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- PDB-6y6c: TREM2 extracellular domain (19-174) in complex with single-chain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y6c
タイトルTREM2 extracellular domain (19-174) in complex with single-chain variable fragment (scFv-4)
要素
  • Single chain variable
  • Triggering receptor expressed on myeloid cells 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / scFv / complex / receptor / Alzheimer's
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of high-density lipoprotein particle clearance / regulation of toll-like receptor 6 signaling pathway / positive regulation of complement activation, classical pathway / detection of lipoteichoic acid / regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / regulation of hippocampal neuron apoptotic process / regulation of plasma membrane bounded cell projection organization / positive regulation of C-C chemokine receptor CCR7 signaling pathway / excitatory synapse pruning / positive regulation of CD40 signaling pathway ...positive regulation of high-density lipoprotein particle clearance / regulation of toll-like receptor 6 signaling pathway / positive regulation of complement activation, classical pathway / detection of lipoteichoic acid / regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / regulation of hippocampal neuron apoptotic process / regulation of plasma membrane bounded cell projection organization / positive regulation of C-C chemokine receptor CCR7 signaling pathway / excitatory synapse pruning / positive regulation of CD40 signaling pathway / negative regulation of triglyceride storage / negative regulation of cell activation / detection of peptidoglycan / positive regulation of macrophage fusion / import into cell / sulfatide binding / negative regulation of macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / positive regulation of antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / negative regulation of fat cell proliferation / lipoteichoic acid binding / positive regulation of engulfment of apoptotic cell / positive regulation of establishment of protein localization / positive regulation of synapse pruning / microglial cell activation involved in immune response / negative regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / positive regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / negative regulation of autophagic cell death / respiratory burst after phagocytosis / negative regulation of astrocyte activation / semaphorin receptor binding / positive regulation of low-density lipoprotein particle clearance / positive regulation of microglial cell migration / apolipoprotein A-I binding / detection of lipopolysaccharide / Other semaphorin interactions / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / negative regulation of neuroinflammatory response / high-density lipoprotein particle binding / negative regulation of p38MAPK cascade / very-low-density lipoprotein particle binding / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of glial cell apoptotic process / complement-mediated synapse pruning / dendritic cell differentiation / microglial cell proliferation / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / semaphorin receptor complex / positive regulation of microglial cell activation / low-density lipoprotein particle binding / phagocytosis, recognition / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / regulation of TOR signaling / cellular response to lipoprotein particle stimulus / regulation of resting membrane potential / positive regulation of phagocytosis, engulfment / cellular response to peptidoglycan / regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / peptidoglycan binding / positive regulation of chemotaxis / positive regulation of amyloid-beta clearance / positive regulation of potassium ion transport / semaphorin receptor activity / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / phosphatidylethanolamine binding / positive regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of amyloid fibril formation / cellular response to lipid / kinase activator activity / regulation of interleukin-6 production / apoptotic cell clearance / dendritic spine maintenance / negative regulation of interleukin-1 beta production / phagocytosis, engulfment / regulation of innate immune response / phosphatidylserine binding / negative regulation of cholesterol storage / pyroptotic inflammatory response / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / lipid homeostasis / cellular response to lipoteichoic acid / amyloid-beta clearance / positive regulation of ATP biosynthetic process / lipoprotein particle binding / positive regulation of intracellular signal transduction / humoral immune response / regulation of lipid metabolic process / positive regulation of interleukin-10 production / apolipoprotein binding / plasma membrane raft / negative regulation of tumor necrosis factor production / social behavior / positive regulation of cholesterol efflux / positive regulation of TOR signaling / response to axon injury / positive regulation of phagocytosis / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Triggering receptor expressed on myeloid cells 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Szykowska, A. / Preger, C. / Williams, E. / Mukhopadhyay, S.M.M. / McKinley, G. / Gruslund, S. / Wigren, E. / Persson, H. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. ...Szykowska, A. / Preger, C. / Williams, E. / Mukhopadhyay, S.M.M. / McKinley, G. / Gruslund, S. / Wigren, E. / Persson, H. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / von Delft, F. / Bountra, C. / Davis, J.B. / Di Daniel, E. / Burgess-Brown, N. / Bullock, A.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Selection and structural characterization of anti-TREM2 scFvs that reduce levels of shed ectodomain.
著者: Szykowska, A. / Chen, Y. / Smith, T.B. / Preger, C. / Yang, J. / Qian, D. / Mukhopadhyay, S.M. / Wigren, E. / Neame, S.J. / Graslund, S. / Persson, H. / Atkinson, P.J. / Di Daniel, E. / Mead, ...著者: Szykowska, A. / Chen, Y. / Smith, T.B. / Preger, C. / Yang, J. / Qian, D. / Mukhopadhyay, S.M. / Wigren, E. / Neame, S.J. / Graslund, S. / Persson, H. / Atkinson, P.J. / Di Daniel, E. / Mead, E. / Wang, J. / Davis, J.B. / Burgess-Brown, N.A. / Bullock, A.N.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Selection and structural characterisation of anti-TREM2 scFvs that reduce levels of shed ectodomain
著者: Szykowska, A. / Chen, Y. / Smith, T.B. / Preger, C. / Yang, J. / Qian, D. / Mukhopadhyay, S. / Wigren, E. / Neame, S.J. / Graslund, S. / Persson, H. / Atkinson, P.J. / Di Daniel, E. / Mead, E. ...著者: Szykowska, A. / Chen, Y. / Smith, T.B. / Preger, C. / Yang, J. / Qian, D. / Mukhopadhyay, S. / Wigren, E. / Neame, S.J. / Graslund, S. / Persson, H. / Atkinson, P.J. / Di Daniel, E. / Mead, E. / Wang, J. / Davis, J.B. / Burgess-Brown, N.A. / Bullock, A.N.
履歴
登録2020年2月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22021年11月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32022年12月21日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_source / entity_src_gen
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.host_org_common_name
改定 1.42024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Triggering receptor expressed on myeloid cells 2
B: Triggering receptor expressed on myeloid cells 2
C: Single chain variable
D: Single chain variable
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,3256
ポリマ－97,8824
非ポリマー4422
水6,756375
1
A: Triggering receptor expressed on myeloid cells 2
D: Single chain variable
ヘテロ分子

A: Triggering receptor expressed on myeloid cells 2
D: Single chain variable
ヘテロ分子

B: Triggering receptor expressed on myeloid cells 2
C: Single chain variable
ヘテロ分子

B: Triggering receptor expressed on myeloid cells 2
C: Single chain variable
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,64912
ポリマ－195,7648
非ポリマー8854
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation3_545-y,x-1,z+1/41
crystal symmetry operation7_544y,x-1,-z-1/41
Buried area13650 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area56140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.661, 111.661, 232.196
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Space group name HallP4w2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+3/4
#8: -y,-x,-z+1/4

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要素

#1: タンパク質 Triggering receptor expressed on myeloid cells 2 / TREM-2 / Triggering receptor expressed on monocytes 2


分子量: 22696.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: NAG - N-acetyl-D-glucosoamine attached to Asparagine 79
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: macrophage / 遺伝子: TREM2 / Variant: TREM2A / プラスミド: pHTBV1.1-NH-Sec / 詳細 (発現宿主): secreted / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): TREM2A / 参照: UniProt: Q9NZC2
#2: 抗体 Single chain variable


分子量: 26244.982 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pFB-NH-sec / 詳細 (発現宿主): secretion
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.85 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M potassium chloride, 35% pentaerythritol propoxylate 5/4, 0.1M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→100.63 Å / Num. obs: 69496 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 21.4 % / Biso Wilson estimate: 39.46 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.2129 / Rrim(I) all: 0.218 / Net I/σ(I): 9.96
反射 シェル解像度: 2.26→2.341 Å / Num. unique obs: 6791 / CC1/2: 0.694

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER1.17.1_3660位相決定
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660data processing
Cootモデル構築
xia2data processing
xia2データ削減
DIALSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UD7 6G8R

5ud7

6g8r


解像度: 2.26→100.63 Å / SU ML: 0.2771 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.8978
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 3452 4.97 %
Rwork0.1911 --
obs0.1924 69496 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 42.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→100.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5382 0 14 375 5771
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00195524
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49687493
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0407815
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032950
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.17861961
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.26-2.290.33281370.30082487X-RAY DIFFRACTION95.11
2.29-2.320.3161450.29372593X-RAY DIFFRACTION99.89
2.32-2.360.28871430.28122581X-RAY DIFFRACTION99.78
2.36-2.390.32261320.28372601X-RAY DIFFRACTION99.96
2.39-2.430.32211350.2662627X-RAY DIFFRACTION99.93
2.43-2.470.3171570.2592574X-RAY DIFFRACTION99.78
2.47-2.520.3091360.26482592X-RAY DIFFRACTION99.89
2.52-2.570.29011270.24672615X-RAY DIFFRACTION99.96
2.57-2.620.32391440.2332619X-RAY DIFFRACTION99.93
2.62-2.680.27491400.22482622X-RAY DIFFRACTION99.82
2.68-2.740.28591490.22232596X-RAY DIFFRACTION99.78
2.74-2.810.25391190.21482641X-RAY DIFFRACTION99.57
2.81-2.880.23831300.2162610X-RAY DIFFRACTION99.75
2.88-2.970.26171530.18732612X-RAY DIFFRACTION99.78
2.97-3.060.21171310.18622625X-RAY DIFFRACTION99.75
3.06-3.170.21651450.17772642X-RAY DIFFRACTION99.96
3.17-3.30.20471300.17862664X-RAY DIFFRACTION99.86
3.3-3.450.17941570.17232605X-RAY DIFFRACTION99.78
3.45-3.630.17961440.1652660X-RAY DIFFRACTION99.96
3.63-3.860.17621170.16062696X-RAY DIFFRACTION99.96
3.86-4.160.15371240.16512708X-RAY DIFFRACTION100
4.16-4.580.15711500.14012655X-RAY DIFFRACTION100
4.58-5.240.1611390.14642721X-RAY DIFFRACTION100
5.24-6.60.2131470.19262766X-RAY DIFFRACTION99.86
6.6-100.630.24141210.21952932X-RAY DIFFRACTION99.35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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