+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6xpo | ||||||||||||
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Title | Influenza hemagglutinin A/Bangkok/01/1979(H3N2) | ||||||||||||
Components | Hemagglutinin | ||||||||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / hemagglutinin / fusogen / virus / influenza | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Influenza A virus | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3 Å | ||||||||||||
Authors | McCarthy, K.R. / Harrison, S.C. | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: Mbio / Year: 2021 Title: A Prevalent Focused Human Antibody Response to the Influenza Virus Hemagglutinin Head Interface. Authors: McCarthy, K.R. / Lee, J. / Watanabe, A. / Kuraoka, M. / Robinson-McCarthy, L.R. / Georgiou, G. / Kelsoe, G. / Harrison, S.C. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6xpo.cif.gz | 607.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6xpo.ent.gz | 509.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6xpo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6xpo_validation.pdf.gz | 3.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6xpo_full_validation.pdf.gz | 4 MB | Display | |
Data in XML | 6xpo_validation.xml.gz | 54 KB | Display | |
Data in CIF | 6xpo_validation.cif.gz | 71.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/6xpo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/6xpo | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6xpqC 6xprC 6xpxC 6xpyC 6xpzC 6xq0C 6xq2C 6xq4C 6mxuS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 58005.766 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus (strain A/Bangkok/1/1979 H3N2) Strain: A/Bangkok/1/1979 H3N2 / Gene: HA / Cell line (production host): High Five / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: Q1K9S3 #2: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Sugar | ChemComp-NAG / Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.41 Å3/Da / Density % sol: 77.27 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: 5% (w/v) PEG 400, 0.5M Sodium citrate, pH7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 26, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→48.66 Å / Num. obs: 71349 / % possible obs: 96.31 % / Redundancy: 3.9 % / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1617 / Rpim(I) all: 0.09213 / Rrim(I) all: 0.1867 / Net I/σ(I): 7.88 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.107 Å / Redundancy: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 1.101 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 7168 / CC1/2: 0.751 / CC star: 0.926 / Rpim(I) all: 0.6143 / % possible all: 97.12 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6MXU Resolution: 3→48.658 Å / SU ML: 0.44 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 31.43 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 223.03 Å2 / Biso mean: 92.9961 Å2 / Biso min: 29.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3→48.658 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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