641213271-0.06749036159220.831953989175-0.02086460390580.64669303718227.1029401508-24.289321841811.3281147527
30.8226199299581.048362909470.8501978034012.991986261731.871155912391.15984823832-0.08047950834310.05634646939080.305277046888-0.150393559289-0.07059671455960.443772840449-0.176303245719-0.08953518172960.1819583854980.6226660457190.0357098139581-0.1114558055550.727483204916-0.03594503637680.6662823734221.4421332519-14.502431326718.5981689597
42.37538453940.8218078191340.2238319413093.574162046440.2270421615743.16422486991-0.08898281310970.4390563523550.272297868694-0.02056322458740.02548747950710.0341032385856-0.3532650994590.7124925699480.006838605964410.6491051194270.0242714236199-0.08217170906480.643420457721-0.0008677113116180.64787941874234.480278811-2.3086862842526.9467595861
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 87 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 88 through 193 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 194 through 281 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 282 through 328 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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