+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6yl5 | |||||||||
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Title | Crystal structure of the SAM-SAH riboswitch with SAH | |||||||||
Components | Chains: A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L | |||||||||
Keywords | RNA / Pseudoknot / SAM / Riboswitch | |||||||||
Function / homology | S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / RNA / RNA (> 10) Function and homology information | |||||||||
Biological species | Roseobacter sp. (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.7 Å | |||||||||
Authors | Huang, L. / Lilley, D.M.J. | |||||||||
Funding support | United Kingdom, China, 2items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2020 Title: Crystal structure and ligand-induced folding of the SAM/SAH riboswitch. Authors: Huang, L. / Liao, T.W. / Wang, J. / Ha, T. / Lilley, D.M.J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6yl5.cif.gz | 380.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6yl5.ent.gz | 267.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6yl5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/6yl5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/6yl5 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6ylbC 6ymiC 6ymjC 6ymkC 6ymlC 6ymmC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-RNA chain , 1 types, 12 molecules ABCDEFGHIJKL
#1: RNA chain | Mass: 11330.620 Da / Num. of mol.: 12 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Roseobacter sp. (bacteria) |
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-Non-polymers , 5 types, 564 molecules
#2: Chemical | ChemComp-SAH / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-NA / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.66 Å3/Da / Density % sol: 66 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 0.01 M Magnesium Sulfate, 0.05 M Sodium Cacodylate pH 6.0, 1.8 M Lithium Sulfate monohydrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 0.912 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Dec 1, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.912 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→74.75 Å / Num. obs: 190284 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 3.39 % / Biso Wilson estimate: 34.22 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 7.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.942 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4855 / CC1/2: 0.5 / Rpim(I) all: 0.586 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.7→74.61 Å / SU ML: 0.2066 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 22.1816
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 49.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→74.61 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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