PDB-6xrk: GH5-4 broad specificity endoglucanase from an uncultured bovine r...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xrk

タイトル

GH5-4 broad specificity endoglucanase from an uncultured bovine rumen ciliate

要素

Glycoside hydrolase type 1

キーワード

HYDROLASE / Cellulase / xylanase / GH5 / endoglucanase

機能・相同性

機能・相同性情報

glucan catabolic process / beta-glucosidase activity / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

uncultured bovine rumen ciliate (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.419 Å

データ登録者

Bingman, C.A. / Smith, R.W. / Glasgow, E.M. / Fox, B.G.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
Department of Energy (DOE, United States)	DEFC0207ER64494	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	NIH 5 T32 GM008349 Biotechnology Training Program	米国

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: A structural and kinetic survey of GH5_4 endoglucanases reveals determinants of broad substrate specificity and opportunities for biomass hydrolysis.
著者: Glasgow, E.M. / Kemna, E.I. / Bingman, C.A. / Ing, N. / Deng, K. / Bianchetti, C.M. / Takasuka, T.E. / Northen, T.R. / Fox, B.G.

履歴

登録	2020年7月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年2月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xrk.cif.gz	441.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xrk.ent.gz	369 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xrk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/6xrk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/6xrk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4im4C 6mq4C 6pz7C 6q1iC 6ui3C 6wqpC 6wqvC 6wqyC 6xsoC 6xsuC 2jepS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3m31-d 3b1p-d 5uvg-d 1rgu-2 1meh-d 5z1g-2 5vog-1 4r7j-d 2d1i-1 2y3y-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycoside hydrolase type 1

B: Glycoside hydrolase type 1

ヘテロ分子

86.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycoside hydrolase type 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
43.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glycoside hydrolase type 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.320, 84.990, 121.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Glycoside hydrolase type 1 分子量: 42883.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: uncultured ciliate from bovine rumen 由来: (組換発現) uncultured bovine rumen ciliate (環境試料) プラスミド: pVP67K 詳細 (発現宿主): Expression plasmid developed at the Center for Eukaryotic Structural Genomics 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: G5DDB8, 加水分解酵素

#1: タンパク質

Glycoside hydrolase type 1

分子量: 42883.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: uncultured ciliate from bovine rumen
由来: (組換発現)

uncultured bovine rumen ciliate (環境試料)
プラスミド: pVP67K
詳細 (発現宿主): Expression plasmid developed at the Center for Eukaryotic Structural Genomics
発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: G5DDB8, 加水分解酵素

-
非ポリマー , 5種, 1037分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1029 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 200 nL 37 mg/mL protein, 50 mM sodium chloride, 10 mM MOPS, pH 7 + 200 nL reservoir solution (200 mM ammonium acetate, 100 mM Bis-Tris methane, pH 6.5, 25% PEG3350), MRC SD2 plate, ...詳細: 200 nL 37 mg/mL protein, 50 mM sodium chloride, 10 mM MOPS, pH 7 + 200 nL reservoir solution (200 mM ammonium acetate, 100 mM Bis-Tris methane, pH 6.5, 25% PEG3350), MRC SD2 plate, cryoprotectant: reservoir solution + 35% PEG3350

結晶

マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.41 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 200 nL 37 mg/mL protein, 50 mM sodium chloride, 10 mM MOPS, pH 7 + 200 nL reservoir solution (200 mM ammonium acetate, 100 mM Bis-Tris methane, pH 6.5, 25% PEG3350), MRC SD2 plate, ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.774901 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月5日
放射	モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.774901 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.419→36.64 Å / Num. obs: 141292 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / R_merge(I) obs: 0.07724 / Net I/σ(I): 18.36
反射シェル	解像度: 1.42→1.47 Å / 冗長度: 14.1 % / R_merge(I) obs: 1.415 / Mean I/σ(I) obs: 1.28 / Num. unique obs: 13953 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2JEP

2jep

解像度: 1.419→36.64 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.98

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.167	1997	1.41 %
R_work	0.145	-	-
obs	0.145	141196	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.419→36.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5723	0	40	1029	6792

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6044
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.954	8231
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.074	2166
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	889
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1055

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.419-1.4554	0.3617	141	0.3495	9779	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4554-1.4948	0.2854	140	0.2585	9850	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4948-1.5388	0.208	141	0.2109	9860	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5388-1.5884	0.2162	142	0.1829	9827	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5884-1.6452	0.1873	142	0.1695	9895	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6452-1.7111	0.1783	142	0.1599	9861	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7111-1.789	0.1852	141	0.1552	9882	X-RAY DIFFRACTION	100
1.789-1.8833	0.18	142	0.1446	9893	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8833-2.0013	0.2317	143	0.1441	9901	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0013-2.1558	0.1643	142	0.1366	9946	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1558-2.3727	0.1524	145	0.1309	9982	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3727-2.7159	0.144	143	0.1299	10010	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7159-3.4214	0.1358	143	0.1352	10104	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4214-36.64	0.1598	150	0.1349	10409	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3547	-0.1496	0.1452	1.1141	-0.0415	0.8182	0.0315	0.2398	0.0593	-0.1379	-0.0691	-0.0658	0.0414	0.1111	-0.0008	0.1604	0.0161	0.0141	0.2012	0.0234	0.1156	38.8434	56.9154	37.7355
2	1.1922	-0.4362	0.4423	0.7694	-0.109	0.6307	-0.1034	-0.0775	0.2601	0.1143	0.0112	-0.1911	-0.0628	0.1022	-0.0022	0.1549	-0.0229	-0.0209	0.1744	-0.0193	0.1994	48.4754	63.9688	56.9853
3	1.1721	-0.3124	0.2157	0.9429	-0.1393	0.9144	-0.039	-0.17	0.1904	0.1902	0.0141	0.0624	-0.1095	-0.0679	-0.0005	0.1646	0.006	0.0134	0.1728	-0.0226	0.1555	32.6552	64.4137	55.4517
4	0.7249	0.3176	0.1044	0.375	-0.2683	0.7367	0.0252	-0.0038	0.0143	0.038	0.0279	-0.1442	-0.0059	0.044	0	0.1119	0.0039	-0.0058	0.1168	0.0005	0.1394	73.2699	29.8323	38.1801
5	0.4789	0.2629	0.0724	1.3621	0.3542	0.846	0.0511	0.045	0.1079	-0.0313	-0.0079	-0.2754	-0.0587	0.0364	0.0004	0.1405	-0.0004	0.0131	0.1322	-0.01	0.1954	74.383	37.7779	37.9198
6	0.5264	0.229	0.4613	1.2702	0.1689	0.7735	0.0001	0.0308	0.1059	-0.1064	-0.0154	0.0009	-0.0638	-0.088	0	0.1653	0.0156	0.0013	0.1472	-0.0083	0.1284	62.0556	33.3706	32.2064
7	0.7834	0.1236	0.6276	0.9196	0.294	0.5444	0.0204	0.0412	-0.0244	-0.0934	-0.0559	0.0369	0.0436	-0.0748	-0	0.1682	0.0087	0.0025	0.1654	-0.0242	0.1328	60.3204	27.0687	31.179
8	0.7523	0.0955	0.1701	0.6969	-0.2013	0.2261	0.0408	-0.1631	-0.0125	0.2453	-0.1319	0.0673	0.125	-0.1795	0.0015	0.2149	-0.0415	0.003	0.2088	-0.0208	0.1424	58.0305	27.1635	50.5567
9	0.1637	0.012	-0.0047	0.1013	-0.039	0.015	-0.0049	-0.2577	-0.1772	0.4323	-0.1454	0.1229	0.3555	-0.312	-0.0164	0.4077	-0.0679	0.0061	0.2481	0.0425	0.2321	62.3137	14.6086	54.66
10	0.978	-0.254	-0.4053	0.647	-0.1217	0.4812	0.051	-0.1833	-0.1266	0.348	-0.0269	-0.187	0.2171	0.0307	0.0008	0.2603	-0.0082	-0.0561	0.1602	0.0064	0.1719	71.1026	21.4344	49.9406
11	0.2314	0.1237	-0.1152	0.0935	0.0532	0.547	0.0469	-0.0811	-0.094	0.3843	0.0713	-0.4488	0.2824	0.1607	-0.0149	0.2561	0.0339	-0.1411	0.1999	-0.0267	0.3096	82.5675	24.5328	52.467

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 200 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 201 THROUGH 273 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 274 THROUGH 357 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'B' AND (RESID 1 THROUGH 34 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 35 THROUGH 119 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 120 THROUGH 161 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 162 THROUGH 200 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 201 THROUGH 247 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 248 THROUGH 273 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 274 THROUGH 328 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 329 THROUGH 357 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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