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- PDB-3bg3: Crystal Structure of Human Pyruvate Carboxylase (missing the biot... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3bg3 | |||||||||
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Title | Crystal Structure of Human Pyruvate Carboxylase (missing the biotin carboxylase domain at the N-terminus) | |||||||||
![]() | Pyruvate carboxylase, mitochondrial | |||||||||
![]() | LIGASE / TIM barrel / ATP-binding / Biotin / Disease mutation / Gluconeogenesis / Lipid synthesis / Manganese / Mitochondrion / Multifunctional enzyme / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Transit peptide | |||||||||
Function / homology | ![]() Defective HLCS causes multiple carboxylase deficiency / pyruvate carboxylase / pyruvate carboxylase activity / Biotin transport and metabolism / viral RNA genome packaging / NADP metabolic process / positive regulation by host of viral process / Pyruvate metabolism / Gluconeogenesis / NADH metabolic process ...Defective HLCS causes multiple carboxylase deficiency / pyruvate carboxylase / pyruvate carboxylase activity / Biotin transport and metabolism / viral RNA genome packaging / NADP metabolic process / positive regulation by host of viral process / Pyruvate metabolism / Gluconeogenesis / NADH metabolic process / pyruvate metabolic process / biotin binding / viral release from host cell / gluconeogenesis / lipid metabolic process / mitochondrial matrix / negative regulation of gene expression / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Xiang, S. / Tong, L. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structures of human and Staphylococcus aureus pyruvate carboxylase and molecular insights into the carboxyltransfer reaction. Authors: Xiang, S. / Tong, L. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 994.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 839.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Refine code: 6
NCS ensembles :
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Components
#1: Protein | Mass: 78839.312 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: CT+PT+BCCP Domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-MN / #3: Chemical | ChemComp-PYR / #4: Chemical | ChemComp-BTI / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 90 mM MnCl2, 0.8%(v/v)PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Feb 16, 2007 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0809 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.8→30 Å / Num. obs: 76525 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 15.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.9 Å / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.413 / % possible all: 67.4 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 82.496 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→30 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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