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Yorodumi- PDB-4py2: Crystal structure of methionyl-tRNA synthetase MetRS from Brucell... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4py2 | ||||||
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Title | Crystal structure of methionyl-tRNA synthetase MetRS from Brucella melitensis in complex with inhibitor 1-{3-[(3,5-DICHLOROBENZYL)AMINO]PROPYL}-3-THIOPHEN-3-YLUREA | ||||||
Components | Methionine--tRNA ligase | ||||||
Keywords | ligase/ligase inhibitor / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / ligase / Methionyl-tRNA synthetase / ligase-ligase inhibitor complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information methionine-tRNA ligase / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Brucella melitensis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.15 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2016 Title: Brucella melitensis Methionyl-tRNA-Synthetase (MetRS), a Potential Drug Target for Brucellosis. Authors: Ojo, K.K. / Ranade, R.M. / Zhang, Z. / Dranow, D.M. / Myers, J.B. / Choi, R. / Nakazawa Hewitt, S. / Edwards, T.E. / Davies, D.R. / Lorimer, D. / Boyle, S.M. / Barrett, L.K. / Buckner, F.S. ...Authors: Ojo, K.K. / Ranade, R.M. / Zhang, Z. / Dranow, D.M. / Myers, J.B. / Choi, R. / Nakazawa Hewitt, S. / Edwards, T.E. / Davies, D.R. / Lorimer, D. / Boyle, S.M. / Barrett, L.K. / Buckner, F.S. / Fan, E. / Van Voorhis, W.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4py2.cif.gz | 586.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4py2.ent.gz | 482.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4py2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4py2_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4py2_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 4py2_validation.xml.gz | 55.4 KB | Display | |
Data in CIF | 4py2_validation.cif.gz | 79.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/4py2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/4py2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4dlpC 5k0sC 5k0tC 4lne C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 508 / Label seq-ID: 24 - 529
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 60337.766 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Brucella melitensis (bacteria) / Strain: 2308 / Gene: metG, BAB1_1014 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q2YQ76, methionine-tRNA ligase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 Details: CSHTa10: 0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium acetate trihydrate, pH 4.6. 30% PEG-4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97857 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 26, 2014 / Details: Beryllium Lenses | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97857 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.15→97.43 Å / Num. all: 90572 / Num. obs: 88924 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 38.461 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 0.964 / Net I/σ(I): 15.76 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: 4LNE 4lne Resolution: 2.15→97.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / WRfactor Rfree: 0.2032 / WRfactor Rwork: 0.1686 / FOM work R set: 0.8488 / SU B: 10.191 / SU ML: 0.132 / SU R Cruickshank DPI: 0.2286 / SU Rfree: 0.1768 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.177 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 99.02 Å2 / Biso mean: 35.976 Å2 / Biso min: 15.21 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→97.43 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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