[日本語] English
万見
- PDB-3usc: Crystal Structure of E. coli hydrogenase-1 in a ferricyanide-oxid... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3usc
タイトルCrystal Structure of E. coli hydrogenase-1 in a ferricyanide-oxidized form
要素(Hydrogenase-1 ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / MEMBRANE-BOUND HYDROGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrogen metabolic process / fermentation / anaerobic electron transport chain / hydrogenase (acceptor) / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / periplasmic side of plasma membrane / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration ...hydrogen metabolic process / fermentation / anaerobic electron transport chain / hydrogenase (acceptor) / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / periplasmic side of plasma membrane / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / cellular response to starvation / outer membrane-bounded periplasmic space / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B ...Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / : / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Few Secondary Structures / Irregular / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (III) ION / FE3-S4 CLUSTER / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON / : / FE4-S3 CLUSTER / IRON/SULFUR CLUSTER / Hydrogenase-1 large chain / Hydrogenase-1 small chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Volbeda, A. / Fontecilla-Camps, J.C. / Darnault, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: X-ray crystallographic and computational studies of the O2-tolerant [NiFe]-hydrogenase 1 from Escherichia coli.
著者: Volbeda, A. / Amara, P. / Darnault, C. / Mouesca, J.M. / Parkin, A. / Roessler, M.M. / Armstrong, F.A. / Fontecilla-Camps, J.C.
履歴
登録2011年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月18日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
S: Hydrogenase-1 small chain
L: Hydrogenase-1 large chain
T: Hydrogenase-1 small chain
M: Hydrogenase-1 large chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,09428
ポリマ－203,1324
非ポリマー3,96124
水22,1941232
1
S: Hydrogenase-1 small chain
L: Hydrogenase-1 large chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,43613
ポリマ－101,5662
非ポリマー1,87011
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10790 Å2
ΔGint-158 kcal/mol
Surface area26250 Å2
手法PISA
2
T: Hydrogenase-1 small chain
M: Hydrogenase-1 large chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,65715
ポリマ－101,5662
非ポリマー2,09113
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11000 Å2
ΔGint-176 kcal/mol
Surface area26260 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27040 Å2
ΔGint-367 kcal/mol
Surface area47260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.170, 98.160, 183.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11S
21T
12S
22T
13L
23M

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111S5 - 92
2111T5 - 92
1213S93
2213T93
1311S94 - 100
2311T94 - 100
1413S101
2413T101
1511S102 - 124
2511T102 - 124
1613S125
2613T125
1711S126 - 173
2711T126 - 173
1813S174 - 175
2813T174 - 175
1911S343 - 404
2911T343 - 404
1121S176 - 202
2121T176 - 202
1223S203
2223T203
1321S204 - 269
2321T204 - 269
1421S341 - 402
2421T341 - 402
1131L2 - 5
2131M2 - 5
1233L6
2233M6
1331L7 - 39
2331M7 - 39
1433L40
2433M40
1531L41 - 97
2531M41 - 97
1633L98
2633M98
1731L99 - 134
2731M99 - 134
1833L135
2833M135
1931L136 - 138
2931M136 - 138
11033L139
21033M139
11131L140
21131M140
11233L141 - 143
21233M141 - 143
11331L144 - 170
21331M144 - 170
11433L171 - 175
21433M171 - 175
11531L176 - 316
21531M176 - 316
11633L317
21633M317
11731L318 - 331
21731M318 - 331
11833L332 - 333
21833M332 - 333
11931L334 - 379
21931M334 - 379
12033L380
22033M380
12131L381 - 382
22131M381 - 382
12233L383 - 387
22233M383 - 387
12331L388 - 423
22331M388 - 423
12436L424 - 433
22436M424 - 433
12531L434 - 487
22531M434 - 487
12633L488 - 489
22633M488 - 489
12731L490 - 518
22731M490 - 518
12833L519
22833M519
12931L520 - 702
22931M520 - 703

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
詳細THE TWO DESCRIBED BIOMOLECULES 1 AND 2 ARE RELATED BY NON-CRYSTALLOGRAPHIC TWOFOLD SYMMETRY. IT IS PLAUSIBLE THAT TOGETHER THEY FORM A FUNCTIONAL TETRAMER (WHICH MAY ALSO BE DESCRIBED AS A DIMER OF HETERO-DIMERS, BIOMOLECULE 3).

-
要素

-
Hydrogenase-1 ... , 2種, 4分子 STLM

#1: タンパク質 Hydrogenase-1 small chain


分子量: 36814.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MC4100 / 遺伝子: b0972, hyaA, JW0954 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): FTH004 / 参照: UniProt: P69739, hydrogenase (acceptor)
#2: タンパク質 Hydrogenase-1 large chain


分子量: 64751.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MC4100 / 遺伝子: b0973, hyaB, JW0955 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): FTH004 / 参照: UniProt: P0ACD8, hydrogenase (acceptor)

-
糖 , 1種, 2分子

#6: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 10種, 1254分子

#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#5: 化合物 ChemComp-SF3 / FE4-S3 CLUSTER


分子量: 319.575 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S3
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 化合物 ChemComp-FCO / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON


分子量: 135.890 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3FeN2O
#10: 化合物 ChemComp-3NI / NICKEL (III) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#11: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#12: 化合物 ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン


分子量: 6.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

非ポリマーの詳細SF3 DESIGNATES A FE4-S3 CLUSTER IN A VERY OXIDIZED STATE WITH TOTAL CORE CHARGE OF +5 RELATIONSHIP ...SF3 DESIGNATES A FE4-S3 CLUSTER IN A VERY OXIDIZED STATE WITH TOTAL CORE CHARGE OF +5 RELATIONSHIP BETWEEN ATOMS IN SF3 AND F4S (REDUCED FORM OF THE FE4-S3 CLUSTER WITH TOTAL CORE CHARGE OF +4 OR +3): FS4 ATOMS FE1, FE2, FE3, FE4, S1, S2 AND S3 CORRESPOND TO SF3 ATOMS FE4, FE1, FE3, FE7, S2, S3 AND S1, RESPECTIVELY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.8
詳細: PEG4000, LiSO4, ferricyanide, OH-NQ, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月5日 / 詳細: focusing mirrors
放射モノクロメーター: Silicon (1 1 1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→100 Å / Num. all: 189394 / Num. obs: 101239 / % possible obs: 85.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.893 % / Biso Wilson estimate: 17.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 12.06
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2-2.10.3693.86926025600184.6
2.1-2.240.2745.048019128997185.6
2.24-2.410.2166.527519426751185.8
2.41-2.640.1628.437586026304186.4
2.64-2.930.12111.046585022368186
2.93-3.380.08115.386343421101185.6
3.38-4.120.05122.345231017384184.2
4.12-5.80.03529.964213413574183.2
5.8-200.02638.03231407156180.3
20-300.0243.44396123175.9
30-1000.02339.39236157.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
REFMAC5.5.0109位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: structure of as-isolated hydrogenase-1 refined at 1.67A resolution

解像度: 2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / WRfactor Rfree: 0.1556 / WRfactor Rwork: 0.126 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.9146 / SU B: 6.711 / SU ML: 0.084 / SU R Cruickshank DPI: 0.1915 / SU Rfree: 0.1482 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: TLS refinement, + tight NCS restraints
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1769 5076 5 %RANDOM
Rwork0.1406 ---
all0.1424 101213 --
obs0.1424 101213 87.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 45.92 Å2 / Biso mean: 11.328 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20 Å2-0 Å2
2--0.72 Å20 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13182 0 116 1232 14530
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02214107
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2591.9519252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.74951819
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.96223.861663
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.771152288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.815101
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.22054
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02110971
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0671.58636
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6952.513991
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.735471
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.09155168
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1S1295TIGHT POSITIONAL0.10.2
1S15LOOSE POSITIONAL12
1S1295TIGHT THERMAL0.411
1S15LOOSE THERMAL0.4710
2S762TIGHT POSITIONAL0.130.2
2S5LOOSE POSITIONAL0.12
2S762TIGHT THERMAL0.421
2S5LOOSE THERMAL0.4910
3L4281TIGHT POSITIONAL0.080.2
3L173LOOSE POSITIONAL0.722
3L4281TIGHT THERMAL0.421
3L173LOOSE THERMAL0.4710
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 372 -
Rwork0.179 7101 -
all-7473 -
obs-7101 89.09 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.27790.0584-0.1130.13670.04680.7717-0.03020.0294-0.0802-0.01560.0022-0.01010.1027-0.01360.0280.0422-0.00970.01050.0052-0.00840.0541-10.897-16.1895-22.8383
20.4525-0.0713-0.01210.3884-0.27850.78430.00350.01490.00930.01770.0090.0475-0.0354-0.2002-0.01250.0110.00770.00310.0646-0.00360.0255-26.95522.8366-10.034
30.2869-0.0712-0.00990.24290.02740.499-0.00140.03630.0146-0.0270.0034-0.0649-0.06450.0748-0.00190.0223-0.01730.00610.02040.00240.04020.53555.7757-26.0635
40.2324-0.04670.05710.15780.04380.8734-0.0213-0.04130.08930.0272-0.0071-0.0293-0.13210.02360.02840.0716-0.0064-0.01430.0108-0.01360.0729-8.539613.912424.4723
50.36390.0420.07060.5654-0.10090.5728-0.0065-0.00870.02790.00230.01320.0884-0.0382-0.166-0.00670.01190.009-0.0010.0499-0.00150.0255-27.6829-1.667111.2885
60.34580.07550.04120.20780.03110.48380.0003-0.0436-0.00950.0379-0.0067-0.05460.04050.07460.00640.01950.0086-0.01130.01930.00330.0337-1.507-9.684627.9063
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1S4 - 175
2X-RAY DIFFRACTION1S403 - 404
3X-RAY DIFFRACTION2S176 - 268
4X-RAY DIFFRACTION2S401 - 402
5X-RAY DIFFRACTION3L2 - 582
6X-RAY DIFFRACTION3L601 - 603
7X-RAY DIFFRACTION3L701 - 705
8X-RAY DIFFRACTION4T4 - 175
9X-RAY DIFFRACTION4T403 - 404
10X-RAY DIFFRACTION5T176 - 268
11X-RAY DIFFRACTION5T401 - 402
12X-RAY DIFFRACTION6M2 - 582
13X-RAY DIFFRACTION6M601 - 603
14X-RAY DIFFRACTION6M702 - 706

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る