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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6y0v | |||||||||
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タイトル | Fucosylated bicyclic peptide bp71 bound to the fucose binding lectin LecB PA-IIL from Pseudomonas aeruginosa at 1.7 Angstrom resolution | |||||||||
要素 |
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キーワード | ANTIBIOTIC / Antimicrobial / Bicyclic / Lectin | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å | |||||||||
データ登録者 | Baeriswyl, S. / Stocker, A. / Reymond, J.-L. | |||||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2021 タイトル: A mixed chirality alpha-helix in a stapled bicyclic and a linear antimicrobial peptide revealed by X-ray crystallography. 著者: Baeriswyl, S. / Personne, H. / Di Bonaventura, I. / Kohler, T. / van Delden, C. / Stocker, A. / Javor, S. / Reymond, J.L. #1: ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2021 タイトル: A mixed chirality alpha-helix in a stapled bicyclic and a linear antimicrobial peptide revealed by X-ray crystallography. 著者: Baeriswyl, S. / Personne, H. / Di Bonaventura, I. / Kohler, T. / van Delden, C. / Stocker, A. / Javor, S. / Reymond, J.L. #2: ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2021 タイトル: A mixed chirality alpha-helix in a stapled bicyclic and a linear antimicrobial peptide revealed by X-ray crystallography. 著者: Baeriswyl, S. / Personne, H. / Di Bonaventura, I. / Kohler, T. / van Delden, C. / Stocker, A. / Javor, S. / Reymond, J.L. #3: ジャーナル: Chemrxiv / 年: 2021 タイトル: Mixed chirality alpha-helix in a stapled bicyclic and a linear antimicrobial peptide revealed by X-ray crystallography 著者: Personne, H. / Baeriswyl, S. / Di Bonaventura, I. / Kohler, T. / van Delden, C. / Stocker, A. / Javor, S. / Reymond, J.-L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6y0v.cif.gz | 199.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6y0v.ent.gz | 157.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6y0v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/6y0v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/6y0v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11734.707 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Fucose binding lectin LecB PA-IIL from Pseudomonas aeruginosa 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: lecB, C0043_24310, C0044_25260, C0046_23510, CAZ10_21840, CW299_25270, DI492_13230, DT376_00595, PAERUG_E15_London_28_01_14_00983, PAMH19_1713, RW109_RW109_02453 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A069Q9V4, UniProt: Q9HYN5*PLUS #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1608.153 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Fucosylated bicyclic peptide bp71 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 糖 | ChemComp-ZDC / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.28 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.01 M Cobalt(II) chloride hexahydrate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 1.0 M 1,6-Hexanediol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.000033 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月17日 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.000033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.746→47.235 Å / Num. obs: 89452 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 1.67 % / Biso Wilson estimate: 26.269 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 5.76 |
反射 シェル | 解像度: 1.746→1.755 Å / 冗長度: 1.27 % / Mean I/σ(I) obs: 0.96 / Num. unique obs: 11804 / CC1/2: 0.666 / Rrim(I) all: 0.769 / % possible all: 74.2 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1OXC 解像度: 1.98→45.061 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.03 / 位相誤差: 24.34
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 73.94 Å2 / Biso mean: 26.293 Å2 / Biso min: 12.47 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.98→45.061 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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