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- PDB-6x90: Structure of the guanine nucleotide exchange factor Sec12 bound t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x90
タイトルStructure of the guanine nucleotide exchange factor Sec12 bound to the small GTPase Sar1
要素
  • Guanine nucleotide-exchange factor SEC12
  • Small COPII coat GTPase SAR1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Endoplasmic reticulum / GTPase / exchange factor / membrane trafficking
機能・相同性
機能・相同性情報


Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Cargo concentration in the ER / regulation of COPII vesicle coating / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / COPII-mediated vesicle transport / nuclear envelope organization / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / vesicle organization / COPII vesicle coat ...Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Cargo concentration in the ER / regulation of COPII vesicle coating / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / COPII-mediated vesicle transport / nuclear envelope organization / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / vesicle organization / COPII vesicle coat / membrane organization / mitochondrial fission / mitochondrial membrane organization / endoplasmic reticulum exit site / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / intracellular protein transport / protein transport / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Golgi membrane / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Guanine nucleotide-exchange factor Sec12-like / Small GTPase SAR1 domain profile. / Small GTPase superfamily, SAR1-type / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTP-binding protein domain / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats ...Guanine nucleotide-exchange factor Sec12-like / Small GTPase SAR1 domain profile. / Small GTPase superfamily, SAR1-type / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTP-binding protein domain / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Guanine nucleotide-exchange factor SEC12 / Small COPII coat GTPase SAR1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Joiner, A.M.N. / Fromme, J.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM098621 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Structural basis for the initiation of COPII vesicle biogenesis.
著者: Joiner, A.M.N. / Fromme, J.C.
履歴
登録2020年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Guanine nucleotide-exchange factor SEC12
A: Small COPII coat GTPase SAR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0053
ポリマ－58,9662
非ポリマー391
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area20780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.333, 93.620, 115.423
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-exchange factor SEC12 / Protein transport protein SEC12


分子量: 39369.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SEC12, SED2, YNR026C, N3244 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P11655
#2: タンパク質 Small COPII coat GTPase SAR1 / GTP-binding protein SAR1 / Secretion-associated RAS-related protein 1


分子量: 19596.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SAR1, YPL218W / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P20606, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 5mg/mL protein, 100mM MES pH6.5, 30% PEG 5000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→57.71 Å / Num. obs: 20215 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 49.22 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 2.26→2.33 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.741 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1012 / CC1/2: 0.854 / Rpim(I) all: 0.313 / Rrim(I) all: 0.806 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
STARANISOデータスケーリング
Cootモデル構築
PHENIX1.18.2_3874+SVN精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4H5I, 1F6B

4h5i

1f6b


解像度: 2.26→57.71 Å / SU ML: 0.3257 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 32.2202
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2556 922 4.56 %
Rwork0.1986 19282 -
obs0.2013 20204 76.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 66.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→57.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3753 0 1 72 3826
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00523814
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7845155
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0527606
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041656
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.63861393
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.26-2.380.3465780.29411580X-RAY DIFFRACTION44.82
2.38-2.520.3615880.27451841X-RAY DIFFRACTION51.88
2.52-2.720.3602830.26992229X-RAY DIFFRACTION62.59
2.72-2.990.26841220.26972789X-RAY DIFFRACTION78.04
2.99-3.430.30681600.22883490X-RAY DIFFRACTION97.02
3.43-4.320.25051810.18143602X-RAY DIFFRACTION99.58
4.32-57.710.21922100.1653751X-RAY DIFFRACTION99.62
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.69361048556-0.3534647644660.2306869426795.35552386624-1.262113022763.864480917350.07723542277270.0306793192476-0.136259493695-0.141736923450.2025711813641.43562456065-0.0295951353849-0.976380996652-0.2543575482860.299411411082-0.0330723184183-0.004433089829280.565669823664-0.03475577365550.654693002281112.18444548912.974488119331.1093722341
22.698214851470.8757786595880.09963231580245.995197741260.3222478767075.604440614380.0588248720760.606256314018-0.0520542645835-1.37642143849-0.02760743145630.2906222479970.259177554746-0.344527932753-0.04092090917810.5842448674440.0568087199798-0.07757261751240.424017180535-0.005569618314640.395859316907123.54455667917.144529442415.1442360393
35.080448023222.15214618663-2.615509135863.4264278386-0.2381008958845.745507945770.415581924984-0.05558014655671.141164761831.342940640750.4043230127890.687077746932-1.25991942108-0.863145589284-0.6789050144190.7015905793880.1302099622080.1148656113130.3744775410540.005769608812560.459620273478125.06593348820.775352743851.1882098436
47.65756642639-2.50134913484-0.4150210851974.853447325460.4563633195218.511749700420.510280161423-0.9739264041991.850032136491.50903907888-0.6450620744930.00440452044321-1.38983814356-0.6089705127420.0827859468120.776693935319-0.008936293021770.1556306040690.463807154464-0.1508073667270.658591482889128.63226034426.109710572646.9888282149
52.2616832108-0.1397493260312.978216765418.14926450316-4.72826573046.12559731688-0.1334642906430.0535660110392-0.09038448342360.3016444450880.0744727666958-0.08516031615280.1221145800490.1305993483660.1234705471060.2197742434950.05315160849130.06155322130140.313442613265-0.08162975433020.320892186136130.61481353213.657086843441.1364936724
68.430632296040.202360378058-5.215073622756.61530659634-2.192317034059.961734191880.09065309960890.162250853228-1.047038043380.1613690646-0.236379844671-0.3214377410261.107641355730.578576961171-0.1404861113650.4595407147170.0957391964205-0.1438243958860.418866399566-0.07664930095140.530032519942133.4354253376.9377377809347.708054681
77.70715202324-2.63302863785-3.164605198139.425438773761.88915285154.83566979772-0.162976825461-1.43072493097-0.09146269883611.258191350560.346145557454-0.464504329801-0.05483664313240.965820734454-0.1796890427650.57080558481-0.0422910420006-0.09017069062960.607379474248-0.00489168405930.356970057537134.67613187914.403078132459.1636997574
88.87768756913.67156848793-2.155350472038.965119809790.43611068261210.00055481270.69802317333-0.3641887099150.4570739422120.543407759084-0.3249264101510.222774029814-2.242359533681.03944665567-0.5846907066331.03948547891-0.0981468068309-0.1101914410610.553166452944-0.1137942203960.435614453407140.75266495926.060967449951.2624347912
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 1 through 144 )BA1 - 1441 - 144
22chain 'B' and (resid 145 through 344 )BA145 - 344145 - 344
33chain 'A' and (resid 24 through 44 )AC24 - 441 - 21
44chain 'A' and (resid 45 through 76 )AC45 - 7622 - 34
55chain 'A' and (resid 77 through 102 )AC77 - 10235 - 60
66chain 'A' and (resid 103 through 125 )AC103 - 12561 - 83
77chain 'A' and (resid 126 through 178 )AC126 - 17884 - 126
88chain 'A' and (resid 179 through 193 )AC179 - 193127 - 141

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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