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- PDB-6xpx: Human antibody S1V2-51 in complex with the influenza hemagglutini... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xpx
タイトルHuman antibody S1V2-51 in complex with the influenza hemagglutinin head domain of A/Aichi/2/1968 (X-31)(H3N2)
要素
  • Hemagglutinin
  • S1V2-51 Fab heavy chain
  • S1V2-51 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / antibody antigen complex / hemagglutinin / virus / influenza / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.598 Å
データ登録者McCarthy, K.R. / Harrison, S.C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI089618 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI117892 米国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2021
タイトル: A Prevalent Focused Human Antibody Response to the Influenza Virus Hemagglutinin Head Interface.
著者: McCarthy, K.R. / Lee, J. / Watanabe, A. / Kuraoka, M. / Robinson-McCarthy, L.R. / Georgiou, G. / Kelsoe, G. / Harrison, S.C.
履歴
登録2020年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
C: S1V2-51 Fab light chain
B: S1V2-51 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,53316
ポリマ－80,2953
非ポリマー2,23813
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8380 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area31610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.420, 101.560, 77.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.010, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 31936.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Aichi/2/1968 (X-31)(H3N2) / 遺伝子: 41857 / 細胞株 (発現宿主): BTI-Tn-5B1-4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P03437

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抗体 , 2種, 2分子 CB

#2: 抗体 S1V2-51 Fab light chain


分子量: 24198.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 S1V2-51 Fab heavy chain


分子量: 24159.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 2種, 3分子

#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 26分子

#6: 化合物 ChemComp-BCN / BICINE / N,N-ビス(2-ヒドロキシエチル)グリシン


分子量: 163.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.39 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.3 M Magnesium chloride, 25% (w/v) PEG 2000, 15% (w/v) Glycerol, 0.1 M BICINE, pH 9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.598→42.65 Å / Num. obs: 30757 / % possible obs: 98.84 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06237 / Rpim(I) all: 0.03622 / Rrim(I) all: 0.07237 / Net I/σ(I): 12.78
反射 シェル解像度: 2.598→2.691 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.7997 / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / Num. unique obs: 2992 / CC1/2: 0.583 / CC star: 0.858 / Rpim(I) all: 0.4695 / Rrim(I) all: 0.931 / % possible all: 96.86

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6E56, 5I18, 6E4X

6e56

5i18

6e4x


解像度: 2.598→42.646 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2154 1579 5.13 %
Rwork0.1853 29173 -
obs0.187 30752 98.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 165.15 Å2 / Biso mean: 80.1681 Å2 / Biso min: 34.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.598→42.646 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5372 0 147 16 5535
Biso mean--116.89 61.06 -
残基数----702
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0145647
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4067667
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.5963338
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07859
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008976
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5984-2.68220.35571390.2965256597
2.6822-2.77810.2941330.26282668100
2.7781-2.88930.33311150.2586267099
2.8893-3.02070.31831400.2384260498
3.0207-3.17990.29581340.2136268999
3.1799-3.37910.25671510.20422659100
3.3791-3.63990.24351480.19912655100
3.6399-4.00590.21291520.1856265999
4.0059-4.5850.17281520.1558263398
4.585-5.77430.19311640.15292662100
5.7743-42.6460.18541510.1747270999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.58091.00472.22661.25780.23882.26340.1809-0.1247-0.08510.0052-0.0295-0.11810.10210.0943-0.15790.71860.07010.09080.7116-0.05870.68191.0242-4.1956-8.2913
23.20110.32781.64832.91531.0613.84010.1073-0.05660.3003-0.0428-0.09230.4373-0.0269-0.5448-0.0310.4830.02120.05540.67860.08680.6111-17.2164-8.0623-22.6415
32.65041.35131.81721.18920.3881.9437-0.08430.25270.5435-0.0318-0.05980.0505-0.170.39640.10860.72760.03170.05620.7276-0.05040.73517.71033.9043-10.2939
43.1594-2.32840.11066.6709-0.39632.5994-0.3089-0.2716-0.23810.31820.4160.1597-0.242-0.0057-0.09760.6212-0.10450.02080.59160.04190.5651-0.5886-40.4497-9.2624
52.5455-1.3516-0.3211.1232-0.08770.9424-0.1158-0.2993-0.13420.11540.119-0.00790.10850.28040.00090.6762-0.0183-0.01440.6445-0.01210.570519.6491-50.932-13.5216
63.4226-1.72061.83842.63740.73483.8021-0.25450.437-0.3022-1.17290.1494-0.7933-0.32820.20620.10550.89840.06530.20520.62420.06450.824114.9179-34.0234-35.1746
72.6648-0.4246-0.91354.17460.48392.48380.22840.31360.1931-0.6983-0.278-0.16-0.0351-0.01570.02960.63230.00480.05840.58890.07170.56194.4527-30.3416-29.8453
84.7077-0.35920.76063.72590.00985.03890.3680.48320.5809-0.8197-0.394-0.638-0.72340.02770.08780.97820.02970.07840.63910.02830.72368.5626-25.2393-32.1248
92.3107-1.5451-0.88151.59751.21870.9233-0.04630.30980.1988-0.346-0.0345-0.2052-0.03910.05340.07530.7879-0.05270.03850.59320.11230.731614.822-35.2764-28.7494
104.98841.6392-1.27095.394-0.52832.3675-0.02310.08770.0150.22280.19820.17830.36380.0643-0.0910.61380.0264-0.00270.6279-0.0520.588131.6735-55.8808-24.9834
114.1911.2455-1.57757.3174-3.07764.5197-0.16550.3527-0.6633-0.54110.3772-0.4150.8344-0.0348-0.31760.76890.0105-0.08470.7713-0.13460.809635.5494-60.9439-32.0468
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 41 through 104 )A41 - 104
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 105 through 249 )A105 - 249
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 250 through 311 )A250 - 311
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 1 through 38 )C1 - 38
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 39 through 218 )C39 - 218
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 17 )B1 - 17
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 18 through 60 )B18 - 60
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 61 through 83 )B61 - 83
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 84 through 122 )B84 - 122
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 123 through 188 )B123 - 188
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 189 through 216 )B189 - 216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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