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- PDB-6xzq: Influenza C virus polymerase in complex with human ANP32A - Subclass 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xzq
タイトルInfluenza C virus polymerase in complex with human ANP32A - Subclass 1
要素
  • Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member A
  • Polymerase acidic protein
  • Polymerase basic protein 2
  • RNA (5'-R(*AP*GP*UP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*UP*G)-3')
  • RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
キーワードVIRAL PROTEIN / Influenza Polymerase / ANP32 / replication / RNA-dependent RNA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / nucleocytoplasmic transport / cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / histone binding / regulation of apoptotic process / endonuclease activity ...HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / nucleocytoplasmic transport / cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / histone binding / regulation of apoptotic process / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / intracellular signal transduction / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / Leucine-rich repeat / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / : ...Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / Leucine-rich repeat / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / : / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member A / Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza C virus (インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Fan, H. / Carrique, L. / Keown, J.R. / Grimes, J.M. / Fodor, E.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust200835/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/R009945/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/K000241/1 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Host ANP32A mediates the assembly of the influenza virus replicase.
著者: Loïc Carrique / Haitian Fan / Alexander P Walker / Jeremy R Keown / Jane Sharps / Ecco Staller / Wendy S Barclay / Ervin Fodor / Jonathan M Grimes /
要旨: Aquatic birds represent a vast reservoir from which new pandemic influenza A viruses can emerge. Influenza viruses contain a negative-sense segmented RNA genome that is transcribed and replicated by ...Aquatic birds represent a vast reservoir from which new pandemic influenza A viruses can emerge. Influenza viruses contain a negative-sense segmented RNA genome that is transcribed and replicated by the viral heterotrimeric RNA polymerase (FluPol) in the context of viral ribonucleoprotein complexes. RNA polymerases of avian influenza A viruses (FluPolA) replicate viral RNA inefficiently in human cells because of species-specific differences in acidic nuclear phosphoprotein 32 (ANP32), a family of essential host proteins for FluPol activity. Host-adaptive mutations, particularly a glutamic-acid-to-lysine mutation at amino acid residue 627 (E627K) in the 627 domain of the PB2 subunit, enable avian FluPolA to overcome this restriction and efficiently replicate viral RNA in the presence of human ANP32 proteins. However, the molecular mechanisms of genome replication and the interplay with ANP32 proteins remain largely unknown. Here we report cryo-electron microscopy structures of influenza C virus polymerase (FluPolC) in complex with human and chicken ANP32A. In both structures, two FluPolC molecules form an asymmetric dimer bridged by the N-terminal leucine-rich repeat domain of ANP32A. The C-terminal low-complexity acidic region of ANP32A inserts between the two juxtaposed PB2 627 domains of the asymmetric FluPolA dimer, suggesting a mechanism for how the adaptive PB2(E627K) mutation enables the replication of viral RNA in mammalian hosts. We propose that this complex represents a replication platform for the viral RNA genome, in which one of the FluPol molecules acts as a replicase while the other initiates the assembly of the nascent replication product into a viral ribonucleoprotein complex.
履歴
登録2020年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10665
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: RNA (5'-R(*AP*GP*UP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*UP*G)-3')
A: Polymerase acidic protein
B: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
C: Polymerase basic protein 2
D: Polymerase acidic protein
E: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
F: Polymerase basic protein 2
G: Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)590,1188
ポリマ－590,1188
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area57350 Å2
ΔGint-314 kcal/mol
Surface area145300 Å2

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*GP*UP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*UP*G)-3')


分子量: 14901.737 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 Polymerase acidic protein / RNA-directed RNA polymerase subunit P2


分子量: 82025.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza C virus (strain C/Johannesburg/1/1966) (インフルエンザウイルス)
遺伝子: PA, P3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9IMP5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase basic protein 1 / PB1 / RNA-directed RNA polymerase subunit P1


分子量: 86145.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza C virus (strain C/Johannesburg/1/1966) (インフルエンザウイルス)
遺伝子: PB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9IMP4, RNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase subunit P3


分子量: 104272.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza C virus (strain C/Johannesburg/1/1966) (インフルエンザウイルス)
遺伝子: PB2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9IMP3
#5: タンパク質 Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member A / Acidic nuclear phosphoprotein pp32 / pp32 / Leucine-rich acidic nuclear protein / LANP / Mapmodulin ...Acidic nuclear phosphoprotein pp32 / pp32 / Leucine-rich acidic nuclear protein / LANP / Mapmodulin / Potent heat-stable protein phosphatase 2A inhibitor I1PP2A / Putative HLA-DR-associated protein I / PHAPI


分子量: 30328.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANP32A, C15orf1, LANP, MAPM, PHAP1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P39687

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来詳細
1Influenza C virus polymerase in complex with human ANP32ACOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Influenza C virus polymerasesCOMPLEX#2-#41RECOMBINANT
3Human Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member A (ANP32A)COMPLEX#51RECOMBINANT
4Influenza viral RNA (vRNA) promoter 47merCOMPLEX#11RECOMBINANTSynthetic RNA
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
13
14
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Influenza C virus (C/Johannesburg/1/66) (インフルエンザウイルス)100673
32Influenza C virus (C/Johannesburg/1/66) (インフルエンザウイルス)100673
43Homo sapiens (ヒト)9606
54synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
32Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
43Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
54synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMHEPESC8H18N2O4S1
2150 mMsodium chlorideNaCL1
30.005 %Tween 20C58H114O261
試料濃度: 0.28 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 294 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 32.1 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9287
詳細: Single specimen tilt of 20 degrees for around three quarter of the images
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 30 / 利用したフレーム数/画像: 1-30

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refinedev_3699精密化
PHENIXdev_3699精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC2.12粒子像選択
2SerialEM3.7画像取得
4cryoSPARC2.12CTF補正
9cryoSPARC2.12初期オイラー角割当
10cryoSPARC2.12最終オイラー角割当
11cryoSPARC2.12分類
12cryoSPARC2.12３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2312045
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 85000 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
詳細: The structure has been determined by single particle cryo-EM. PDB ids 4XOS, 5D98, and 6RR7 were used as initial models after rigid body fitting in chimera.
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 85.55 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004728987
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.637939080
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04084319
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00574925
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d22.305311210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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