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万見
- PDB-6q79: Structure of Fucosylated D-antimicrobial peptide SB4 in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q79
タイトルStructure of Fucosylated D-antimicrobial peptide SB4 in complex with the Fucose-binding lectin PA-IIL at 2.009 Angstrom resolution
要素
  • Fucose-binding lectin
  • SB4
  • SB4 incomplete
キーワードANTIBIOTIC / Antimicrobial / Lectin / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


single-species biofilm formation / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lectin, sugar-binding / Calcium-mediated lectin / Calcium-mediated lectin / Calcium-mediated lectin superfamily / Fucose-binding lectin II (PA-IIL) / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AMINO GROUP / Chem-ZDC / polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10) / Fucose-binding lectin / Fucose-binding lectin PA-IIL
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.009 Å
データ登録者Baeriswyl, S. / Stocker, A. / Reymond, J.-L.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: X-ray Crystal Structures of Short Antimicrobial Peptides as Pseudomonas aeruginosa Lectin B Complexes.
著者: Baeriswyl, S. / Gan, B.H. / Siriwardena, T.N. / Visini, R. / Robadey, M. / Javor, S. / Stocker, A. / Darbre, T. / Reymond, J.L.
履歴
登録2018年12月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / pdbx_struct_conn_angle ...chem_comp / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id ..._chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fucose-binding lectin
E: SB4
B: Fucose-binding lectin
F: SB4 incomplete
C: Fucose-binding lectin
G: SB4 incomplete
D: Fucose-binding lectin
H: SB4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,70622
ポリマ－51,5298
非ポリマー1,17714
水6,017334
1
A: Fucose-binding lectin
E: SB4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6227
ポリマ－13,2802
非ポリマー3425
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fucose-binding lectin
F: SB4 incomplete
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8116
ポリマ－12,4852
非ポリマー3264
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Fucose-binding lectin
G: SB4 incomplete
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7314
ポリマ－12,4852
非ポリマー2462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Fucose-binding lectin
H: SB4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5425
ポリマ－13,2802
非ポリマー2623
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.422, 64.124, 68.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.060, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Polypeptide(D) , 2種, 4分子 EHFG

#2: Polypeptide(D) SB4


分子量: 1545.013 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Fucosylated D-antimicrobial peptide SB4, complete alpha helical sequence
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: Polypeptide(D) SB4 incomplete


分子量: 749.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Fucosylated D-antimicrobial peptide SB4, incompletely resolved structure. Full sequence: (DLY)(DTY)(DLY)(DLY)(DAL)(DLE)(DLY)(DLY)(DLE)(DAL)(DLY)(DLE)(DLE)
由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
Fucose-binding lectin / Fucose-binding lectin II (PA-IIL) / Fucose-binding lectin PA-IIL


分子量: 11734.707 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Fucose-binding lectin PA-IIL Lectin B from Pseudomonas aeruginosa
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: lecB, C0043_24310, C0044_25260, C0046_23510, CAZ10_21840, CW299_25270, DI492_13230, DT376_00595, PAERUG_E15_London_28_01_14_00983, PAMH19_1713, RW109_RW109_02453
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A069Q9V4, UniProt: Q9HYN5*PLUS
#5: 糖
ChemComp-ZDC / 3,7-anhydro-2,8-dideoxy-L-glycero-D-gluco-octonic acid


タイプ: D-saccharide / 分子量: 206.193 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H14O6

-
非ポリマー , 3種, 344分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-NH2 / AMINO GROUP / アンモニア


分子量: 16.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1 M Sodium chloride, 0.1 M BICINE pH 9.0, 20% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月16日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.009→41.629 Å / Num. all: 31842 / Num. obs: 31842 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.078 / Rsym value: 0.066 / Net I/av σ(I): 9.5 / Net I/σ(I): 12.4 / Num. measured all: 107976
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.01-2.123.30.4631.71495345580.3010.5540.4632.898.2
2.12-2.253.50.3422.31557944090.2130.4030.3423.899.7
2.25-2.43.50.243.31429540900.150.2830.245.299.8
2.4-2.593.40.1684.71327838700.1070.1990.1686.999.8
2.59-2.843.20.17.71115835270.0670.1210.19.999.8
2.84-3.183.40.06511.61088532260.0410.0770.06515100
3.18-3.673.50.04315.7999328250.0270.050.04323.899.6
3.67-4.493.40.03518823824050.0220.0420.03529.299.4
4.49-6.353.10.0318.1581018790.020.0370.0331.199.8
6.35-41.6293.60.02718.4378710530.0160.0310.02736.199.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.96 Å41.63 Å
Translation2.96 Å41.63 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.009→41.629 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.28 / 位相誤差: 25.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2316 3012 4.98 %
Rwork0.1543 57461 -
obs0.1582 31819 96.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 127.16 Å2 / Biso mean: 38.007 Å2 / Biso min: 17.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.009→41.629 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3589 0 62 334 3985
Biso mean--38.38 41.71 -
残基数----494
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063687
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8255044
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059637
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003660
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.4342057
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0092-2.04060.34771260.25062452257890
2.0406-2.0740.35181340.24612589272396
2.074-2.10980.33631380.23072614275297
2.1098-2.14810.3121360.21472688282497
2.1481-2.18950.28771410.20012639278097
2.1895-2.23410.26241310.1982604273597
2.2341-2.28270.31291380.18582615275397
2.2827-2.33580.29231390.1812615275497
2.3358-2.39420.27221390.16842607274698
2.3942-2.45890.28431410.17012681282297
2.4589-2.53130.27371300.17292572270297
2.5313-2.6130.22031390.14922610274997
2.613-2.70640.28491360.15622616275295
2.7064-2.81470.24811290.14882508263794
2.8147-2.94280.22091380.14682657279597
2.9428-3.09790.24921390.13952635277498
3.0979-3.29190.25241400.15022629276998
3.2919-3.54590.21341410.13472631277298
3.5459-3.90250.22671360.12652601273797
3.9025-4.46670.19271440.12462628277298
4.4667-5.62530.13291380.12922603274196
5.6253-41.63840.2151390.1562667280699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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