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万見
- PDB-5ix9: Cell surface anchoring domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ix9
タイトルCell surface anchoring domain
要素Antifreeze protein
キーワードAntifreeze protein / Cell adhesion / biofilm-associated protein / ice-binding protein
機能・相同性: / : / Immunoglobulin-like fold / metal ion binding / Antifreeze protein
機能・相同性情報
生物種Marinomonas primoryensis (バクテリア)
手法溶液NMR / na
データ登録者Guo, S. / Langelaan, D.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2017
タイトル: Structure of a 1.5-MDa adhesin that binds its Antarctic bacterium to diatoms and ice.
著者: Guo, S. / Stevens, C.A. / Vance, T.D.R. / Olijve, L.L.C. / Graham, L.A. / Campbell, R.L. / Yazdi, S.R. / Escobedo, C. / Bar-Dolev, M. / Yashunsky, V. / Braslavsky, I. / Langelaan, D.N. / ...著者: Guo, S. / Stevens, C.A. / Vance, T.D.R. / Olijve, L.L.C. / Graham, L.A. / Campbell, R.L. / Yazdi, S.R. / Escobedo, C. / Bar-Dolev, M. / Yashunsky, V. / Braslavsky, I. / Langelaan, D.N. / Smith, S.P. / Allingham, J.S. / Voets, I.K. / Davies, P.L.
履歴
登録2016年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antifreeze protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5941
ポリマ－20,5941
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Antifreeze protein


分子量: 20594.082 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 12-187 / 変異: D31N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marinomonas primoryensis (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1YIY2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
121isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
131isotropic12D 1H-15N HSQC
151isotropic13D HN(CA)CB
181isotropic13D CBCA(CO)NH
171isotropic13D HNCO
161isotropic13D (H)CCH-TOCSY
141isotropic13D (H)CCH-COSY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 20 mM TRIS, 50 mM sodium chloride, 2 mM CaCl2, 2 mM MgCl2, 3 mM 13C MpAFP_RINM, 90% H2O/10% D2O
Label: 15N and 13C / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMTRISnone1
50 mMsodium chloridenone1
2 mMCaCl2none1
2 mMMgCl2none1
3 mMMpAFP_RINM13C1
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 30 C

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
AnalysisCCPNchemical shift assignment
VNMRVariancollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: na / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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