PDB-6y5z: Structure of apo Human Polyomavirus 12 VP1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y5z

タイトル

Structure of apo Human Polyomavirus 12 VP1

要素

Capsid protein VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / Major Capsid Protein / Polyomavirus

機能・相同性

Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid / T=7 icosahedral viral capsid / virion attachment to host cell / structural molecule activity / Capsid protein VP1

機能・相同性情報

生物種

Human polyomavirus 12 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.549 Å

データ登録者

Stroh, L.J. / Rustmeier, N.H. / Stehle, T.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2020
タイトル: Structural Basis and Evolution of Glycan Receptor Specificities within the Polyomavirus Family.
著者: Stroh, L.J. / Rustmeier, N.H. / Blaum, B.S. / Botsch, J. / Rossler, P. / Wedekink, F. / Lipkin, W.I. / Mishra, N. / Stehle, T.

履歴

登録	2020年2月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6y5z.cif.gz	308.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6y5z.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6y5z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6y5z_validation.pdf.gz	468.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6y5z_full_validation.pdf.gz	476 KB	表示
XML形式データ	6y5z_validation.xml.gz	63.2 KB	表示
CIF形式データ	6y5z_validation.cif.gz	94.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/6y5z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/6y5z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6y5xC 6y5yC 6y60C 6y61C 6y63C 6y64C 6y65C 6y66C 6y67C 6y6aC 6y9iC 4fmgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4we0-d 4x16-d 3nxd-d 4jce-d 4x13-d 4fmg-3 4x0y-d 4jcd-d 4jcf-d 6hkv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (5)

登録構造単位

AAA: Capsid protein VP1

BBB: Capsid protein VP1

CCC: Capsid protein VP1

DDD: Capsid protein VP1

EEE: Capsid protein VP1

ヘテロ分子

155 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.223, 136.416, 85.379
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.565, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Capsid protein VP1 分子量: 30708.664 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human polyomavirus 12 (ウイルス) / 遺伝子: VP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: M4T5D3
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1539 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Tacsimate, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.07 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.549→44.05 Å / Num. obs: 181696 / % possible obs: 95.31 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 16.35 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 16.44
反射シェル	解像度: 1.549→1.64 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.89 / Num. unique obs: 28058 / CC_1/2: 0.855 / R_rim(I) all: 0.456

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4FMG

4fmg

解像度: 1.549→44.047 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / WR_factor R_free: 0.163 / WR_factor R_work: 0.138 / SU B: 1.309 / SU ML: 0.046 / Average fsc free: 0.9501 / Average fsc work: 0.9559 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.07 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1692	3634	2 %
R_work	0.1427	178061	-
all	0.143	-	-
obs	-	181695	95.103 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.014 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.174 Å²	0 Å²	0.067 Å²
2-	-	-0.199 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.259 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.549→44.047 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10154	0	84	1539	11777

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	10664
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	9676
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.548	1.654	14577
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.421	1.567	22489
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.826	5	1380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.24	22.465	499
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.29	15	1667
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.238	15	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	1425
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	11950
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2160
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	1746
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	9553
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	5137
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	4703
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	1111
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.358	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.127	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.209	1.645	5363
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.203	1.644	5362
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.869	2.458	6701
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.869	2.458	6702
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.759	1.81	5301
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.759	1.811	5302
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.654	2.646	7843
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.653	2.646	7844
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.494	20.99	11925
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.494	20.989	11925

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.549-1.589	0.225	249	0.219	12236	0.219	14087	0.906	0.9	88.6278	0.193
1.589-1.632	0.216	255	0.193	12462	0.193	13705	0.924	0.923	92.7909	0.167
1.632-1.68	0.232	250	0.182	12273	0.183	13389	0.915	0.931	93.532	0.154
1.68-1.731	0.2	245	0.178	12000	0.178	12964	0.937	0.94	94.4539	0.149
1.731-1.788	0.192	239	0.159	11707	0.16	12586	0.942	0.953	94.915	0.132
1.788-1.851	0.195	232	0.151	11368	0.152	12200	0.941	0.957	95.082	0.126
1.851-1.92	0.183	225	0.145	11003	0.146	11738	0.956	0.962	95.6551	0.123
1.92-1.999	0.17	215	0.14	10558	0.141	11242	0.963	0.966	95.8281	0.121
1.999-2.087	0.171	209	0.138	10223	0.139	10876	0.963	0.97	95.9176	0.123
2.087-2.189	0.173	199	0.136	9761	0.136	10388	0.963	0.97	95.8799	0.121
2.189-2.307	0.154	190	0.126	9315	0.127	9823	0.969	0.974	96.7627	0.114
2.307-2.446	0.157	180	0.13	8810	0.13	9346	0.967	0.973	96.1909	0.12
2.446-2.615	0.153	170	0.134	8356	0.134	8772	0.967	0.972	97.1956	0.127
2.615-2.823	0.158	159	0.132	7793	0.132	8194	0.969	0.974	97.0466	0.128
2.823-3.092	0.156	146	0.135	7150	0.136	7531	0.966	0.973	96.8796	0.137
3.092-3.454	0.17	132	0.133	6471	0.134	6812	0.967	0.975	96.9319	0.141
3.454-3.985	0.163	117	0.136	5718	0.136	6028	0.965	0.974	96.7983	0.15
3.985-4.87	0.129	98	0.119	4820	0.12	5114	0.982	0.982	96.1674	0.141
4.87-6.846	0.173	79	0.157	3846	0.157	3982	0.971	0.976	98.5686	0.181
6.846-44.047	0.195	45	0.181	2191	0.181	2266	0.961	0.961	98.6761	0.214

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