PDB-4gc8: Crystal structure of FliM middle domain from H. pylori

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gc8

タイトル

Crystal structure of FliM middle domain from H. pylori

要素

Flagellar motor switch protein

キーワード

MOTOR PROTEIN (モータータンパク質) /

Flagellar motor switch /

chemotaxis (走化性) / flagellation /

FliN / FliG / CheY

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / positive chemotaxis / cytoskeletal motor activity /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Lam, K.H. / Au, S.W.N.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2013
タイトル: Structural basis of FliG-FliM interaction in Helicobacter pylori
著者: Lam, K.H. / Lam, W.W.L. / Wong, J.Y. / Chan, L.C. / Kotaka, M. / Ling, T.K.W. / Jin, D.Y. / Ottemann, K.M. / Au, S.W.N.

履歴

登録	2012年7月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月3日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gc8.cif.gz	219.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gc8.ent.gz	177.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gc8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/4gc8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/4gc8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fq0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ovx-2 2p86-d 5xhl-1 5h87-2 6zq3-d 1ppp-d 1etp-1 3lfy-2 2hh5-2 2qlg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Flagellar motor switch protein

B: Flagellar motor switch protein

C: Flagellar motor switch protein

71.3 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Flagellar motor switch protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Flagellar motor switch protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Flagellar motor switch protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.267, 91.267, 57.086
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	Flagellar motor switch protein / / FliM 分子量: 23776.727 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 31-237 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: FliM / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O25675
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.08 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES, 25% PEG2250, 20mM Sodium Bromide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 26406 / B_iso Wilson estimate: 30.84 Å²

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→26.846 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8236 / SU ML: 0.3 / σ(F): 2.04 / 位相誤差: 25.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2373	1335	5.06 %
R_work	0.1755	-	-
obs	0.1787	26406	97.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 127.08 Å² / B_iso mean: 36.1242 Å² / B_iso min: 11.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→26.846 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4140	0	0	167	4307

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4202
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.117	5670
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	679
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	714
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.079	1601

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2-2.2786	0.3231	128	0.2296	2493	2621	97
2.2786-2.3698	0.3233	113	0.2142	2506	2619	98
2.3698-2.4776	0.2619	115	0.2022	2543	2658	98
2.4776-2.6081	0.2881	160	0.1997	2477	2637	98
2.6081-2.7714	0.2938	127	0.2087	2538	2665	99
2.7714-2.9851	0.293	136	0.2004	2538	2674	99
2.9851-3.285	0.243	144	0.192	2523	2667	99
3.285-3.7593	0.2694	148	0.1687	2526	2674	99
3.7593-4.7321	0.1722	141	0.1323	2523	2664	99
4.7321-26.8482	0.1756	123	0.1537	2404	2527	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7312	-1.4903	0.2984	8.0425	-5.9516	7.6495	0.0945	0.4608	-0.2117	-0.5541	0.1305	0.8746	0.7705	-0.1388	-0.2524	0.2612	-0.007	-0.0449	0.3461	-0.0838	0.3164	25.8776	-34.5588	-24.919
2	3.0568	0.6125	-0.8136	3.1048	-0.8958	4.2991	-0.1155	0.0867	0.1316	0.0568	0.2506	0.2748	0.1016	-0.1825	-0.144	0.1331	0.0159	-0.0014	0.2166	0.0342	0.1703	29.613	-23.6876	-19.3343
3	3.9352	-1.0558	-0.0567	2.9669	-0.8216	5.958	-0.2551	-0.4868	-0.0243	0.3217	0.1537	0.0893	0.4969	0.2644	0.1213	0.1396	0.0087	-0.0019	0.2208	0.0119	0.2023	35.0438	-30.941	-12.4981
4	2.8847	0.1628	-1.4321	3.1667	-0.6061	4.4394	-0.0146	-0.038	0.1729	0.0576	0.1304	0.1444	-0.1493	0.0493	-0.1254	0.1122	0.0374	-0.013	0.2131	0.0161	0.1774	31.1334	-22.6662	-21.4705
5	3.542	1.2406	1.4007	7.0836	5.9194	9.841	0.0523	0.2447	-0.0037	0.1564	-0.3383	-0.4033	-0.3134	0.4198	0.291	0.2606	0.0015	-0.017	0.2238	0.1033	0.3561	21.2038	-1.012	-48.5409
6	2.6349	0.1039	0.4712	2.4616	-0.9461	3.427	0.293	0.0229	-0.4967	0.2574	-0.035	-0.2229	0.2668	0.1475	-0.227	0.3009	0.0094	-0.0444	0.1388	0.001	0.345	13.322	-9.0223	-43.0726
7	2.3325	-0.9634	-0.9318	1.7941	0.8229	6.6158	-0.0881	-0.0764	-0.0772	0.2125	0.0484	-0.1891	-0.4819	-0.1687	0.0175	0.1812	-0.0107	-0.0231	0.1199	0.0207	0.2413	11.2966	-0.5476	-36.3207
8	3.0286	-0.7471	1.244	1.4415	0.3421	4.657	-0.0266	0.2013	-0.2325	0.1215	0.0039	0.0587	0.11	-0.1211	-0.0006	0.2385	-0.0032	-0.0162	0.1132	0.0443	0.3148	11.3133	-9.5551	-45.2737
9	2.4408	0.2269	-0.4577	2.7819	-0.8352	3.1678	0.1648	-0.2025	0.2521	0.1795	-0.0207	-0.0738	-0.4419	0.1068	-0.1388	0.2184	-0.0042	0.0481	0.1376	-0.0328	0.2328	-0.2141	-35.4419	-45.1372
10	3.0904	-1.3471	2.2211	2.504	-0.9156	6.8502	0.2376	0.3713	0.0869	-0.3102	-0.2805	-0.0879	-0.0729	0.4314	0.0933	0.2128	-0.0125	0.0603	0.1597	-0.0085	0.2859	1.2689	-41.4775	-55.2777
11	2.6519	0.8413	-1.0067	4.3693	-2.6262	4.8654	0.1351	-0.0252	-0.0427	0.0526	0.1019	0.163	-0.0732	-0.1852	-0.3296	0.186	0.0281	0.0365	0.1569	-0.0044	0.244	-5.5429	-37.4672	-43.7586

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain C and (resid 48 through 75 )	C
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain C and (resid 76 through 121 )	C
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C and (resid 122 through 177 )	C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain C and (resid 178 through 230 )	C
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and (resid 48 through 75 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and (resid 76 through 121 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain B and (resid 122 through 177 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain B and (resid 178 through 230 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain A and (resid 47 through 121 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain A and (resid 122 through 183 )	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain A and (resid 184 through 230 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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