PDB-6x95: 2-deoxy-glucose-bound structure of Marinomonas primoryensis PA14 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6x95

タイトル

2-deoxy-glucose-bound structure of Marinomonas primoryensis PA14 carbohydrate-binding domain

要素

Antifreeze protein

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / 2-deoxy-glucose-MpPA14 complex / PA14 domain / carbohydrate-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Marinomonas primoryensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Guo, S. / Davies, P.L.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2021
タイトル: Structural Basis of Ligand Selectivity by a Bacterial Adhesin Lectin Involved in Multispecies Biofilm Formation.
著者: Guo, S. / Vance, T.D.R. / Zahiri, H. / Eves, R. / Stevens, C. / Hehemann, J.H. / Vidal-Melgosa, S. / Davies, P.L.

履歴

登録	2020年6月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6x95.cif.gz	93.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6x95.ent.gz	64.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6x95.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6x95_validation.pdf.gz	818.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6x95_full_validation.pdf.gz	817.8 KB	表示
XML形式データ	6x95_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
CIF形式データ	6x95_validation.cif.gz	18.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x9/6x95 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x9/6x95	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6x7jC 6x7tC 6x7xC 6x7yC 6x7zC 6x8aC 6x8dC 6x8yC 6x9mC 6x9pC 6xa5C 6xacC 6xaqC 5j6yS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2aim-d 6xaq-d 3ell-2 5o1x-d 1sfe-d 2gj2-5 6u87-d 7dmx-2 4gc8-1 5o20-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Antifreeze protein

ヘテロ分子

21 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.190, 50.030, 77.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Antifreeze protein 分子量: 20377.607 Da / 分子数: 1 / 断片: carbohydrate-binding domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Marinomonas primoryensis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1YIY3
#2: 糖	ChemComp-Z61 / 2-deoxy-alpha-D-arabino-hexopyranose / 2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / 2-deoxy-alpha-D-mannopyranose / 2-デオキシ-D-ブドウ糖タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.63 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M calcium chloride, 0.1 M HEPES (pH 7), 20% (v/v) polyethylene glycol 3350 and ~ 30 % (w/v) 2-deoxy glucose

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.96→42.08 Å / Num. obs: 103370 / % possible obs: 96.25 % / 冗長度: 10.9 % / B_iso Wilson estimate: 10.08 Å² / R_rim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 0.96→1 Å / Num. unique obs: 7163 / R_pim(I) all: 3.13 / % possible all: 67.7

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5J6Y

5j6y

解像度: 1.1→42.08 Å / SU ML: 0.0867 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.5883
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1691	3615	5 %
R_work	0.1563	68669	-
obs	0.1569	72284	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→42.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1375	0	32	286	1693

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0083	1451
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1889	1979
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1418	219
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0069	261
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.2817	489

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1-1.11	0.2313	137	0.2366	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.11-1.13	0.2099	138	0.1995	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
1.13-1.15	0.183	137	0.1914	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
1.15-1.16	0.205	138	0.1796	2605	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.16-1.18	0.1716	137	0.1767	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
1.18-1.2	0.1634	137	0.1765	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2-1.22	0.1623	139	0.1696	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
1.22-1.24	0.2043	136	0.1677	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
1.24-1.27	0.1806	138	0.1626	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
1.27-1.29	0.1612	137	0.1653	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
1.29-1.32	0.1587	139	0.1633	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
1.32-1.35	0.1689	137	0.1585	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
1.35-1.39	0.194	138	0.1624	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
1.39-1.42	0.1814	138	0.167	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
1.42-1.47	0.1469	139	0.1573	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
1.47-1.51	0.1476	138	0.1499	2623	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.51-1.57	0.1541	139	0.1439	2646	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.57-1.63	0.1563	138	0.1454	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.7	0.1807	139	0.1471	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.79	0.1659	139	0.1512	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.91	0.1622	140	0.1512	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-2.05	0.1547	141	0.1459	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.26	0.1604	140	0.1392	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.59	0.1408	142	0.1521	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-3.26	0.1767	143	0.1556	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-42.08	0.185	151	0.159	2855	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)