[日本語] English
万見
- PDB-6zq3: Crystal Structure of Silicatein Alpha from Marine Sponge Tethya a... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zq3
タイトルCrystal Structure of Silicatein Alpha from Marine Sponge Tethya aurantium
要素Silicatein alpha
キーワードHYDROLASE / Silica / Silicatein / Sponges / Demosponges / Spicules
機能・相同性
機能・相同性情報


proteolysis involved in protein catabolic process / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Tethya aurantium (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Goerlich, S. / Leonarski, R.J. / Tomizaki, T. / Zlotnikov, I.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and Research03Z22EN11 ドイツ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Natural hybrid silica/protein superstructure at atomic resolution.
著者: Gorlich, S. / Samuel, A.J. / Best, R.J. / Seidel, R. / Vacelet, J. / Leonarski, F.K. / Tomizaki, T. / Rellinghaus, B. / Pohl, D. / Zlotnikov, I.
履歴
登録2020年7月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment
改定 1.22024年1月31日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Silicatein alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2931
ポリマ－23,2931
非ポリマー00
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: scanning transmission electron microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.600, 59.600, 116.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 Silicatein alpha


分子量: 23292.543 Da / 分子数: 1 / 断片: mature enzyme / 由来タイプ: 天然 / 詳細: tissue / 由来: (天然) Tethya aurantium (無脊椎動物) / 参照: UniProt: O76238
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: in cell / 詳細: in vivo

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月21日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→51.5 Å / Num. obs: 9827 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 159 % / CC1/2: 0.91 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.486 Å / Num. unique obs: 973 / CC1/2: 0.58

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
CrystFEL0.8.0データ削減
CrystFEL0.8.0データスケーリング
MOLREP6.4.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 2VHS

2vhs


解像度: 2.4→47.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.885 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 12.7 / SU ML: 0.284 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.39 / ESU R Free: 0.295 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.302 492 5 %RANDOM
Rwork0.2403 ---
obs0.2436 9337 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 95.98 Å2 / Biso mean: 49.104 Å2 / Biso min: 35.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.46 Å20.73 Å2-0 Å2
2--1.46 Å20 Å2
3----4.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→47.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1586 0 0 24 1610
Biso mean---53.71 -
残基数----212
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0191500
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021303
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3671.9212040
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7932972
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2375210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.15224.31451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.05115191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.532153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021802
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02353
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 36 -
Rwork0.372 673 -
all-709 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る