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Yorodumi- PDB-6ybu: Crystal structure of a native BcsE (349-523) RQ complex with c-di... -
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6ybu | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of a native BcsE (349-523) RQ complex with c-di-GMP and ATP bound | ||||||||||||||||||
Components | (Bacterial cellulose secretion regulator ...) x 3 | ||||||||||||||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / Bacterial biofilms / Bacterial cellulose / Bacterial secretion system / ATP binding protein / c-di-GMP binding protein | ||||||||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationbacterial cellulose biosynthetic process / cellulose biosynthetic process / negative regulation of cell division / cyclic-di-GMP binding / cytoplasmic side of plasma membrane / cell division / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||||||||||||||
| Biological species | ![]() | ||||||||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.49 Å | ||||||||||||||||||
Authors | Abidi, W. / Zouhir, S. / Roche, S. / Krasteva, P.V. | ||||||||||||||||||
| Funding support | 5items
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Citation | Journal: Sci Adv / Year: 2021Title: Architecture and regulation of an enterobacterial cellulose secretion system. Authors: Wiem Abidi / Samira Zouhir / Meryem Caleechurn / Stéphane Roche / Petya Violinova Krasteva / ![]() Abstract: Many free-living and pathogenic enterobacteria secrete biofilm-promoting cellulose using a multicomponent, envelope-embedded Bcs secretion system under the control of intracellular second messenger c- ...Many free-living and pathogenic enterobacteria secrete biofilm-promoting cellulose using a multicomponent, envelope-embedded Bcs secretion system under the control of intracellular second messenger c-di-GMP. The molecular understanding of system assembly and cellulose secretion has been largely limited to the crystallographic studies of a distantly homologous BcsAB synthase tandem and a low-resolution reconstruction of an assembled macrocomplex that encompasses most of the inner membrane and cytosolic subunits and features an atypical layered architecture. Here, we present cryo-EM structures of the assembled Bcs macrocomplex, as well as multiple crystallographic snapshots of regulatory Bcs subcomplexes. The structural and functional data uncover the mechanism of asymmetric secretion system assembly and periplasmic crown polymerization and reveal unexpected subunit stoichiometry, multisite c-di-GMP recognition, and ATP-dependent regulation. | ||||||||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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| PDBx/mmCIF format | 6ybu.cif.gz | 865.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6ybu.ent.gz | 599.7 KB | Display | PDB format |
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| Data in XML | 6ybu_validation.xml.gz | 71.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 6ybu_validation.cif.gz | 90.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/6ybu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/6ybu | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6yarSC ![]() 6yayC ![]() 6yb3C ![]() 6yb5C ![]() 6ybbC ![]() 6yg8C ![]() 6tj0S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Bacterial cellulose secretion regulator ... , 3 types, 12 molecules ABGHCDIJEFKL
| #1: Protein | Mass: 27960.832 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Bacterial cellulose synthesis subunit Q. / Source: (gene. exp.) ![]() Gene: bcsQ, yhjQ, A8C65_00290, ACU57_05335, BMT91_17060, BON75_10030, BvCmsHHP019_01723, BvCmsSINP011_05061, C2U48_15650, D3O91_11725, D9H68_14440, D9I18_15755, D9I97_13990, DAH34_22885, DAH37_19450, ...Gene: bcsQ, yhjQ, A8C65_00290, ACU57_05335, BMT91_17060, BON75_10030, BvCmsHHP019_01723, BvCmsSINP011_05061, C2U48_15650, D3O91_11725, D9H68_14440, D9I18_15755, D9I97_13990, DAH34_22885, DAH37_19450, E2127_16420, E2128_18010, E2129_18145, E2134_17810, EAI42_04085, EC1094V2_71, NCTC10429_00778, NCTC11022_03734, NCTC9058_01652 Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 7452.367 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The coding region corresponding to the BcsRQ tandem was cloned into the pProEx-Htb with a cleavable N-terminal hexahistidine tag to BcsR. The sample were purified and crystallised without ...Details: The coding region corresponding to the BcsRQ tandem was cloned into the pProEx-Htb with a cleavable N-terminal hexahistidine tag to BcsR. The sample were purified and crystallised without the His-tag. The GPMGS correspond to the Nter additional residues remaining after cleavage. Bacterial cellulose synthesis subunit R. Source: (gene. exp.) ![]() Gene: yhjR, A6V01_14365, A8C65_00295, A9R57_18690, AC789_1c39040, ACN002_3620, ACN68_06780, ACN81_08775, ACU57_05330, ACU90_15155, AM270_16530, AM464_10395, AMK83_17075, AML07_15400, APZ14_14840, ...Gene: yhjR, A6V01_14365, A8C65_00295, A9R57_18690, AC789_1c39040, ACN002_3620, ACN68_06780, ACN81_08775, ACU57_05330, ACU90_15155, AM270_16530, AM464_10395, AMK83_17075, AML07_15400, APZ14_14840, AUQ13_21010, AUS26_05355, AW106_19925, BANRA_02188, BANRA_03431, BANRA_04333, BANRA_04566, BB545_03705, BHS81_21135, BHS87_19835, BJJ90_00965, BK292_24575, BMT91_17065, BN17_34711, BOH76_20305, BON63_23095, BON69_12460, BON71_17720, BON72_13310, BON76_21180, BON94_21140, BON95_21275, BTQ06_14355, BUE81_10045, BvCms12BK_03867, BvCms2454_00062, BvCms28BK_00015, BvCmsHHP001_04915, BvCmsHHP019_01722, BvCmsHHP056_04702, BvCmsKKP036_02918, BvCmsKKP061_02263, BvCmsKSNP073_03410, BvCmsKSNP081_04400, BvCmsKSP011_02716, BvCmsKSP024_02867, BvCmsKSP026_02341, BvCmsKSP045_00352, BvCmsKSP067_01939, BvCmsNSNP036_04602, BvCmsNSP006_05307, BvCmsNSP047_03956, BvCmsNSP072_04054, BvCmsOUP014_03413, BvCmsSINP011_05062, BvCmsSIP019_02407, BvCmsSIP044_03516, BVL39_08345, BW690_01625, BZL31_14290, C2U48_15645, C5N07_21610, C5P01_24180, C6669_10230, C7235_01450, C7B02_19840, C9098_17010, C9114_22000, C9141_22075, C9160_22970, C9162_26275, C9182_22470, C9201_19395, C9306_17625, C9E25_16190, C9Z03_00095, C9Z28_19620, C9Z37_15395, C9Z39_13945, C9Z69_16745, C9Z89_13935, CA593_08480, CI641_010930, COD30_23820, COD46_13475, CR538_01230, CRD98_22705, CRM83_21580, CWS33_18425, D0X26_22825, D2184_20785, D2185_17650, D3821_09240, D3Y67_04435, D6T60_22230, D9D20_19605, D9E35_13135, D9H68_14435, D9I18_15750, D9I97_13985, D9J11_18915, D9J44_18935, D9K48_10615, D9K54_10550, DAH18_11545, DAH30_06135, DAH32_17855, DAH34_22880, DAH37_19445, DBQ99_02170, DEN89_25155, DEN97_17470, DEO04_20390, DEO19_17140, DIV22_07035, DJ503_16110, DL545_01700, DL800_25095, DP277_20930, DQF57_09495, DQO13_19235, DS732_25515, DTL43_22125, DXT69_13975, DXT71_18500, DXT73_16115, E0I42_16815, E0J34_09730, E0K84_22700, E2119_10885, E2127_16425, E2128_18015, E2129_18150, E2134_17815, E2135_13675, E2855_04489, E2863_04566, E3B71_14240, E5P22_13630, E5P28_15170, E5P37_17785, E5S35_16770, E5S47_16125, EAI42_04080, EC1094V2_70, EC3234A_62c00180, EC3426_04694, EC95NR1_02922, ED600_16775, EEP23_03690, EHH55_25990, EJC75_16880, EKI52_16535, EL75_0168, EL79_0179, EL80_0171, ELT20_13340, ELV08_08625, EPT01_13645, EQ825_24275, ERS085365_03384, ERS085374_03939, ERS085379_03461, ERS085416_01810, ERS139211_03246, EXX13_15900, EXX71_20125, EXX78_22145, EYD11_00910, EYY78_10840, F0312_08835, F1E03_18480, F1E19_10145, F7F23_20655, F7F29_18335, FORC82_0211, FQ915_11140, FQR64_01380, FRV13_18835, FTV90_03830, FTV92_19380, FV293_20875, FWK02_16270, FY127_16255, HW43_22525, NCTC10090_03288, NCTC10418_00365, NCTC10429_00777, NCTC10865_00350, NCTC11022_03735, NCTC11126_00353, NCTC11181_02507, NCTC11341_02195, NCTC13148_03788, NCTC8009_01140, NCTC8179_05669, NCTC8500_00017, NCTC8960_02842, NCTC8985_04684, NCTC9045_00297, NCTC9055_02150, NCTC9058_01653, NCTC9062_02927, NCTC9111_00632, NCTC9703_04725, NCTC9706_02488, PGD_04560, PU06_03455, RG28_22775, RK56_020175, RX35_03299, SAMEA3472043_03895, SAMEA3472055_04880, SAMEA3472070_03765, SAMEA3472114_02155, SAMEA3484427_00198, SAMEA3484429_02974, SAMEA3752553_00829, SAMEA3752557_03916, SAMEA3752559_00583, SAMEA3753064_01978, SAMEA3753290_02280, SAMEA3753300_03978, SK85_03853, UN86_19365, WQ89_12680, WR15_14750 Production host: ![]() #3: Protein | Mass: 20280.561 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The coding region of BcsE corresponding to residue 349 to 523 was cloned into a modified pRSF-Duet to express the truncated protein without a tag. The first additional MGSM residues come ...Details: The coding region of BcsE corresponding to residue 349 to 523 was cloned into a modified pRSF-Duet to express the truncated protein without a tag. The first additional MGSM residues come from the cloning. Bacterial cellulose synthesis subunit E. Source: (gene. exp.) ![]() Strain: K12 / Gene: bcsE, yhjS, b3536, JW3504 / Production host: ![]() |
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-Non-polymers , 4 types, 243 molecules 






| #4: Chemical | ChemComp-ATP / #5: Chemical | ChemComp-MG / #6: Chemical | ChemComp-C2E / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | N |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.81 Å3/Da / Density % sol: 56.17 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277.4 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 100 mM Tris-HCl pH 9.0, 22-25% PEG 6000, 500 mM LiCl |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 2 / Wavelength: 0.980057954788 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 9M / Detector: PIXEL / Date: Nov 15, 2017 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.980057954788 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.49→50 Å / Num. obs: 86110 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 52.41 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 11.45 |
| Reflection shell | Resolution: 2.49→2.64 Å / Redundancy: 6.77 % / Mean I/σ(I) obs: 1.26 / Num. unique obs: 12814 / CC1/2: 0.542 / % possible all: 91.4 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 6YAR, 6TJ0 Resolution: 2.49→47.71 Å / SU ML: 0.3472 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.7448
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 61.92 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.49→47.71 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
|
Movie
Controller
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X-RAY DIFFRACTION
Citation




















PDBj


