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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xtb | ||||||
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タイトル | Subunit BBS 5 of the human core BBSome complex | ||||||
要素 | Bardet-Biedl syndrome 5 protein | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / ciliary transport / Arl6 effector / adaptor protein / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding => GO:0061629 / BBSome / response to stimulus / melanosome transport / motile cilium assembly / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / ciliary membrane / heart looping / axoneme ...RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding => GO:0061629 / BBSome / response to stimulus / melanosome transport / motile cilium assembly / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / ciliary membrane / heart looping / axoneme / centriolar satellite / cilium assembly / intracellular transport / visual perception / ciliary basal body / protein transport / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | ||||||
データ登録者 | Klink, B.U. / Raunser, S. / Gatsogiannis, C. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Structure of the human BBSome core complex. 著者: Björn Udo Klink / Christos Gatsogiannis / Oliver Hofnagel / Alfred Wittinghofer / Stefan Raunser / 要旨: The BBSome is a heterooctameric protein complex that plays a central role in primary cilia homeostasis. Its malfunction causes the severe ciliopathy Bardet-Biedl syndrome (BBS). The complex acts as a ...The BBSome is a heterooctameric protein complex that plays a central role in primary cilia homeostasis. Its malfunction causes the severe ciliopathy Bardet-Biedl syndrome (BBS). The complex acts as a cargo adapter that recognizes signaling proteins such as GPCRs and links them to the intraflagellar transport machinery. The underlying mechanism is poorly understood. Here we present a high-resolution cryo-EM structure of a human heterohexameric core subcomplex of the BBSome. The structure reveals the architecture of the complex in atomic detail. It explains how the subunits interact with each other and how disease-causing mutations hamper this interaction. The complex adopts a conformation that is open for binding to membrane-associated GTPase Arl6 and a large positively charged patch likely strengthens the interaction with the membrane. A prominent negatively charged cleft at the center of the complex is likely involved in binding of positively charged signaling sequences of cargo proteins. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xtb.cif.gz | 47.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xtb.ent.gz | 27.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xtb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/6xtb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/6xtb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38797.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BBS5 / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8N3I7 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human BBSome core complex / タイプ: COMPLEX 詳細: BBSome core complex containing BBS1,4,5,8,9 and 18. Only BBS5 was modelled into this map since we obtained another map with higher resolution for the other subunits (see related entry) Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株: Hi5 / プラスミド: ACEMBL | ||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.08 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: The sample was cross linked with 0.5% glutaraldehyde | ||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 286 K 詳細: double blot with 2 minutes incubation after first sample application |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Calibrated defocus min: 300 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 1000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 15 sec. / 電子線照射量: 67 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 15266 |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV / 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2831329 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 180654 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT |