+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ylb | |||||||||
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Title | Crystal structure of the SAM-SAH riboswitch with SAM | |||||||||
Components |
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Keywords | RNA / Pseudoknot / SAM / Riboswitch | |||||||||
Function / homology | S-ADENOSYLMETHIONINE / RNA / RNA (> 10) Function and homology information | |||||||||
Biological species | Roseobacter sp. (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.12 Å | |||||||||
Authors | Huang, L. / Lilley, D.M.J. | |||||||||
Funding support | United Kingdom, China, 2items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2020 Title: Crystal structure and ligand-induced folding of the SAM/SAH riboswitch. Authors: Huang, L. / Liao, T.W. / Wang, J. / Ha, T. / Lilley, D.M.J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ylb.cif.gz | 365.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ylb.ent.gz | 251 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ylb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/6ylb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/6ylb | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6yl5SC 6ymiC 6ymjC 6ymkC 6ymlC 6ymmC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: RNA chain | Mass: 8389.874 Da / Num. of mol.: 6 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Roseobacter sp. (bacteria) #2: RNA chain | Mass: 2895.791 Da / Num. of mol.: 6 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Roseobacter sp. (bacteria) #3: Chemical | ChemComp-SAM / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.66 Å3/Da / Density % sol: 66.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.01 M Magnesium Sulfate, 0.05 M Sodium Cacodylate pH 6.0, 1.8 M Lithium Sulfate monohydrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 0.9119 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Dec 1, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9119 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.12→75.04 Å / Num. obs: 98596 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 57.35 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 7.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.12→2.16 Å / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 1.15 / Num. unique obs: 2658 / CC1/2: 0.36 / Rpim(I) all: 0.76 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6YL5 Resolution: 2.12→37.46 Å / SU ML: 0.4024 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 31.9422 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 83.79 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.12→37.46 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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