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- PDB-6s5p: Cfucosylated peptide SBL2 bound to Fucose binding Lectin LecB (PA... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6s5p | ||||||
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Title | Cfucosylated peptide SBL2 bound to Fucose binding Lectin LecB (PA-IIL) from Pseudomonas aeruginosa at 1.46 Angstrom resolution | ||||||
![]() |
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![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / Lectin / Fucosylated | ||||||
Function / homology | ![]() single-species biofilm formation / carbohydrate binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Baeriswyl, S. / Stocker, A. / Reymond, J.-L. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: X-ray Crystal Structures of Short Antimicrobial Peptides as Pseudomonas aeruginosa Lectin B Complexes. Authors: Baeriswyl, S. / Gan, B.H. / Siriwardena, T.N. / Visini, R. / Robadey, M. / Javor, S. / Stocker, A. / Darbre, T. / Reymond, J.L. #1: ![]() Title: X-Ray Crystal Structure of a Second Generation Peptide Dendrimer in Complex with Pseudomonas aeruginosa Lectin LecB Authors: Baeriswyl, S. / Javor, S. / Stocker, A. / Darbre, T. / Reymond, J.-L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 262.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 216.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 23.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 34.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6q6wC ![]() 6q6xC ![]() 6q77C ![]() 6q79C ![]() 6q85C ![]() 6q86C ![]() 6q87C ![]() 6q8dC ![]() 6q8gC ![]() 6q8hC ![]() 1oxcS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 11865.905 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Fucose binding lectin LecB (PA-LII) from Pseudomonas aeruginosa Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: lecB, C0044_25260, CAZ10_21840, DT376_00595, DY979_15445, ECC04_10105, EFK27_13700, EGV95_09240, EGY23_15550, IPC669_23070, PA5486_01888, PAERUG_E15_London_28_01_14_00983, PAMH19_1713, RW109_RW109_02453 Production host: ![]() ![]() References: UniProt: A0A069Q9V4, UniProt: Q9HYN5*PLUS #2: Protein/peptide | Mass: 590.759 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Details: SBL2 N-terminally fucosylated peptide linker / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Sugar | ChemComp-ZDC / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 51.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.2 M Ammonium phosphate monobasic, 0.1 M Tris pH 8.5, 50% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Jul 5, 2018 |
Radiation | Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.000033 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.46→46.365 Å / Num. obs: 164044 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 23.4 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.168 / Net I/σ(I): 9.95 |
Reflection shell | Resolution: 1.46→1.467 Å / Redundancy: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.04 / Num. unique obs: 26246 / CC1/2: 0.529 / Rrim(I) all: 1.801 / % possible all: 98.7 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1OXC Resolution: 1.46→46.365 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.25 / Phase error: 23.37 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 88.29 Å2 / Biso mean: 23.7699 Å2 / Biso min: 12.86 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.46→46.365 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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