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Yorodumi- PDB-5d5q: HcgB from Methanocaldococcus jannaschii with the pyridinol derive... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5d5q | |||||||||
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| Title | HcgB from Methanocaldococcus jannaschii with the pyridinol derived from FeGP cofactor of [Fe]-hydrogenase | |||||||||
Components | Uncharacterized protein MJ0488, Guanylyltransferase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / Guanylyltransferase | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationFeGP cofactor biosynthesis protein HcgB, guanylyltransferase / FeGP cofactor biosynthesis protein HcgB, guanylyltransferase / B12-dependent dehydatase associated subunit / B12-dependent dehydratases, beta subunit / Helix hairpin bin / Helix Hairpins / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta Similarity search - Domain/homology | |||||||||
| Biological species | ![]() Methanocaldococcus jannaschii (archaea) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | |||||||||
Authors | Fujishiro, T. / Ermler, U. / Shima, S. | |||||||||
| Funding support | Japan, Germany, 2items
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Citation | Journal: Faraday Discuss. / Year: 2017Title: Towards artificial methanogenesis: biosynthesis of the [Fe]-hydrogenase cofactor and characterization of the semi-synthetic hydrogenase. Authors: Bai, L. / Fujishiro, T. / Huang, G. / Koch, J. / Takabayashi, A. / Yokono, M. / Tanaka, A. / Xu, T. / Hu, X. / Ermler, U. / Shima, S. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5d5q.cif.gz | 264.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5d5q.ent.gz | 216.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5d5q.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5d5q_validation.pdf.gz | 480.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5d5q_full_validation.pdf.gz | 493.6 KB | Display | |
| Data in XML | 5d5q_validation.xml.gz | 26 KB | Display | |
| Data in CIF | 5d5q_validation.cif.gz | 34 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/5d5q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/5d5q | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5d5pC ![]() 3wb0S ![]() 3bw0 C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL
|
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Components
| #1: Protein | Mass: 18871.297 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: Rossmann-like domain, residues 1-158 / Mutation: I2V Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Methanocaldococcus jannaschii (archaea)Gene: MJ0488 / Plasmid: pET24b / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-57O / ( #3: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.05 Å3/Da / Density % sol: 40 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 281 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M sodium cacodylate (pH 6.5), 20 % (w/v) PEG8000, 0.2 M magnesium acetate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 7, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: A double-crystal Si(111) monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection twin | Operator: l,-k,h / Fraction: 0.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. obs: 20900 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.3 % / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 1.024 / Net I/σ(I): 16.65 / Num. measured all: 69158 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3WB0 Resolution: 2.5→48.237 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 23.81 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 133.23 Å2 / Biso mean: 61.5988 Å2 / Biso min: 5.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.5→48.237 Å
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| Refine LS restraints |
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| Refine LS restraints NCS |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Methanocaldococcus jannaschii (archaea)
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