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Yorodumi- PDB-3hhz: Complex of the vesicular stomatitis virus nucleocapsid and the nu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3hhz | ||||||
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Title | Complex of the vesicular stomatitis virus nucleocapsid and the nucleocapsid-binding domain of the phosphoprotein | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN/RNA / Protein / RNA / template / replication / negative strand RNA virus / Chaperone / Phosphoprotein / RNA replication / Virion / Ribonucleoprotein / RNA-binding / Viral nucleoprotein / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-RNA COMPLEX | ||||||
Function / homology | Function and homology information helical viral capsid / virion component / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA-dependent RNA polymerase activity / RNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Vesicular stomatitis Indiana virus Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.5 Å | ||||||
Authors | Green, T.J. / Luo, M. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2009 Title: Structure of the vesicular stomatitis virus nucleocapsid in complex with the nucleocapsid-binding domain of the small polymerase cofactor, P. Authors: Green, T.J. / Luo, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3hhz.cif.gz | 489.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3hhz.ent.gz | 404.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3hhz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3hhz_validation.pdf.gz | 545.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3hhz_full_validation.pdf.gz | 629.2 KB | Display | |
Data in XML | 3hhz_validation.xml.gz | 87 KB | Display | |
Data in CIF | 3hhz_validation.cif.gz | 120.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/3hhz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/3hhz | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3hhwC 2gicS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 9793.250 Da / Num. of mol.: 5 / Fragment: UNP residues 183-265,nucleocapsid-binding domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vesicular stomatitis Indiana virus / Gene: nucleocapsid protein, P / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P04880 #2: Protein | Mass: 47332.750 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vesicular stomatitis Indiana virus / Gene: N, phosphoprotein / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q77E03 #3: RNA chain | | Mass: 13732.498 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Details: RNA is non-specific encapsidated during E. coli expression. Source: (natural) Escherichia coli (E. coli) |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.15 Å3/Da / Density % sol: 60.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 7% PEG 4000, 0.25 M NaCl, and 0.1M citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL11-1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jan 25, 2008 |
Radiation | Monochromator: single crystal Si(111) bent monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.5→30 Å / Num. all: 48185 / Num. obs: 48185 / % possible obs: 98.3 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 21.48 |
Reflection shell | Resolution: 3.5→3.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.434 / Mean I/σ(I) obs: 4.31 / % possible all: 88.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2GIC Resolution: 3.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.869 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.82 / SU B: 85.634 / SU ML: 0.642 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.778 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 65.323 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.5→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.5→3.59 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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