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万見
- PDB-2gj2: Crystal Structure of VP9 from White Spot Syndrome Virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gj2
タイトルCrystal Structure of VP9 from White Spot Syndrome Virus
要素wsv230
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / FERREDOXIN FOLD
機能・相同性VP9 protein domain / White spot syndrome virus (WSSV), Orf116/126, N-terminal / VP9, N-terminal domain superfamily / VP9 protein / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / : / ORF115
機能・相同性情報
生物種Shrimp white spot syndrome virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Liu, Y. / Wu, J.L. / Song, J.X. / Sivaraman, J. / Hew, C.L.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2006
タイトル: Identification of a Novel Nonstructural Protein, VP9, from White Spot Syndrome Virus: Its Structure Reveals a Ferredoxin Fold with Specific Metal Binding Sites
著者: Liu, Y. / Wu, J.L. / Song, J.X. / Sivaraman, J. / Hew, C.L.
履歴
登録2006年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: wsv230
B: wsv230
C: wsv230
D: wsv230
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,90212
ポリマ－38,0034
非ポリマー8998
水2,252125
1
A: wsv230
D: wsv230
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4516
ポリマ－19,0012
非ポリマー4504
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area9350 Å2
手法PISA
2
B: wsv230
C: wsv230
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4516
ポリマ－19,0012
非ポリマー4504
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area9240 Å2
手法PISA
3
C: wsv230
ヘテロ分子

D: wsv230
ヘテロ分子

A: wsv230
B: wsv230
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,90212
ポリマ－38,0034
非ポリマー8998
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_645-x+1,y-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation4_455x-1/2,-y+1/2,-z1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5100 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area16040 Å2
手法PISA
4
C: wsv230
ヘテロ分子

A: wsv230
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4516
ポリマ－19,0012
非ポリマー4504
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y+1/2,-z+1/21
Buried area1970 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area8590 Å2
手法PISA
5
D: wsv230
ヘテロ分子

B: wsv230
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4516
ポリマ－19,0012
非ポリマー4504
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x+1/2,-y+1/2,-z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area8770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.133, 78.205, 78.979
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
wsv230 / VP9


分子量: 9500.659 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shrimp white spot syndrome virus (ウイルス)
属: Whispovirus / 生物種: White spot syndrome virus 1 / 遺伝子: WSV230 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q91LD0
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 2M sodium acetate, 100mM MES, 25mM cadmium sulfate, 3% glycerol, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.7 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→50 Å / Num. all: 38474 / Num. obs: 38474 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.27→2.35 Å / % possible all: 78.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCデータ収集
HKL-2000データ削減
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.35→45 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 1812 -RANDOM
Rwork0.225 ---
all-43491 --
obs-34301 99.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2452 0 8 125 2585
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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