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Yorodumi- PDB-6ymm: Crystal structure of the SAM-SAH riboswitch with SAM from space g... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ymm | |||||||||
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Title | Crystal structure of the SAM-SAH riboswitch with SAM from space group P312 | |||||||||
Components |
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Keywords | RNA / Pseudoknot / SAM / Riboswitch | |||||||||
Function / homology | S-ADENOSYLMETHIONINE / RNA / RNA (> 10) Function and homology information | |||||||||
Biological species | Roseobacter sp. (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.2 Å | |||||||||
Authors | Huang, L. / Lilley, D.M.J. | |||||||||
Funding support | United Kingdom, China, 2items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2020 Title: Crystal structure and ligand-induced folding of the SAM/SAH riboswitch. Authors: Huang, L. / Liao, T.W. / Wang, J. / Ha, T. / Lilley, D.M.J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ymm.cif.gz | 109.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ymm.ent.gz | 71.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ymm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6ymm_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6ymm_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 6ymm_validation.xml.gz | 5.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6ymm_validation.cif.gz | 7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/6ymm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/6ymm | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6yl5C 6ylbC 6ymiC 6ymjC 6ymkC 6ymlC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: RNA chain | Mass: 8389.874 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Roseobacter sp. (bacteria) #2: RNA chain | Mass: 2895.791 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Roseobacter sp. (bacteria) #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-NA / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.72 Å3/Da / Density % sol: 66.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 0.01 M Magnesium Sulfate, 0.05 M Sodium Cacodylate pH 6.0, 1.8 M Lithium Sulfate monohydrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.9198 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 21, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9198 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→76.08 Å / Num. obs: 32912 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 14.2 % / Biso Wilson estimate: 61.11 Å2 / CC1/2: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 14.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.24 Å / Redundancy: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 801 / CC1/2: 0.696 / Rpim(I) all: 0.52 / % possible all: 95.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.2→38.18 Å / SU ML: 0.4099 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 34.4545
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 78.92 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→38.18 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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