+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5lef | ||||||
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Title | Rab6A:Kif20A complex | ||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN TRANSPORT / Rab GTPase / kinesin / motor / protein complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information peptidyl-cysteine methylation / minus-end-directed organelle transport along microtubule / protein localization to Golgi membrane / Mitotic Telophase/Cytokinesis / endosome to plasma membrane transport vesicle / early endosome to Golgi transport / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / acrosomal membrane / Kinesins / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic ...peptidyl-cysteine methylation / minus-end-directed organelle transport along microtubule / protein localization to Golgi membrane / Mitotic Telophase/Cytokinesis / endosome to plasma membrane transport vesicle / early endosome to Golgi transport / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / acrosomal membrane / Kinesins / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / protein localization to Golgi apparatus / Pre-NOTCH Processing in Golgi / intra-Golgi vesicle-mediated transport / midbody abscission / RAB geranylgeranylation / myosin V binding / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / MHC class II antigen presentation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / microtubule bundle formation / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / retrograde transport, endosome to Golgi / TBC/RABGAPs / kinesin complex / microtubule motor activity / intercellular bridge / microtubule-based movement / mitotic cytokinesis / antigen processing and presentation / endomembrane system / localization / secretory granule membrane / trans-Golgi network membrane / regulation of cytokinesis / intracellular protein transport / trans-Golgi network / spindle / neuron projection development / protein transport / midbody / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / microtubule / protein domain specific binding / Golgi membrane / GTPase activity / Neutrophil degranulation / GTP binding / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.088 Å | ||||||
Authors | Bressanelli, G. / Pylypenko, O. / Houdusse, A. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2017 Title: Coupling fission and exit of RAB6 vesicles at Golgi hotspots through kinesin-myosin interactions. Authors: Miserey-Lenkei, S. / Bousquet, H. / Pylypenko, O. / Bardin, S. / Dimitrov, A. / Bressanelli, G. / Bonifay, R. / Fraisier, V. / Guillou, C. / Bougeret, C. / Houdusse, A. / Echard, A. / Goud, B. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5lef.cif.gz | 270.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5lef.ent.gz | 221.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5lef.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/5lef ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/5lef | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2gilS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 21866.986 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: RAB6A, RAB6 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P20340 #2: Protein | Mass: 7968.855 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Kif20a, Rab6kifl / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P97329 |
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-Non-polymers , 6 types, 260 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-GOL / | #7: Chemical | ChemComp-IPA / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: Hepes 0.1M, Ammonium Sulfate 0.2M, PEG 8K 24%, Isopropanol 2% |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.976273 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 24, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976273 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.088→44.8 Å / Num. obs: 34406 / % possible obs: 96.9 % / Redundancy: 3.6 % / Net I/σ(I): 14.11 |
Reflection shell | Resolution: 2.088→2.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.733 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2GIL Resolution: 2.088→44.793 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / Phase error: 19.54
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.088→44.793 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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