+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4gc8 | ||||||
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Title | Crystal structure of FliM middle domain from H. pylori | ||||||
Components | Flagellar motor switch protein | ||||||
Keywords | MOTOR PROTEIN / Flagellar motor switch / chemotaxis / flagellation / FliN / FliG / CheY | ||||||
Function / homology | Function and homology information bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / positive chemotaxis / cytoskeletal motor activity / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Helicobacter pylori (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Lam, K.H. / Au, S.W.N. | ||||||
Citation | Journal: Mol.Microbiol. / Year: 2013 Title: Structural basis of FliG-FliM interaction in Helicobacter pylori Authors: Lam, K.H. / Lam, W.W.L. / Wong, J.Y. / Chan, L.C. / Kotaka, M. / Ling, T.K.W. / Jin, D.Y. / Ottemann, K.M. / Au, S.W.N. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4gc8.cif.gz | 219.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4gc8.ent.gz | 177.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4gc8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/4gc8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/4gc8 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 23776.727 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: residues 31-237 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Helicobacter pylori (bacteria) / Strain: 26695 / Gene: FliM / Plasmid: pGEX-6P-1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: O25675 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.92 Å3/Da / Density % sol: 36.08 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.1M HEPES, 25% PEG2250, 20mM Sodium Bromide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.98 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 20, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→30 Å / Num. obs: 26406 / Biso Wilson estimate: 30.84 Å2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2→26.846 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8236 / SU ML: 0.3 / σ(F): 2.04 / Phase error: 25.58 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 127.08 Å2 / Biso mean: 36.1242 Å2 / Biso min: 11.77 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→26.846 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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