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万見
- PDB-5lfg: X-ray structure of a new fully ligated carbomonoxy form of Tremat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lfg
タイトルX-ray structure of a new fully ligated carbomonoxy form of Trematomus newnesi hemoglobin (Hb1TnCO).
要素
  • Hemoglobin subunit alpha-1
  • Hemoglobin subunit beta-1/2
キーワードOXYGEN TRANSPORT / globin fold
機能・相同性
機能・相同性情報


haptoglobin binding / organic acid binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / iron ion binding ...haptoglobin binding / organic acid binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit alpha-1 / Hemoglobin subunit beta-1/2
類似検索 - 構成要素
生物種Trematomus newnesi (魚類)
手法X線回折 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Vitagliano, L. / Mazzarella, L. / Merlino, A. / Vergara, A.
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2017
タイトル: Fine Sampling of the RT Quaternary-Structure Transition of a Tetrameric Hemoglobin.
著者: Vitagliano, L. / Mazzarella, L. / Merlino, A. / Vergara, A.
履歴
登録2016年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha-1
B: Hemoglobin subunit beta-1/2
C: Hemoglobin subunit alpha-1
D: Hemoglobin subunit beta-1/2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,47712
ポリマ－63,8994
非ポリマー2,5788
水3,837213
1
A: Hemoglobin subunit alpha-1
B: Hemoglobin subunit beta-1/2
ヘテロ分子

A: Hemoglobin subunit alpha-1
B: Hemoglobin subunit beta-1/2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,47712
ポリマ－63,8994
非ポリマー2,5788
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area12640 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area23180 Å2
手法PISA
2
C: Hemoglobin subunit alpha-1
D: Hemoglobin subunit beta-1/2
ヘテロ分子

C: Hemoglobin subunit alpha-1
D: Hemoglobin subunit beta-1/2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,47712
ポリマ－63,8994
非ポリマー2,5788
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area12090 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area22630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.206, 87.256, 109.648
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.81, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-355-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha-1 / Alpha-1-globin / Hemoglobin alpha-1 chain


分子量: 15703.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trematomus newnesi (魚類) / 参照: UniProt: P45718
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta-1/2 / Beta-1/2-globin / Hemoglobin beta-1/2 chain


分子量: 16246.427 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trematomus newnesi (魚類) / 参照: UniProt: P45720
#3: 化合物
ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#4: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.06 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microdialysis / pH: 8
詳細: Crystallization trials were performed under CO atmosphere. The dialysis technique was used to obtain protein crystals: the protein, in a 50 mM Tris pH 8.0 buffer with 2mM dithionite, with a ...詳細: Crystallization trials were performed under CO atmosphere. The dialysis technique was used to obtain protein crystals: the protein, in a 50 mM Tris pH 8.0 buffer with 2mM dithionite, with a concentration of 5 mg x ml-1, was separated by the precipitant reservoir (2.0 M ammonium sulphate, 2 mM dithionite) via a dialysis membrane with a 8000 Da cutoff. Single crystals of the carbomonoxylated Hb1Tn (Hb1TnCO), suitable for X-ray diffraction, were grown in a week (size 0,2 x 0,2 x 0,1 mm3).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→8 Å / Num. obs: 55016 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル最高解像度: 1.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.4 / % possible all: 80.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化解像度: 1.94→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 4479 -RANDOM
Rwork0.181 ---
obs--93.5 %-
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.94→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4461 0 180 213 4854

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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