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Yorodumi- PDB-3hhw: Complex of a vesicular stomatitis virus empty capsid with the nuc... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3hhw | ||||||
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Title | Complex of a vesicular stomatitis virus empty capsid with the nucleocapsid-binding domain of the phosphoprotein | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / protein complex / template / replication / negative strand RNA virus / Chaperone / Phosphoprotein / RNA replication / Virion / Ribonucleoprotein / RNA-binding / Viral nucleoprotein | ||||||
Function / homology | Function and homology information helical viral capsid / virion component / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA-dependent RNA polymerase activity / RNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Vesicular stomatitis Indiana virus | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Green, T.J. / Luo, M. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2009 Title: Structure of the vesicular stomatitis virus nucleocapsid in complex with the nucleocapsid-binding domain of the small polymerase cofactor, P. Authors: Green, T.J. / Luo, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3hhw.cif.gz | 475.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3hhw.ent.gz | 396.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3hhw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3hhw_validation.pdf.gz | 547.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3hhw_full_validation.pdf.gz | 625.1 KB | Display | |
Data in XML | 3hhw_validation.xml.gz | 83.3 KB | Display | |
Data in CIF | 3hhw_validation.cif.gz | 112.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/3hhw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/3hhw | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3hhzC 2qvjS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 9887.040 Da / Num. of mol.: 5 / Fragment: UNP residues 183-265 / Mutation: S290W Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vesicular stomatitis Indiana virus / Gene: nucleocapsid protein, P / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P04880 #2: Protein | Mass: 47431.883 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vesicular stomatitis Indiana virus / Gene: N, phosphoprotein / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q77E03 #3: Chemical | ChemComp-TAR / Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.32 Å3/Da / Density % sol: 62.92 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 0.8 M K/Na tartrate, 0.2 M NaCl, 0.1 M imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 0.94 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 8, 2008 |
Radiation | Monochromator: Si / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.94 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→30 Å / Num. all: 77814 / Num. obs: 77814 / % possible obs: 73.1 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 20.79 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.419 / % possible all: 44.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2QVJ Resolution: 2.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.897 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.862 / SU B: 32.446 / SU ML: 0.302 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.464 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 74.58 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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