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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xc2 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody CC12.1 | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / Antibody / SARS-CoV-2 / Coronavirus / Spike / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.112 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Yuan, M. / Liu, H. / Wu, N.C. / Zhu, X. / Wilson, I.A. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Structural basis of a shared antibody response to SARS-CoV-2. 著者: Yuan, M. / Liu, H. / Wu, N.C. / Lee, C.D. / Zhu, X. / Zhao, F. / Huang, D. / Yu, W. / Hua, Y. / Tien, H. / Rogers, T.F. / Landais, E. / Sok, D. / Jardine, J.G. / Burton, D.R. / Wilson, I.A. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020 タイトル: Structural basis of a public antibody response to SARS-CoV-2. 著者: Yuan, M. / Liu, H. / Wu, N.C. / Lee, C.D. / Zhu, X. / Zhao, F. / Huang, D. / Yu, W. / Hua, Y. / Tien, H. / Rogers, T.F. / Landais, E. / Sok, D. / Jardine, J.G. / Burton, D.R. / Wilson, I.A. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xc2.cif.gz | 250.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xc2.ent.gz | 197.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xc2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6xc2_validation.pdf.gz | 494.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6xc2_full_validation.pdf.gz | 511.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6xc2_validation.xml.gz | 44 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6xc2_validation.cif.gz | 59.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/6xc2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/6xc2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26095.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P0DTC2 #2: 抗体 | 分子量: 23641.365 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) #3: 抗体 | 分子量: 23150.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) #4: 糖 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.67 % |
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結晶化 | 温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M sodium citrate pH 5.5 15% polyethylene glycol 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.11→50 Å / Num. obs: 25802 / % possible obs: 88.3 % / 冗長度: 1.5 % / CC1/2: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 7.4 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.27 Å / Num. unique obs: 1234 / CC1/2: 0.62 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4ZD3, 6YLA 解像度: 3.112→40.343 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 29.44 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 140.13 Å2 / Biso mean: 70 Å2 / Biso min: 31.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.112→40.343 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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