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Yorodumi- PDB-4jcf: S268F Variant of JC Polyomavirus Major Capsid Protein VP1 in Comp... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4jcf | |||||||||
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Title | S268F Variant of JC Polyomavirus Major Capsid Protein VP1 in Complex with LSTc | |||||||||
Components | Major capsid protein VP1 | |||||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / beta-sandwich / jelly roll topology / major capsid protein / PML-associated VP1 mutation / LSTc receptor motif | |||||||||
Function / homology | Function and homology information T=7 icosahedral viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | JC polyomavirus | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | |||||||||
Authors | Stehle, T. / Stroh, L.J. | |||||||||
Citation | Journal: MBio / Year: 2013 Title: Progressive multifocal leukoencephalopathy-associated mutations in the JC polyomavirus capsid disrupt lactoseries tetrasaccharide c binding. Authors: Maginnis, M.S. / Stroh, L.J. / Gee, G.V. / O'Hara, B.A. / Derdowski, A. / Stehle, T. / Atwood, W.J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4jcf.cif.gz | 504.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4jcf.ent.gz | 416.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4jcf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4jcf_validation.pdf.gz | 835.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4jcf_full_validation.pdf.gz | 837.7 KB | Display | |
Data in XML | 4jcf_validation.xml.gz | 53.9 KB | Display | |
Data in CIF | 4jcf_validation.cif.gz | 77.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/4jcf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/4jcf | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4jcdC 4jceC 3nxgS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 30135.955 Da / Num. of mol.: 5 / Mutation: S268F Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) JC polyomavirus / Plasmid: pET15b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P03089 #2: Polysaccharide | N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / 6'-sialyl-N-acetyllactosamine | #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-EDO / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.87 Å3/Da / Density % sol: 57.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.1 M HEPES, 0.2 M KSCN, 12% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Mar 15, 2012 |
Radiation | Monochromator: Bartels Monochromator (DCCM) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→47 Å / Num. all: 86277 / Num. obs: 86277 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 29.2 Å2 / Net I/σ(I): 11.61 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.26 Å / Redundancy: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / Num. unique all: 6184 / % possible all: 96.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3NXG Resolution: 2.2→44.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 7.96 / SU ML: 0.105 / Isotropic thermal model: isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.164 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 21.401 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→44.64 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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