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万見
- PDB-6ybh: Deoxyribonucleoside Kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ybh
タイトルDeoxyribonucleoside Kinase
要素Deoxynucleoside kinase
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxynucleoside kinase / Pyrimidine salvage / deoxynucleoside kinase activity / uridine kinase activity / nucleoside salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / thymidine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity ...deoxynucleoside kinase / Pyrimidine salvage / deoxynucleoside kinase activity / uridine kinase activity / nucleoside salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / thymidine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / cytidine kinase activity / DNA biosynthetic process / kinase activity / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Deoxynucleoside kinase / : / Deoxynucleoside kinase domain / Deoxynucleoside kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pyrrolo-dC / Deoxynucleoside kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Allouche-Arnon, H. / Bar-Shir, A. / Dym, O.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC) イスラエル
引用ジャーナル: Nat.Biotechnol. / 年: 2022
タイトル: Computationally designed dual-color MRI reporters for noninvasive imaging of transgene expression.
著者: Allouche-Arnon, H. / Khersonsky, O. / Tirukoti, N.D. / Peleg, Y. / Dym, O. / Albeck, S. / Brandis, A. / Mehlman, T. / Avram, L. / Harris, T. / Yadav, N.N. / Fleishman, S.J. / Bar-Shir, A.
履歴
登録2020年3月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年11月17日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / audit_author ...atom_site / audit_author / chem_comp / citation_author / database_2 / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / entity / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_solvent_atom_site_mapping / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / refine_analyze / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _audit_author.identifier_ORCID / _audit_author.name / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2
改定 2.12022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxynucleoside kinase
B: Deoxynucleoside kinase
C: Deoxynucleoside kinase
D: Deoxynucleoside kinase
E: Deoxynucleoside kinase
F: Deoxynucleoside kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,68144
ポリマ－160,0596
非ポリマー4,62238
水1,72996
1
A: Deoxynucleoside kinase
C: Deoxynucleoside kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,02416
ポリマ－53,3532
非ポリマー1,67114
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6530 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area20070 Å2
手法PISA
2
B: Deoxynucleoside kinase
D: Deoxynucleoside kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,92415
ポリマ－53,3532
非ポリマー1,57113
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6080 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area20410 Å2
手法PISA
3
E: Deoxynucleoside kinase
F: Deoxynucleoside kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,73213
ポリマ－53,3532
非ポリマー1,37911
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5750 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area19580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)190.929, 190.929, 115.461
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質
Deoxynucleoside kinase / Deoxyribonucleoside kinase / Dm-dNK / Multispecific deoxynucleoside kinase


分子量: 26676.555 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: dnk, CG5452 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XZT6, deoxynucleoside kinase
#2: 化合物
ChemComp-8LK / Pyrrolo-dC / 3-[(2R,4S,5R)-(hydroxymethyl)-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]-6-methyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-2-one / 6-Methyl-3-(beta-D-2-deoxyribofuranosyl)pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-2-one / N-Pyrrolo-2'-deoxycytidine


分子量: 265.265 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H15N3O4
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 0.1M KNa Tarta

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→42.66 Å / Num. obs: 61274 / % possible obs: 99.78 % / 冗長度: 14.8 % / CC1/2: 0.799 / Net I/σ(I): 40.13
反射 シェル解像度: 2.4→2.486 Å / Num. unique obs: 6142 / CC1/2: 0.67

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VP0

2vp0


解像度: 2.4→42.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 9.317 / SU ML: 0.214 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.427 / ESU R Free: 0.276
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2625 2939 4.8 %RANDOM
Rwork0.2056 ---
obs0.2083 58409 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 174.64 Å2 / Biso mean: 39.963 Å2 / Biso min: 13.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.05 Å2-0.52 Å20 Å2
2---1.05 Å20 Å2
3---3.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→42.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10475 0 285 96 10856
Biso mean--65.28 29.78 -
残基数----1284
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01310992
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0179876
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.631.65614905
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2711.57922882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.27951274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.17122.584592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.494151889
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9271566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21409
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211923
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022297
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 184 -
Rwork0.252 4345 -
all-4529 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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