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万見
- EMDB-10666: Influenza C virus polymerase in complex with chicken ANP32A - Sub... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10666
タイトルInfluenza C virus polymerase in complex with chicken ANP32A - Subclass 1
マップデータLocScale map
試料
  • 複合体: Influenza C virus polymerase in complex with chicken ANP32A
    • 複合体: Influenza C virus polymerases
      • タンパク質・ペプチド: Polymerase acidic protein
      • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
      • タンパク質・ペプチド: Polymerase basic protein 2
    • 複合体: Chicken Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member A (ANP32A)
      • タンパク質・ペプチド: LRRcap domain-containing protein
    • 複合体: Influenza viral RNA (vRNA) promoter 47mer
      • RNA: RNA (5'-R(*AP*GP*UP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*UP*G)-3')
キーワードInfluenza Polymerase / ANP32 / replication / RNA-dependent RNA polymerase / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting ...cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain ...Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Acidic nuclear phosphoprotein 32 family member A / Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza C virus (C/Johannesburg/1/66) (インフルエンザウイルス) / Gallus gallus (ニワトリ) / Synthetic construct (人工物) / Influenza C virus (strain C/Johannesburg/1/1966) (インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Carrique L / Keown JR
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust200835/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/R009945/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/K000241/1 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Host ANP32A mediates the assembly of the influenza virus replicase.
著者: Loïc Carrique / Haitian Fan / Alexander P Walker / Jeremy R Keown / Jane Sharps / Ecco Staller / Wendy S Barclay / Ervin Fodor / Jonathan M Grimes /
要旨: Aquatic birds represent a vast reservoir from which new pandemic influenza A viruses can emerge. Influenza viruses contain a negative-sense segmented RNA genome that is transcribed and replicated by ...Aquatic birds represent a vast reservoir from which new pandemic influenza A viruses can emerge. Influenza viruses contain a negative-sense segmented RNA genome that is transcribed and replicated by the viral heterotrimeric RNA polymerase (FluPol) in the context of viral ribonucleoprotein complexes. RNA polymerases of avian influenza A viruses (FluPolA) replicate viral RNA inefficiently in human cells because of species-specific differences in acidic nuclear phosphoprotein 32 (ANP32), a family of essential host proteins for FluPol activity. Host-adaptive mutations, particularly a glutamic-acid-to-lysine mutation at amino acid residue 627 (E627K) in the 627 domain of the PB2 subunit, enable avian FluPolA to overcome this restriction and efficiently replicate viral RNA in the presence of human ANP32 proteins. However, the molecular mechanisms of genome replication and the interplay with ANP32 proteins remain largely unknown. Here we report cryo-electron microscopy structures of influenza C virus polymerase (FluPolC) in complex with human and chicken ANP32A. In both structures, two FluPolC molecules form an asymmetric dimer bridged by the N-terminal leucine-rich repeat domain of ANP32A. The C-terminal low-complexity acidic region of ANP32A inserts between the two juxtaposed PB2 627 domains of the asymmetric FluPolA dimer, suggesting a mechanism for how the adaptive PB2(E627K) mutation enables the replication of viral RNA in mammalian hosts. We propose that this complex represents a replication platform for the viral RNA genome, in which one of the FluPol molecules acts as a replicase while the other initiates the assembly of the nascent replication product into a viral ribonucleoprotein complex.
履歴
登録2020年2月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月12日-
マップ公開2020年11月25日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.139
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.139
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6xzr
  • 表面レベル: 0.139
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10666.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10666.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈LocScale map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.37 Å/pix.
x 280 pix.
= 383.6 Å		1.37 Å/pix.
x 280 pix.
= 383.6 Å		1.37 Å/pix.
x 280 pix.
= 383.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

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画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.37 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.139 / ムービー #1: 0.139
最小 - 最大-0.18517756 - 0.6108934
平均 (標準偏差)0.0012875646 (±0.018094527)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 383.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.371.371.37
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z383.600383.600383.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ79740
NX/NY/NZ93103213
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.1850.6110.001

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添付データ

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追加マップ: RELION 3.1 locally filtered map threshold

ファイルemd_10666_additional_1.map
注釈RELION 3.1 locally filtered map threshold
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: None

ファイルemd_10666_half_map_1.map
注釈None
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: None

ファイルemd_10666_half_map_2.map
注釈None
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Influenza C virus polymerase in complex with chicken ANP32A

全体名称: Influenza C virus polymerase in complex with chicken ANP32A
要素
  • 複合体: Influenza C virus polymerase in complex with chicken ANP32A
    • 複合体: Influenza C virus polymerases
      • タンパク質・ペプチド: Polymerase acidic protein
      • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
      • タンパク質・ペプチド: Polymerase basic protein 2
    • 複合体: Chicken Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member A (ANP32A)
      • タンパク質・ペプチド: LRRcap domain-containing protein
    • 複合体: Influenza viral RNA (vRNA) promoter 47mer
      • RNA: RNA (5'-R(*AP*GP*UP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*UP*G)-3')

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超分子 #1: Influenza C virus polymerase in complex with chicken ANP32A

超分子名称: Influenza C virus polymerase in complex with chicken ANP32A
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Influenza C virus (C/Johannesburg/1/66) (インフルエンザウイルス)

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超分子 #2: Influenza C virus polymerases

超分子名称: Influenza C virus polymerases / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#4
由来(天然)生物種: Influenza C virus (C/Johannesburg/1/66) (インフルエンザウイルス)

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超分子 #3: Chicken Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family memb...

超分子名称: Chicken Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member A (ANP32A)
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)

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超分子 #4: Influenza viral RNA (vRNA) promoter 47mer

超分子名称: Influenza viral RNA (vRNA) promoter 47mer / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Synthetic RNA
由来(天然)生物種: Synthetic construct (人工物)

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分子 #1: RNA (5'-R(*AP*GP*UP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*UP*...

分子名称: RNA (5'-R(*AP*GP*UP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*UP*G)-3')
タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 14.901737 KDa
配列文字列:
AGUAGAAACA AGGGUAUUUU UCUUUACUAG UCUACCCUGC UUUUGCU

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分子 #2: Polymerase acidic protein

分子名称: Polymerase acidic protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Influenza C virus (strain C/Johannesburg/1/1966) (インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 82.025531 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSKTFAEIAE AFLEPEAVRI AKEAVEEYGD HERKIIQIGI HFQVCCMFCD EYLSTNGSDR FVLIEGRKRG TAVSLQNELC KSYDLEPLP FLCDIFDREE KQFVEIGITR KADDSYFQSK FGKLGNSCKI FVFSYDGRLD KNCEGPMEEQ KLRIFSFLAT A ADFLRKEN ...文字列:
MSKTFAEIAE AFLEPEAVRI AKEAVEEYGD HERKIIQIGI HFQVCCMFCD EYLSTNGSDR FVLIEGRKRG TAVSLQNELC KSYDLEPLP FLCDIFDREE KQFVEIGITR KADDSYFQSK FGKLGNSCKI FVFSYDGRLD KNCEGPMEEQ KLRIFSFLAT A ADFLRKEN MFNEIFLPDN EETIIEMKKG KTFLELRDES VPLPFQTYEQ MKDYCEKFKG NPRELASKVS QMQSNIKLPI KH YEQNKFR QIRLPKGPMA PYTHKFLMEE AWMFTKISDP ERSRAGEILI DFFKKGNLSA IRPKDKPLQG KYPIHYKNLW NQI KAAIAD RTMVINENDH SEFLGGIGRA SKKIPEISLT QDVITTEGLK QSENKLPEPR SFPRWFNAEW MWAIKDSDLT GWVP MAEYP PADNELEDYA EHLNKTMEGV LQGTNCAREM GKCILTVGAL MTECRLFPGK IKVVPIYARS KERKSMQEGL PVPSE MDCL FGICVKSKSH LNKDDGMYTI ITFEFSIREP NLEKHQKYTV FEAGHTTVRM KKGESVIGRE VPLYLYCRTT ALSKIK NDW LSKARRCFIT TMDTVETICL RESAKAEENL VEKTLNEKQM WIGKKNGELI AQPLREALRV QLVQQFYFCI YNDSQLE GF CNEQKKILMA LEGDKKNKSS FGFNPEGLLE KIEECLINNP MCLFMAQRLN ELVIEASKRG AKFFKTD

UniProtKB: Polymerase acidic protein

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分子 #3: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

分子名称: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Influenza C virus (strain C/Johannesburg/1/1966) (インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 86.145945 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MEINPYLMFL NNDVTSLIST TYPYTGPPPM SHGSSTKYTL ETIKRTYDYS RTSVEKTSKV FNIPRRKFCN CLEDKDELVK PTGNVDISS LLGLAEMMEK RMGEGFFKHC VMEAETEILK MHFSRLTEGR QTYDWTSERN MPAATALQLT VDAIKETEGP F KGTTMLEY ...文字列:
MEINPYLMFL NNDVTSLIST TYPYTGPPPM SHGSSTKYTL ETIKRTYDYS RTSVEKTSKV FNIPRRKFCN CLEDKDELVK PTGNVDISS LLGLAEMMEK RMGEGFFKHC VMEAETEILK MHFSRLTEGR QTYDWTSERN MPAATALQLT VDAIKETEGP F KGTTMLEY CNKMIEMLDW KEIKFKKVKT VVRREKDKRS GKEIKTKVPV MGIDSIKHDE FLIRALTINT MAKDGERGKL QR RAIATPG MIVRPFSKIV ETVAQKICEK LKESGLPVGG NEKKAKLKTT VTSLNARMNS DQFAVNITGD NSKWNECQQP EAY LALLAY ITKDSSDLMK DLCSVAPVLF CNKFVKLGQG IRLSNKRKTK EVIIKAEKMG KYKNLMREEY KNLFEPLEKY IQKD VCFLP GGMLMGMFNM LSTVLGVSTL CYMDEELKAK GCFWTGLQSS DDFVLFAVAS NWSNIHWTIR RFNAVCKLIG INMSL EKSY GSLPELFEFT SMFFDGEFVS NLAMELPAFT TAGVNEGVDF TAAMSIIKTN MINNSLSPST ALMALRICLQ EFRATY RVH PWDSRVKGGR MKIINEFIKT IENKDGLLIA DGGKLMNNIS TLHIPEEVLK FEKMDEQYRN RVFNPKNPFT NFDKTID IF RAHGPIRVEE NEAVVSTHSF RTRANRTLLN TDMRAMMAEE KRYQMVCDMF KSVFESADIN PPIGAMSIGE AIEEKLLE R AKMKRDIGAI EDSEYEEIKD IIRDAKKARL ESR

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

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分子 #4: Polymerase basic protein 2

分子名称: Polymerase basic protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza C virus (strain C/Johannesburg/1/1966) (インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 104.272359 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSLLLTIAKE YKRLCQDAKA AQMMTVGTVS NYTTFKKWTT SRKEKNPSLR MRWAMSSKFP IIANKRMLEE AQIPKEHNNV ALWEDTEDV SKRDHVLASA SCINYWNFCG PCVNNSEVIK EVYKSRFGRL ERRKEIMWKE LRFTLVDRQR RRVDTQPVEQ R LRTGEIKD ...文字列:
MSLLLTIAKE YKRLCQDAKA AQMMTVGTVS NYTTFKKWTT SRKEKNPSLR MRWAMSSKFP IIANKRMLEE AQIPKEHNNV ALWEDTEDV SKRDHVLASA SCINYWNFCG PCVNNSEVIK EVYKSRFGRL ERRKEIMWKE LRFTLVDRQR RRVDTQPVEQ R LRTGEIKD LQMWTLFEDE APLASKFILD NYGLVKEMRS KFANKPLNKE VVAHMLEKQF NPESRFLPVF GAIRPERMEL IH ALGGETW IQEANTAGIS NVDQRKNDIR AVCRKVCLAA NASIMNAKSK LVEYIKSTSM RIGETERKLE ELILETDDVS PEV TLCKSA LGGQLGKTLS FGPMLLKKIS GSGVKVKDTV YIQGVRAVQF EYWSEQEEFY GEYKSATALF SRKERSLEWI TIGG GINED RKRLLAMCMI FCRDGDYFKD APATITMADL STKLGREIPY QYVMMNWIQK SEDNLEALLY SRGIVETNPG KMGSS MGID GSKRAIKSLR AVTIQSGKID MPESKEKIHL ELSDNLEAFD SSGRIVATIL DLPSDKKVTF QDVSFQHPDL AVLRDE KTA ITKGYEALIK RLGTGDNDIP SLIAKKDYLS LYNLPEVKLM APLIRPNRKG VYSRVARKLV STQVTTGHYS LHELIKV LP FTYFAPKQGM FEGRLFFSND SFVEPGVNNN VFSWSKADSS KIYCHGIAIR VPLVVGDEHM DTSLALLEGF SVCENDPR A PMVTRQDLID VGFGQKVRLF VGQGSVRTFK RTASQRAASS DVNKNVKKIK MSNENLYFQG ELKTAALAQH DEAVDNKFN KEQQNAFYEI LHLPNLNEEQ RNAFIQSLKD DPSQSANLLA EAKKLNDAQA PKVDNKFNKE QQNAFYEILH LPNLNEEQRN AFIQSLKAD PSQSANLLAE AKKLNGAQAP KVDANSAGKS T

UniProtKB: Polymerase basic protein 2

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分子 #5: LRRcap domain-containing protein

分子名称: LRRcap domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
分子量理論値: 33.91591 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: HHHHHHLEVL FQGPMDMKKR IHLELRNRTP SDVKELVLDN CRSYEGKIEG LTDEFEELEF LSTINVGLAS VANLPKLNKL KKLELSDNR VSGGLEVLAE KCPNLTHLNL SGNKIKDLGT IEPLKKLENL KSLDLFNCEV TNLNDYRENV FKLLPQLTYL D GYDRDDKE ...文字列:
HHHHHHLEVL FQGPMDMKKR IHLELRNRTP SDVKELVLDN CRSYEGKIEG LTDEFEELEF LSTINVGLAS VANLPKLNKL KKLELSDNR VSGGLEVLAE KCPNLTHLNL SGNKIKDLGT IEPLKKLENL KSLDLFNCEV TNLNDYRENV FKLLPQLTYL D GYDRDDKE APDSDAEGYV EGLDDEEEDE DVLSLVKDRD DKEAPDSDAE GYVEGLDDEE EDEDEEEYDD DAQVVEDEED EE EEEEGEE EDVSGEEEED EEGYNDGDVD DDEDEEEPDE ERGQKRKREP EDEGDEDD

UniProtKB: Acidic nuclear phosphoprotein 32 family member A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.28 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaCLsodium chloride
0.005 %C58H114O26Tween 20
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 294 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-44 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3678 / 平均露光時間: 11.0 sec. / 平均電子線量: 38.8 e/Å2
詳細: Single specimen tilt of 30 degrees for around two third of the images
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2534332
初期モデル#0 - モデルのタイプ: PDB ENTRY
#0 - PDBモデル - PDB ID:

4xos


#1 - モデルのタイプ: PDB ENTRY
#1 - PDBモデル - PDB ID:

5d98


#2 - モデルのタイプ: PDB ENTRY
#2 - PDBモデル - PDB ID:

6rr7

最終 再構成使用したクラス数: 7 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12) / 使用した粒子像数: 436000
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12)
最終 3次元分類クラス数: 20 / 平均メンバー数/クラス: 38000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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