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- PDB-3bom: Crystal structure of trout hemoglobin at 1.35 Angstrom resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bom
タイトルCrystal structure of trout hemoglobin at 1.35 Angstrom resolution
要素
  • Hemoglobin subunit alpha-4
  • Hemoglobin subunit beta-4
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / Fish Hemoglobin / Structural Genomics Community Request / Protein Structure Initiative / PSI-2 / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG / Heme / Iron / Metal-binding / Oxygen transport / Transport / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT complex
機能・相同性
機能・相同性情報


haptoglobin binding / organic acid binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily ...Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit beta-4 / Hemoglobin subunit alpha-4
類似検索 - 構成要素
生物種Oncorhynchus mykiss (アルビノ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Aranda IV, R. / Bingman, C.A. / Bitto, E. / Wesenberg, G.E. / Richards, M. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Trout Hemoglobin Crystal Structure at 1.35 Angstroms Resolution.
著者: Aranda IV, R. / Bingman, C.A. / Bitto, E. / Wesenberg, G.E. / Richards, M. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録2007年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年1月23日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha-4
B: Hemoglobin subunit beta-4
C: Hemoglobin subunit alpha-4
D: Hemoglobin subunit beta-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,49412
ポリマ－63,7804
非ポリマー2,7148
水14,718817
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.455, 63.162, 78.702
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.100, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha-4 / Hemoglobin alpha-4 chain / Alpha-4-globin


分子量: 15851.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oncorhynchus mykiss (アルビノ) / 組織: Blood / 参照: UniProt: P14527
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta-4 / Hemoglobin beta-4 chain / Beta-4-globin / Hemoglobin beta-IV chain


分子量: 16038.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oncorhynchus mykiss (アルビノ) / 組織: Blood / 参照: UniProt: P02141
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 817 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: Protein solution (15 mg/mL CO-bound trout IV Hemoglobin, 0.025 M Sodium chloride, 0.010 M Tris-HCl pH 8.0) was mixed one to one with carbon monoxide flushed well solution to yield a final ...詳細: Protein solution (15 mg/mL CO-bound trout IV Hemoglobin, 0.025 M Sodium chloride, 0.010 M Tris-HCl pH 8.0) was mixed one to one with carbon monoxide flushed well solution to yield a final concentration of 22.5% PEG 1500 and 0.04-0.06 M MES/Acetate at pH 5.7. The solutions were pH-ed to verify that the crystallization conditions were at pH 5.7 due to the lower buffer molarity. Crystals were cryo-protected with 22.5% PEG 1500, 22.5% Ethylene glycol, 0.04-0.06 M MES/Acetate at pH 5.7 in a single step, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月16日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry
放射モノクロメーター: Si(111) Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→39.294 Å / Num. obs: 120196 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Χ2: 1.403 / Net I/σ(I): 10.482
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.35-1.384.20.4592.30663750.62877.8
1.38-1.425.20.44173100.63789.3
1.42-1.4560.40478090.68695.4
1.45-1.56.80.34581470.77599.6
1.5-1.557.30.30382050.929100
1.55-1.67.40.26882041.058100
1.6-1.667.50.23582221.194100
1.66-1.747.50.21681901.43100
1.74-1.837.50.18781801.579100
1.83-1.957.50.16782171.938100
1.95-2.17.50.14682182.023100
2.1-2.317.50.14282522.045100
2.31-2.647.60.12982431.769100
2.64-3.337.50.11382811.793100
3.33-39.2947.30.08883431.44699

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.472 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.43
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å39.29 Å
Translation3 Å39.29 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
MAR345CCDデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1OUU

1ouu


解像度: 1.35→39.294 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / WRfactor Rfree: 0.227 / WRfactor Rwork: 0.178 / SU B: 2.373 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 6037 5.026 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.172 120109 97.384 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.186 Å20 Å2-0.778 Å2
2---1.58 Å20 Å2
3---1.682 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→39.294 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4496 0 188 817 5501
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224973
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1972.0656840
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5615618
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.81124.213197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.4715821
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1711520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2753
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023736
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.22685
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.23468
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1220.2657
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2520.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1160.250
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.111.53030
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.45924818
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.37632185
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3114.51991
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.35-1.3850.2653370.2496779908678.318
1.385-1.4230.274180.2187537883890.009
1.423-1.4640.2314180.197940863596.792
1.464-1.5090.2324280.1697922836599.821
1.509-1.5590.1953900.16377308120100
1.559-1.6130.1934000.15574347834100
1.613-1.6740.2063830.15971967579100
1.674-1.7430.2073800.16369087288100
1.743-1.820.2123020.16666806982100
1.82-1.9090.2293120.16364096721100
1.909-2.0120.2283380.1636006634599.984
2.012-2.1340.2033430.16157026045100
2.134-2.2810.2072970.16753525649100
2.281-2.4640.2322520.1750445296100
2.464-2.6990.2262410.17246164857100
2.699-3.0170.2312360.1734207444499.978
3.017-3.4830.1931730.173719389399.974
3.483-4.2630.191860.1583118330699.94
4.263-6.0210.1981350.1742453258999.961
6.021-39.2940.203680.1851320146494.809

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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