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- PDB-3cy5: Crystal structure determination of buffalo (Bubalus bubalis) hemo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cy5
タイトルCrystal structure determination of buffalo (Bubalus bubalis) hemoglobin at 2 angstrom resolution
要素
  • Hemoglobin subunit alpha-2
  • Hemoglobin subunit beta
キーワードOxygen storage / Oxygen transport / BB Phenotype / Bubalus bubalis / Low oxygen-affinity / orthorhombic / methemoglobin / Heme / Iron / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


haptoglobin binding / organic acid binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle ...haptoglobin binding / organic acid binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha-2
類似検索 - 構成要素
生物種Bubalus bubalis (スイギュウ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Balasubramanian, M. / Sathya Moorthy, P. / Neelagandan, K. / Ponnuswamy, M.N.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure determination of hemoglobin from Buffalo (Bubalus bubalis) at 2 angstrom resolution
著者: Balasubramanian, M. / Sathya Moorthy, P. / Neelagandan, K. / Ponnuswamy, M.N.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Crystallization of sheep (Ovis aries) and goat (Capra hircus) haemoglobins under unbuffered low-salt conditions
著者: Neelagandan, K. / Sathya Moorthy, P. / Balasubramanian, M. / Ponnuswamy, M.N.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: Purification, crystallization and preliminary crystallographic study of low oxygen-affinity haemoglobin from cat (Felis silvestris catus) in two different crystal forms
著者: Balasubramanian, M. / Sathya Moorthy, P. / Neelagandan, K. / Ponnuswamy, M.N.
#3: ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 2009
タイトル: Preliminary Crystallographic Study of Hemoglobin from Buffalo (Bubalus bubalis): A Low Oxygen Affinity Species
著者: Balasubramanian, M. / Sathya Moorthy, P. / Neelagandan, K. / Ponnuswamy, M.N.
#4: ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 2009
タイトル: Purification, Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies on Goat (Capra hircus) Hemoglobin - A Low Oxygen Affinity Species
著者: Sathya Moorthy, P. / Neelagandan, K. / Balasubramanian, M. / Ponnuswamy, M.N.
履歴
登録2008年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22016年12月21日Group: Other
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha-2
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha-2
D: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6418
ポリマ－62,1754
非ポリマー2,4664
水5,567309
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10990 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area24050 Å2
手法PISA
2
A: Hemoglobin subunit alpha-2
B: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3204
ポリマ－31,0882
非ポリマー1,2332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4080 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area13540 Å2
手法PISA
3
C: Hemoglobin subunit alpha-2
D: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3204
ポリマ－31,0882
非ポリマー1,2332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area13430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.064, 74.677, 110.224
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha-2 / Hemoglobin alpha-2 chain / Alpha-2-globin / Ialpha2


分子量: 15077.112 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bubalus bubalis (スイギュウ) / Cell: Red blood cells (RBC) / 組織: blood / 参照: UniProt: Q9TSN8
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin beta chain / Beta-globin


分子量: 16010.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bubalus bubalis (スイギュウ) / Cell: Red blood cells (RBC) / 組織: blood / 参照: UniProt: P67820
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 50% PEG 3350, 50mM phosphate buffer pH 6.7, 1M Nacl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月11日 / 詳細: Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 34558 / 冗長度: 2.91 %
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.76 % / Rmerge(I) obs: 0.2946 / Mean I/σ(I) obs: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1g08

1g08


解像度: 2→29.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 12.511 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26969 3427 10 %RANDOM
Rwork0.19299 ---
obs0.20069 30810 95.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.325 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.87 Å20 Å20 Å2
2--0.51 Å20 Å2
3---1.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4390 0 172 309 4871
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0224706
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.212.0576428
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3045568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.97423.936188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.75615726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3691514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023552
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.22290
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.290.23176
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2235
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2610.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1550.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8561.52900
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.20324526
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.15132017
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0134.51894
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 262 -
Rwork0.252 2251 -
obs--96.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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