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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ylb | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the SAM-SAH riboswitch with SAM | |||||||||
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![]() | RNA / Pseudoknot / SAM / Riboswitch | |||||||||
機能・相同性 | S-ADENOSYLMETHIONINE / RNA / RNA (> 10)![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Huang, L. / Lilley, D.M.J. | |||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure and ligand-induced folding of the SAM/SAH riboswitch. 著者: Huang, L. / Liao, T.W. / Wang, J. / Ha, T. / Lilley, D.M.J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 365.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 251 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 8389.874 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() #2: RNA鎖 | 分子量: 2895.791 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() #3: 化合物 | ChemComp-SAM / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.4 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.01 M Magnesium Sulfate, 0.05 M Sodium Cacodylate pH 6.0, 1.8 M Lithium Sulfate monohydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9119 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.12→75.04 Å / Num. obs: 98596 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 57.35 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 7.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.12→2.16 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 1.15 / Num. unique obs: 2658 / CC1/2: 0.36 / Rpim(I) all: 0.76 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6YL5 解像度: 2.12→37.46 Å / SU ML: 0.4024 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.9422 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 83.79 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.12→37.46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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