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Yorodumi- PDB-5k0t: Crystal structure of methionyl-tRNA synthetase MetRS from Brucell... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5k0t | |||||||||
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Title | Crystal structure of methionyl-tRNA synthetase MetRS from Brucella melitensis in complex with inhibitor Chem 1415 | |||||||||
Components | Methionine--tRNA ligase | |||||||||
Keywords | LIGASE / SSGCID / MetRS / methionyl-tRNA synthetase / Brucella melitensis / protein biosynthesis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | |||||||||
Function / homology | Function and homology information methionine-tRNA ligase / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Brucella suis biovar 1 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.6 Å | |||||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2016 Title: Brucella melitensis Methionyl-tRNA-Synthetase (MetRS), a Potential Drug Target for Brucellosis. Authors: Ojo, K.K. / Ranade, R.M. / Zhang, Z. / Dranow, D.M. / Myers, J.B. / Choi, R. / Nakazawa Hewitt, S. / Edwards, T.E. / Davies, D.R. / Lorimer, D. / Boyle, S.M. / Barrett, L.K. / Buckner, F.S. ...Authors: Ojo, K.K. / Ranade, R.M. / Zhang, Z. / Dranow, D.M. / Myers, J.B. / Choi, R. / Nakazawa Hewitt, S. / Edwards, T.E. / Davies, D.R. / Lorimer, D. / Boyle, S.M. / Barrett, L.K. / Buckner, F.S. / Fan, E. / Van Voorhis, W.C. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5k0t.cif.gz | 566.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5k0t.ent.gz | 464.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5k0t.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5k0t_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5k0t_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 5k0t_validation.xml.gz | 50.2 KB | Display | |
Data in CIF | 5k0t_validation.cif.gz | 69.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/5k0t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/5k0t | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4dlpC 4py2C 5k0sC 4lne C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: _
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 60337.766 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: BrabA.10201.a.A1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Brucella suis biovar 1 (strain 1330) (bacteria) Strain: 1330 / Gene: metG, BR0995, BS1330_I0991 / Plasmid: BrabA.10201.a.A1metG / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P59078, methionine-tRNA ligase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.61 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: BrabA.10201.a.A1.PW37326 at 21.4 mg/ml was mixed 1:1 with PACT(c2): 100 mM PCB buffer, pH=5.0, 25% (w/v) PEG-1500, cryoprotected with 20% ethylene glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jan 29, 2014 / Details: Beryllium Lenses | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. obs: 49660 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 47.423 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 10.12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: 4LNE 4lne Resolution: 2.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.866 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.831 / SU B: 33.135 / SU ML: 0.33 / SU R Cruickshank DPI: 1.9694 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.969 / ESU R Free: 0.377 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 148.89 Å2 / Biso mean: 49.76 Å2 / Biso min: 22.51 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.6→50 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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