PDB-6yb3: Crystal structure of a native BcsRQ complex purified and crystall...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yb3

タイトル

Crystal structure of a native BcsRQ complex purified and crystallized in the absence of nucleotide

要素

Bacterial cellulose secretion regulator BcsQ
Bacterial cellulose secretion regulator BcsR

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Bacterial biofilms / Bacterial cellulose / Bacterial secretion system / ATP binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial cellulose biosynthetic process / negative regulation of cell division / cytoplasmic side of plasma membrane / cell division / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.59 Å

データ登録者

Caleechurn, M. / Abidi, W. / Zouhir, S. / Roche, S. / Krasteva, P.V.

資金援助

5件

組織	認可番号	国
ATIP-Avenir
European Research Council (ERC)	BioMatrix, ERC StG #757507
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Institute for Integrative Biology of the Cell (I2BC)
European Institute of Chemistry and Biology (IECB)

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Architecture and regulation of an enterobacterial cellulose secretion system.
著者: Wiem Abidi / Samira Zouhir / Meryem Caleechurn / Stéphane Roche / Petya Violinova Krasteva /

要旨: Many free-living and pathogenic enterobacteria secrete biofilm-promoting cellulose using a multicomponent, envelope-embedded Bcs secretion system under the control of intracellular second messenger c- ...

履歴

登録	2020年3月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yb3.cif.gz	302.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yb3.ent.gz	203.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yb3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6yb3_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yb3_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	6yb3_validation.xml.gz	23.8 KB	表示
CIF形式データ	6yb3_validation.cif.gz	33.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/6yb3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/6yb3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	10799C 11356C 11836C 6yarSC 6yayC 6yb5C 6ybbC 6ybuC 6yg8C 6tj0 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6yay-d 6yar-d 2rif-d 5d5q-d 3wb1-d 1gw0-2 5isx-1 3r6g-d 3cy5-d 2wgu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bacterial cellulose secretion regulator BcsQ

B: Bacterial cellulose secretion regulator BcsQ

C: Bacterial cellulose secretion regulator BcsR

D: Bacterial cellulose secretion regulator BcsR

ヘテロ分子

73.6 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, SEC-MALS measurements confirmed the existence of a stable and monodisperse BcsR2Q2 heterotetramer in solution.

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.000, 78.990, 66.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.258, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Bacterial cellulose secretion regulator BcsQ / Cellulose biosynthesis protein BcsQ / Cellulose synthase operon protein YhjQ / Cellulose synthase / putative 分子量: 29245.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Bacterial cellulose synthesis subunit Q. The coding region corresponding to the BcsRQ tandem was cloned into the pET21b expression vector with a C-terminal hexahistidine tag on BcsQ. The ...詳細: Bacterial cellulose synthesis subunit Q. The coding region corresponding to the BcsRQ tandem was cloned into the pET21b expression vector with a C-terminal hexahistidine tag on BcsQ. The protein complex was purified and crystallised in absence of nucleotide 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: bcsQ, yhjQ, A8C65_00290, ACU57_05335, BMT91_17060, BON75_10030, BvCmsHHP019_01723, BvCmsSINP011_05061, C2U48_15650, D3O91_11725, D9H68_14440, D9I18_15755, D9I97_13990, DAH34_22885, DAH37_ ...遺伝子: bcsQ, yhjQ, A8C65_00290, ACU57_05335, BMT91_17060, BON75_10030, BvCmsHHP019_01723, BvCmsSINP011_05061, C2U48_15650, D3O91_11725, D9H68_14440, D9I18_15755, D9I97_13990, DAH34_22885, DAH37_19450, E2127_16420, E2128_18010, E2129_18145, E2134_17810, EAI42_04085, EC1094V2_71, NCTC10429_00778, NCTC11022_03734, NCTC9058_01652 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B1KWQ0, UniProt: P0DP92*PLUS
#2: タンパク質	Bacterial cellulose secretion regulator BcsR / FIG004405: Putative cytoplasmic protein / Protein YhjR / Protein of uncharacterized function (DUF2629) 分子量: 7022.876 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Bacterial cellulose synthesis subunit R / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: yhjR, A6V01_14365, A8C65_00295, A9R57_18690, AC789_1c39040, ACN002_3620, ACN68_06780, ACN81_08775, ACU57_05330, ACU90_15155, AM270_16530, AM464_10395, AMK83_17075, AML07_15400, APZ14_ ...遺伝子: yhjR, A6V01_14365, A8C65_00295, A9R57_18690, AC789_1c39040, ACN002_3620, ACN68_06780, ACN81_08775, ACU57_05330, ACU90_15155, AM270_16530, AM464_10395, AMK83_17075, AML07_15400, APZ14_14840, AUQ13_21010, AUS26_05355, AW106_19925, BANRA_02188, BANRA_03431, BANRA_04333, BANRA_04566, BB545_03705, BHS81_21135, BHS87_19835, BJJ90_00965, BK292_24575, BMT91_17065, BN17_34711, BOH76_20305, BON63_23095, BON69_12460, BON71_17720, BON72_13310, BON76_21180, BON94_21140, BON95_21275, BTQ06_14355, BUE81_10045, BvCms12BK_03867, BvCms2454_00062, BvCms28BK_00015, BvCmsHHP001_04915, BvCmsHHP019_01722, BvCmsHHP056_04702, BvCmsKKP036_02918, BvCmsKKP061_02263, BvCmsKSNP073_03410, BvCmsKSNP081_04400, BvCmsKSP011_02716, BvCmsKSP024_02867, BvCmsKSP026_02341, BvCmsKSP045_00352, BvCmsKSP067_01939, BvCmsNSNP036_04602, BvCmsNSP006_05307, BvCmsNSP047_03956, BvCmsNSP072_04054, BvCmsOUP014_03413, BvCmsSINP011_05062, BvCmsSIP019_02407, BvCmsSIP044_03516, BVL39_08345, BW690_01625, BZL31_14290, C2U48_15645, C5N07_21610, C5P01_24180, C6669_10230, C7235_01450, C7B02_19840, C9098_17010, C9114_22000, C9141_22075, C9160_22970, C9162_26275, C9182_22470, C9201_19395, C9306_17625, C9E25_16190, C9Z03_00095, C9Z28_19620, C9Z37_15395, C9Z39_13945, C9Z69_16745, C9Z89_13935, CA593_08480, CI641_010930, COD30_23820, COD46_13475, CR538_01230, CRD98_22705, CRM83_21580, CWS33_18425, D0X26_22825, D2184_20785, D2185_17650, D3821_09240, D3Y67_04435, D6T60_22230, D9D20_19605, D9E35_13135, D9H68_14435, D9I18_15750, D9I97_13985, D9J11_18915, D9J44_18935, D9K48_10615, D9K54_10550, DAH18_11545, DAH30_06135, DAH32_17855, DAH34_22880, DAH37_19445, DBQ99_02170, DEN89_25155, DEN97_17470, DEO04_20390, DEO19_17140, DIV22_07035, DJ503_16110, DL545_01700, DL800_25095, DP277_20930, DQF57_09495, DQO13_19235, DS732_25515, DTL43_22125, DXT69_13975, DXT71_18500, DXT73_16115, E0I42_16815, E0J34_09730, E0K84_22700, E2119_10885, E2127_16425, E2128_18015, E2129_18150, E2134_17815, E2135_13675, E2855_04489, E2863_04566, E3B71_14240, E5P22_13630, E5P28_15170, E5P37_17785, E5S35_16770, E5S47_16125, EAI42_04080, EC1094V2_70, EC3234A_62c00180, EC3426_04694, EC95NR1_02922, ED600_16775, EEP23_03690, EHH55_25990, EJC75_16880, EKI52_16535, EL75_0168, EL79_0179, EL80_0171, ELT20_13340, ELV08_08625, EPT01_13645, EQ825_24275, ERS085365_03384, ERS085374_03939, ERS085379_03461, ERS085416_01810, ERS139211_03246, EXX13_15900, EXX71_20125, EXX78_22145, EYD11_00910, EYY78_10840, F0312_08835, F1E03_18480, F1E19_10145, F7F23_20655, F7F29_18335, FORC82_0211, FQ915_11140, FQR64_01380, FRV13_18835, FTV90_03830, FTV92_19380, FV293_20875, FWK02_16270, FY127_16255, HW43_22525, NCTC10090_03288, NCTC10418_00365, NCTC10429_00777, NCTC10865_00350, NCTC11022_03735, NCTC11126_00353, NCTC11181_02507, NCTC11341_02195, NCTC13148_03788, NCTC8009_01140, NCTC8179_05669, NCTC8500_00017, NCTC8960_02842, NCTC8985_04684, NCTC9045_00297, NCTC9055_02150, NCTC9058_01653, NCTC9062_02927, NCTC9111_00632, NCTC9703_04725, NCTC9706_02488, PGD_04560, PU06_03455, RG28_22775, RK56_020175, RX35_03299, SAMEA3472043_03895, SAMEA3472055_04880, SAMEA3472070_03765, SAMEA3472114_02155, SAMEA3484427_00198, SAMEA3484429_02974, SAMEA3752553_00829, SAMEA3752557_03916, SAMEA3752559_00583, SAMEA3753064_01978, SAMEA3753290_02280, SAMEA3753300_03978, SK85_03853, UN86_19365, WQ89_12680, WR15_14750 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: J7QAC9, UniProt: P0ADJ3*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.91 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 15-22% PEG 2000, 100 mM MES or Bis-Tris with pH 5.5-6.5 and 0-7% glycerol or xylitol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.59→50 Å / Num. obs: 74677 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3.84 % / B_iso Wilson estimate: 26.41 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.46
反射シェル	解像度: 1.59→1.69 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.87 / Num. unique obs: 10322 / CC_1/2: 0.534 / % possible all: 82.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17rc2_3619	精密化
PHASER		位相決定
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
XDS		data processing

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6YAR

6yar

解像度: 1.59→46.67 Å / SU ML: 0.2408 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.2219

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2092	3725	5 %
R_work	0.1854	-	-
obs	0.1866	74483	95.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.59→46.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4482	0	64	216	4762

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0058	4765
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.808	6514
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0504	731
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0045	873
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.8982	2854

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.59-1.61	0.537	83	0.5572	1576	X-RAY DIFFRACTION	57.93
1.61-1.64	0.5133	121	0.5128	2219	X-RAY DIFFRACTION	81.79
1.64-1.66	0.5283	123	0.4668	2407	X-RAY DIFFRACTION	88.55
1.66-1.68	0.457	140	0.4351	2642	X-RAY DIFFRACTION	95.57
1.68-1.71	0.3975	140	0.3725	2645	X-RAY DIFFRACTION	97.93
1.71-1.73	0.3803	141	0.3593	2673	X-RAY DIFFRACTION	97.74
1.73-1.76	0.3534	141	0.3263	2690	X-RAY DIFFRACTION	98.64
1.76-1.79	0.32	143	0.3016	2681	X-RAY DIFFRACTION	98.33
1.79-1.83	0.2872	143	0.2913	2696	X-RAY DIFFRACTION	98.85
1.83-1.86	0.3307	141	0.2621	2666	X-RAY DIFFRACTION	98.32
1.86-1.9	0.2748	142	0.2346	2720	X-RAY DIFFRACTION	98.49
1.9-1.94	0.2428	138	0.2127	2661	X-RAY DIFFRACTION	98
1.94-1.98	0.2173	142	0.1822	2711	X-RAY DIFFRACTION	98.72
1.98-2.03	0.1982	143	0.1803	2689	X-RAY DIFFRACTION	98.3
2.03-2.09	0.1932	142	0.1711	2686	X-RAY DIFFRACTION	98.26
2.09-2.15	0.2118	141	0.1703	2668	X-RAY DIFFRACTION	98.32
2.15-2.22	0.2011	142	0.1723	2702	X-RAY DIFFRACTION	97.97
2.22-2.3	0.1876	141	0.1699	2689	X-RAY DIFFRACTION	98.16
2.3-2.39	0.2019	142	0.1683	2710	X-RAY DIFFRACTION	98.72
2.39-2.5	0.2573	142	0.175	2672	X-RAY DIFFRACTION	97.95
2.5-2.63	0.2007	143	0.1733	2713	X-RAY DIFFRACTION	98.82
2.63-2.8	0.2049	143	0.1711	2699	X-RAY DIFFRACTION	98.24
2.8-3.01	0.1923	143	0.1742	2687	X-RAY DIFFRACTION	98.26
3.01-3.32	0.2145	142	0.1732	2716	X-RAY DIFFRACTION	98.48
3.32-3.8	0.1835	140	0.1483	2709	X-RAY DIFFRACTION	97.87
3.8-4.78	0.1364	140	0.1427	2696	X-RAY DIFFRACTION	97.19
4.78-46.67	0.187	143	0.1755	2735	X-RAY DIFFRACTION	97.1

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
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精密化 TLSグループ

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13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 126 through 190 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 191 through 202 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 203 through 243 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 2 through 67 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 68 through 102 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 103 through 125 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 126 through 166 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 167 through 202 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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