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Yorodumi- PDB-6twm: Product bound structure of the Ectoine utilization protein EutE (... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6twm | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Product bound structure of the Ectoine utilization protein EutE (DoeB) from Ruegeria pomeroyi | |||||||||
Components | N-acetyl-L-2,4-diaminobutyric acid deacetylase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / ectoine degradation / zinc-dependent / deacetylase | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationhydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / hydrolase activity, acting on ester bonds / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Ruegeria pomeroyi (bacteria) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | |||||||||
Authors | Mais, C.-N. / Altegoer, F. / Bange, G. | |||||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2020Title: Degradation of the microbial stress protectants and chemical chaperones ectoine and hydroxyectoine by a bacterial hydrolase-deacetylase complex. Authors: Mais, C.N. / Hermann, L. / Altegoer, F. / Seubert, A. / Richter, A.A. / Wernersbach, I. / Czech, L. / Bremer, E. / Bange, G. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6twm.cif.gz | 1.7 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6twm.ent.gz | 1.2 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6twm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6twm_validation.pdf.gz | 2.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6twm_full_validation.pdf.gz | 2.4 MB | Display | |
| Data in XML | 6twm_validation.xml.gz | 175.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 6twm_validation.cif.gz | 226.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/6twm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/6twm | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6twjC ![]() 6twkC ![]() 6twlSC ![]() 6yo9C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
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Components
| #1: Protein | Mass: 36046.902 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Ruegeria pomeroyi (strain ATCC 700808 / DSM 15171 / DSS-3) (bacteria)Gene: doeB, SPO1139 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-DAB / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 43.9 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.1 M Bicine pH 9.0, 20% (wt/vol) PEG 6000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.2 / Wavelength: 0.9184 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Mar 16, 2019 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.5→46.64 Å / Num. obs: 122999 / % possible obs: 98.59 % / Redundancy: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 40.03 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.213 / Net I/σ(I): 5.69 |
| Reflection shell | Resolution: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 1.275 / Mean I/σ(I) obs: 0.97 / Num. unique obs: 12342 / CC1/2: 0.421 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 6TWL Resolution: 2.5→46.64 Å / SU ML: 0.4195 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 29.6699
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 49.99 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→46.64 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Ruegeria pomeroyi (bacteria)
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