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- PDB-5d5q: HcgB from Methanocaldococcus jannaschii with the pyridinol derive... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5d5q | |||||||||
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Title | HcgB from Methanocaldococcus jannaschii with the pyridinol derived from FeGP cofactor of [Fe]-hydrogenase | |||||||||
![]() | Uncharacterized protein MJ0488, Guanylyltransferase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / Guanylyltransferase | |||||||||
Function / homology | ![]() FeGP cofactor biosynthesis protein HcgB, guanylyltransferase / FeGP cofactor biosynthesis protein HcgB, guanylyltransferase / Helix hairpin bin / B12-dependent dehydatase associated subunit / B12-dependent dehydratases, beta subunit / Helix Hairpins / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta Similarity search - Domain/homology | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Fujishiro, T. / Ermler, U. / Shima, S. | |||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: Towards artificial methanogenesis: biosynthesis of the [Fe]-hydrogenase cofactor and characterization of the semi-synthetic hydrogenase. Authors: Bai, L. / Fujishiro, T. / Huang, G. / Koch, J. / Takabayashi, A. / Yokono, M. / Tanaka, A. / Xu, T. / Hu, X. / Ermler, U. / Shima, S. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 216.9 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 493.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 26 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 34 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5d5pC ![]() 3wb0S ![]() 3bw0 C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL
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Components
#1: Protein | Mass: 18871.297 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: Rossmann-like domain, residues 1-158 / Mutation: I2V Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: MJ0488 / Plasmid: pET24b / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-57O / ( #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.05 Å3/Da / Density % sol: 40 % |
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Crystal grow | Temperature: 281 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M sodium cacodylate (pH 6.5), 20 % (w/v) PEG8000, 0.2 M magnesium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 7, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: A double-crystal Si(111) monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: l,-k,h / Fraction: 0.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. obs: 20900 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.3 % / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 1.024 / Net I/σ(I): 16.65 / Num. measured all: 69158 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3WB0 Resolution: 2.5→48.237 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 23.81 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 133.23 Å2 / Biso mean: 61.5988 Å2 / Biso min: 5.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.5→48.237 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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