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- PDB-2zat: Crystal structure of a mammalian reductase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zat
タイトルCrystal structure of a mammalian reductase
要素Dehydrogenase/reductase SDR family member 4
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALPHA/BETA
機能・相同性
機能・相同性情報


RA biosynthesis pathway / 3-beta-hydroxysteroid 3-dehydrogenase (NADP+) activity / Peroxisomal protein import / carbonyl reductase (NADPH) / carbonyl reductase (NADPH) activity / ketone metabolic process / retinal metabolic process / NADP-retinol dehydrogenase / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity / steroid metabolic process ...RA biosynthesis pathway / 3-beta-hydroxysteroid 3-dehydrogenase (NADP+) activity / Peroxisomal protein import / carbonyl reductase (NADPH) / carbonyl reductase (NADPH) activity / ketone metabolic process / retinal metabolic process / NADP-retinol dehydrogenase / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity / steroid metabolic process / retinoid metabolic process / peroxisome / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Dehydrogenase/reductase SDR family member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Tanaka, N. / Aoki, K. / Nakamura, K.T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Molecular basis for peroxisomal localization of tetrameric carbonyl reductase.
著者: Tanaka, N. / Aoki, K. / Ishikura, S. / Nagano, M. / Imamura, Y. / Hara, A. / Nakamura, K.T.
履歴
登録2007年10月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dehydrogenase/reductase SDR family member 4
B: Dehydrogenase/reductase SDR family member 4
C: Dehydrogenase/reductase SDR family member 4
D: Dehydrogenase/reductase SDR family member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,2108
ポリマ－111,2364
非ポリマー2,9744
水13,908772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18170 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area33340 Å2
手法PISA
2
A: Dehydrogenase/reductase SDR family member 4
D: Dehydrogenase/reductase SDR family member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1054
ポリマ－55,6182
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5530 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area20150 Å2
手法PISA
3
B: Dehydrogenase/reductase SDR family member 4
C: Dehydrogenase/reductase SDR family member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1054
ポリマ－55,6182
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5470 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area20360 Å2
手法PISA
4
C: Dehydrogenase/reductase SDR family member 4
D: Dehydrogenase/reductase SDR family member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1054
ポリマ－55,6182
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5440 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area20350 Å2
手法PISA
5
A: Dehydrogenase/reductase SDR family member 4
B: Dehydrogenase/reductase SDR family member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1054
ポリマ－55,6182
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5410 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area20320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.612, 109.612, 94.308
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number77
Space group name H-MP42

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要素

#1: タンパク質
Dehydrogenase/reductase SDR family member 4 / NADPH-dependent carbonyl reductase/NADP-retinol dehydrogenase / CR / PHCR / Peroxisomal short-chain ...NADPH-dependent carbonyl reductase/NADP-retinol dehydrogenase / CR / PHCR / Peroxisomal short-chain alcohol dehydrogenase / NADPH-dependent retinol dehydrogenase/reductase / NDRD


分子量: 27809.072 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / プラスミド: pCR T7/CT TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8WNV7, carbonyl reductase (NADPH)
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 772 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.2M sodium acetate, 20%(v/v) glycerol, 0.1M Hepes/NaOH buffer, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→40 Å / Num. obs: 176173 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 13.7 Å2 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.297 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CYD

1cyd


解像度: 1.5→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 0.987 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.187 8816 5 %RANDOM
Rwork0.161 ---
obs0.162 167340 99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7516 0 192 772 8480
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0217828
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027336
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.541.99610652
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.856317016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.47351000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.21280
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028572
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021432
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.21628
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2430.28839
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.24885
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2563
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3080.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2590.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2240.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9291.54964
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.73327996
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.51232864
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1744.52656
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.219 614
Rwork0.199 12265

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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