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- PDB-6xpo: Influenza hemagglutinin A/Bangkok/01/1979(H3N2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xpo
タイトルInfluenza hemagglutinin A/Bangkok/01/1979(H3N2)
要素Hemagglutinin
キーワードVIRAL PROTEIN / hemagglutinin / fusogen / virus / influenza
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者McCarthy, K.R. / Harrison, S.C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI089618 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI117892 米国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2021
タイトル: A Prevalent Focused Human Antibody Response to the Influenza Virus Hemagglutinin Head Interface.
著者: McCarthy, K.R. / Lee, J. / Watanabe, A. / Kuraoka, M. / Robinson-McCarthy, L.R. / Georgiou, G. / Kelsoe, G. / Harrison, S.C.
履歴
登録2020年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,92324
ポリマ－174,0173
非ポリマー9,90621
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24160 Å2
ΔGint101 kcal/mol
Surface area65290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)200.660, 186.180, 107.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.130, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 58005.766 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Bangkok/1/1979 H3N2) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Bangkok/1/1979 H3N2 / 遺伝子: HA / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q1K9S3
#2: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.27 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 5% (w/v) PEG 400, 0.5M Sodium citrate, pH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→48.66 Å / Num. obs: 71349 / % possible obs: 96.31 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1617 / Rpim(I) all: 0.09213 / Rrim(I) all: 0.1867 / Net I/σ(I): 7.88
反射 シェル解像度: 3→3.107 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 1.101 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 7168 / CC1/2: 0.751 / CC star: 0.926 / Rpim(I) all: 0.6143 / % possible all: 97.12

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6MXU

6mxu


解像度: 3→48.658 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2622 3617 5.08 %
Rwork0.2259 67609 -
obs0.2277 71226 96.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 223.03 Å2 / Biso mean: 92.9961 Å2 / Biso min: 29.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→48.658 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11618 0 654 0 12272
Biso mean--147.74 --
残基数----1475
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3-3.03940.40521350.3635262897
3.0394-3.0810.36651120.341263297
3.081-3.1250.33271550.325257397
3.125-3.17170.34411360.3244260797
3.1717-3.22120.36321220.3311259196
3.2212-3.2740.36461390.3188257095
3.274-3.33050.37471500.3029250994
3.3305-3.3910.36931020.2821233486
3.391-3.45620.34351360.2687258895
3.4562-3.52670.30111450.2542264598
3.5267-3.60340.26811350.2409266898
3.6034-3.68720.2631560.2394260598
3.6872-3.77940.31991660.2437262898
3.7794-3.88150.26361470.248263398
3.8815-3.99570.29891310.2304265098
3.9957-4.12460.27621380.2186265098
4.1246-4.27190.21711430.2045263398
4.2719-4.44280.27261270.2022264097
4.4428-4.64490.25531340.1961257996
4.6449-4.88960.24471540.1984253693
4.8896-5.19560.23311380.1926242391
5.1956-5.59620.21261560.1977266599
5.5962-6.15840.25291420.2073265599
6.1584-7.04720.26321470.2166267098
7.0472-8.870.19141440.1931265097
8.87-48.6580.18831270.1805264795
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1965-0.2096-0.45540.02520.05430.1397-0.21670.3215-0.4604-0.0382-0.35490.32350.3428-0.5307-0.00590.6395-0.0060.00120.6558-0.05590.5415.247762.758724.311
20.4977-0.267-0.71390.8042-0.26631.12850.01770.1625-0.0743-0.2817-0.1697-0.07410.35460.032-0.00070.72490.19940.05330.52740.00140.392544.556853.36480.654
31.9575-1.1684-1.18950.7350.43491.8175-0.05470.2928-0.137-0.1526-0.00080.1420.0741-0.2765-0.17270.4552-0.0977-0.04940.5163-0.04030.63281.787169.515943.4599
40.12180.0455-0.10790.14110.21560.22730.06510.5931-0.0874-0.293-0.2263-0.07830.1317-0.1175-00.72020.09-0.01250.6310.02440.585520.2668.483931.5278
50.14450.28090.10790.8716-0.33170.62840.0714-0.08590.11140.02660.02850.0707-0.1077-0.048400.21960.0203-0.13150.2826-0.02150.3854.063378.336154.5329
60.3192-0.2143-0.05410.86790.07920.1367-0.0709-0.17360.0239-0.0080.0613-0.14140.04670.1304-0.00010.57820.01360.01010.48610.04750.533841.415539.521143.1504
70.71-0.9076-0.51881.33140.71670.47430.0728-0.07720.0195-0.2993-0.1251-0.1269-0.05070.0081-0.02030.71790.08980.10390.5080.07220.570346.249837.909330.1339
80.3996-0.1396-0.12970.6932-0.01730.185-0.0681-0.32350.01740.19890.15050.10920.00650.1907-00.46040.0379-0.01980.48140.01540.362515.406266.682265.1213
90.75770.57070.25391.05460.30171.43530.3693-0.28840.4137-0.64650.0022-0.2654-0.68010.26560.04670.70050.11810.05070.426-0.00150.593416.689793.778154.5228
101.06640.0721-0.24180.5243-0.07650.75160.0686-0.08540.2223-0.22330.092-0.37830.03170.510900.62120.11350.11650.745-0.01170.754664.250163.538325.7182
110.015-0.0746-0.13451.08670.20110.45430.030.00720.1002-0.07890.0356-0.0276-0.12910.2099-0.00140.48570.0302-0.06210.4237-0.02940.476225.947383.017252.084
120.2762-0.0128-0.07030.09930.06870.1413-0.1486-0.69190.14470.6362-0.013-0.03870.30680.1515-0.00060.8847-0.13340.09980.6406-0.1570.67226.618297.849677.861
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 89 )A8 - 89
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 90 through 288 )A90 - 288
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 289 through 366 )A289 - 366
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 367 through 404 )A367 - 404
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 405 through 502 )A405 - 502
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 7 through 146 )B7 - 146
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 147 through 337 )B147 - 337
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 338 through 502 )B338 - 502
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 4 through 41 )C4 - 41
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 42 through 322 )C42 - 322
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 323 through 461 )C323 - 461
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 462 through 502 )C462 - 502

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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