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- PDB-5j6y: Crystal structure of PA14 domain of MpAFP Antifreeze protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j6y
タイトルCrystal structure of PA14 domain of MpAFP Antifreeze protein
要素Antifreeze protein
キーワードCELL ADHESION / Sugar binding / Antifreeze protein / PA14
機能・相同性
機能・相同性情報


Cadherin-like domain / : / : / Cadherin-like domain / Bacterial antifreeze protein repeat / : / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / alpha-D-glucopyranose / Antifreeze protein
類似検索 - 構成要素
生物種Marinomonas primoryensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.03 Å
データ登録者Guo, S.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2017
タイトル: Structure of a 1.5-MDa adhesin that binds its Antarctic bacterium to diatoms and ice.
著者: Guo, S. / Stevens, C.A. / Vance, T.D.R. / Olijve, L.L.C. / Graham, L.A. / Campbell, R.L. / Yazdi, S.R. / Escobedo, C. / Bar-Dolev, M. / Yashunsky, V. / Braslavsky, I. / Langelaan, D.N. / ...著者: Guo, S. / Stevens, C.A. / Vance, T.D.R. / Olijve, L.L.C. / Graham, L.A. / Campbell, R.L. / Yazdi, S.R. / Escobedo, C. / Bar-Dolev, M. / Yashunsky, V. / Braslavsky, I. / Langelaan, D.N. / Smith, S.P. / Allingham, J.S. / Voets, I.K. / Davies, P.L.
履歴
登録2016年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / refine / refine_hist / reflns / reflns_shell / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.label_alt_id / _chem_comp.name ..._atom_site.label_alt_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine_hist.d_res_high / _reflns.pdbx_CC_half / _reflns_shell.number_unique_obs / _reflns_shell.pdbx_CC_half
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antifreeze protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,75811
ポリマ－20,0771
非ポリマー68110
水5,459303
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area960 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area8570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.220, 50.550, 79.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Antifreeze protein


分子量: 20077.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marinomonas primoryensis (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1YIY3
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M Calcium Chloride, Glucose, HEPES pH7

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.03→45.22 Å / Num. obs: 74600 / % possible obs: 83.2 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 23.9
反射 シェル解像度: 1.03→1.05 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.03→39.71 Å / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 15.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.164 3725 5 %RANDOM
Rwork0.155 ---
obs0.156 74502 83.2 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.03→39.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1418 0 32 303 1753
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081537
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3062116
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.182531
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.31239
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007282
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.0342-1.04730.5165130.4683237X-RAY DIFFRACTION8
1.0473-1.06110.3744350.314675X-RAY DIFFRACTION22
1.0611-1.07560.2207550.25761027X-RAY DIFFRACTION33
1.0756-1.0910.2416680.22611309X-RAY DIFFRACTION43
1.091-1.10730.2183870.21011647X-RAY DIFFRACTION53
1.1073-1.12460.20271030.18931940X-RAY DIFFRACTION62
1.1246-1.1430.1791150.17862183X-RAY DIFFRACTION71
1.143-1.16270.19091300.17272479X-RAY DIFFRACTION79
1.1627-1.18390.1871410.17212695X-RAY DIFFRACTION87
1.1839-1.20660.16991490.16462852X-RAY DIFFRACTION90
1.2066-1.23130.17371570.15412978X-RAY DIFFRACTION96
1.2313-1.25810.15291650.14963136X-RAY DIFFRACTION100
1.2581-1.28730.16041640.14683113X-RAY DIFFRACTION100
1.2873-1.31950.16051640.14623120X-RAY DIFFRACTION100
1.3195-1.35520.17441650.14923135X-RAY DIFFRACTION100
1.3552-1.39510.13961650.14573133X-RAY DIFFRACTION100
1.3951-1.44010.16771650.14883132X-RAY DIFFRACTION100
1.4401-1.49160.15211660.14123151X-RAY DIFFRACTION100
1.4916-1.55130.14761650.13993143X-RAY DIFFRACTION100
1.5513-1.62190.15971670.13613165X-RAY DIFFRACTION100
1.6219-1.70740.16141650.14363140X-RAY DIFFRACTION100
1.7074-1.81440.15581680.14573187X-RAY DIFFRACTION100
1.8144-1.95450.13981670.14953169X-RAY DIFFRACTION100
1.9545-2.15120.13571680.14343190X-RAY DIFFRACTION100
2.1512-2.46240.15751680.15423204X-RAY DIFFRACTION100
2.4624-3.10220.18261710.16663238X-RAY DIFFRACTION100
3.1022-39.73930.17121790.1583399X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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