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- PDB-6yip: Structure of MKLP2 coiled coil -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yip
タイトルStructure of MKLP2 coiled coil
要素Kinesin-like protein KIF20A
キーワードCELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule motor activity => GO:0003777 / Mitotic Telophase/Cytokinesis / midbody abscission / microtubule bundle formation / Kinesins / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule motor activity / kinesin complex / intercellular bridge / microtubule-based movement ...microtubule motor activity => GO:0003777 / Mitotic Telophase/Cytokinesis / midbody abscission / microtubule bundle formation / Kinesins / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule motor activity / kinesin complex / intercellular bridge / microtubule-based movement / cleavage furrow / mitotic cytokinesis / MHC class II antigen presentation / regulation of cytokinesis / spindle / protein transport / midbody / microtubule binding / microtubule / protein kinase binding / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Kinesin-like protein KIF20A / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Kinesin-like protein KIF20A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Serena, M. / Elliott, P.R. / Barr, F.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UKC20079/A15940 英国
引用ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2020
タイトル: Molecular basis of MKLP2-dependent Aurora B transport from chromatin to the anaphase central spindle.
著者: Serena, M. / Bastos, R.N. / Elliott, P.R. / Barr, F.A.
履歴
登録2020年4月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinesin-like protein KIF20A
B: Kinesin-like protein KIF20A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2143
ポリマ－18,1542
非ポリマー601
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area9810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.240, 32.925, 159.735
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Kinesin-like protein KIF20A / GG10_2 / Mitotic kinesin-like protein 2 / MKlp2 / Rab6-interacting kinesin-like protein / Rabkinesin-6


分子量: 9076.976 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIF20A, MKLP2, RAB6KIFL / プラスミド: pFAT2 His6-GST / Cell (発現宿主): BL21 CodonPlus (DE3) RIL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95235
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.05 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 20% (w/v) PEG 4,000, 20 % (v/v) 2-propanol, 100 mM sodium citrate, pH 5.6.

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96862 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96862 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→79.87 Å / Num. obs: 11058 / % possible obs: 87.9 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 13.58 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.43→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 1.486 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 554 / CC1/2: 0.854

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
autoPROCdata processing
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LEF

5lef


解像度: 1.43→32.25 Å / SU ML: 0.2171 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 45.1804
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3204 521 4.72 %
Rwork0.2189 --
obs0.2239 11044 36.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 22.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.43→32.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1126 0 4 151 1281
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01351193
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.42351608
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0643171
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071216
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.2138792
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.43-1.580.2245150.3068272X-RAY DIFFRACTION3.86
1.58-1.80.4279470.3497850X-RAY DIFFRACTION12
1.8-2.270.32821210.27232920X-RAY DIFFRACTION40.26
2.27-32.250.3173380.20376481X-RAY DIFFRACTION86.23
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.0609921362575-0.0356710185776-0.0462560580082-0.0498891355943-0.004608876134390.01067618646320.129243492278-0.18801701557-0.04101363540940.0590739089107-0.1670846889410.04983131543640.0335998872007-0.0664486085394-0.0537564827843-0.1364693620010.2421448533870.228678102289-0.456890154666-0.291146803792-0.98726452446210.524236790810.678032144554.0663041528
20.104846799802-0.0227296398531-0.002602802019660.0307658353597-0.01909103533070.005337685431230.0858331465863-0.1651281227870.00416737632769-0.00152384188836-0.0839110759307-0.01968025075240.02967464031250.07365586747580.00329209639347-0.05235441452640.140268956678-0.0862513084893-0.2816792508980.249265735599-0.26314245767215.450863593515.816555391460.4225978305
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 594 through 664)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 602 through 701)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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