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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6yl5 | |||||||||
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| Title | Crystal structure of the SAM-SAH riboswitch with SAH | |||||||||
Components | Chains: A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L | |||||||||
Keywords | RNA / Pseudoknot / SAM / Riboswitch | |||||||||
| Function / homology | S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / RNA / RNA (> 10) Function and homology information | |||||||||
| Biological species | Roseobacter sp. (bacteria) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.7 Å | |||||||||
Authors | Huang, L. / Lilley, D.M.J. | |||||||||
| Funding support | United Kingdom, China, 2items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2020Title: Crystal structure and ligand-induced folding of the SAM/SAH riboswitch. Authors: Huang, L. / Liao, T.W. / Wang, J. / Ha, T. / Lilley, D.M.J. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6yl5.cif.gz | 382.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6yl5.ent.gz | 258.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6yl5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6yl5_validation.pdf.gz | 2.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6yl5_full_validation.pdf.gz | 2.9 MB | Display | |
| Data in XML | 6yl5_validation.xml.gz | 20.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 6yl5_validation.cif.gz | 29.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/6yl5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/6yl5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6ylbC ![]() 6ymiC ![]() 6ymjC ![]() 6ymkC ![]() 6ymlC ![]() 6ymmC C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
-RNA chain , 1 types, 12 molecules ABCDEFGHIJKL
| #1: RNA chain | Mass: 11330.620 Da / Num. of mol.: 12 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Roseobacter sp. (bacteria) |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 564 molecules 








| #2: Chemical | ChemComp-SAH / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-NA / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.66 Å3/Da / Density % sol: 66 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 0.01 M Magnesium Sulfate, 0.05 M Sodium Cacodylate pH 6.0, 1.8 M Lithium Sulfate monohydrate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 0.912 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Dec 1, 2019 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.912 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.7→74.75 Å / Num. obs: 190284 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 3.39 % / Biso Wilson estimate: 34.22 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 7.3 |
| Reflection shell | Resolution: 1.7→1.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.942 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4855 / CC1/2: 0.5 / Rpim(I) all: 0.586 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.7→74.61 Å / SU ML: 0.2066 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 22.1816
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 49.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→74.61 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Roseobacter sp. (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
United Kingdom,
China, 2items
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