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- PDB-1cyd: CARBONYL REDUCTASE COMPLEXED WITH NADPH AND 2-PROPANOL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cyd
タイトルCARBONYL REDUCTASE COMPLEXED WITH NADPH AND 2-PROPANOL
要素CARBONYL REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


carbonyl reductase (NADPH) / carbonyl reductase (NADPH) activity / : / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Chem-NDP / Carbonyl reductase [NADPH] 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Tanaka, N. / Nonaka, T. / Mitsui, Y.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of the ternary complex of mouse lung carbonyl reductase at 1.8 A resolution: the structural origin of coenzyme specificity in the short-chain dehydrogenase/reductase family.
著者: Tanaka, N. / Nonaka, T. / Nakanishi, M. / Deyashiki, Y. / Hara, A. / Mitsui, Y.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystallization of Mouse Lung Carbonyl Reductase Complexed with Nadph and Analysis of Symmetry of its Tetrameric Molecule
著者: Tanaka, N. / Nonaka, T. / Nakanishi, M. / Deyashiki, Y. / Hara, A. / Mitsui, Y.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1995
タイトル: Cloning, Expression and Tissue Distribution of Mouse Tetrameric Carbonyl Reductase. Identity with an Adipocyte 27-kDa Protein
著者: Nakanishi, M. / Deyashiki, Y. / Ohshima, K. / Hara, A.
履歴
登録1995年9月1日処理サイト: BNL
改定 1.01996年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年12月4日Group: Non-polymer description
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBONYL REDUCTASE
B: CARBONYL REDUCTASE
C: CARBONYL REDUCTASE
D: CARBONYL REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,17912
ポリマ－103,9574
非ポリマー3,2228
水10,449580
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18860 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area29860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.730, 105.500, 60.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.40641, 0.912979, -0.036055), (0.913238, -0.407134, -0.015429), (-0.028786, -0.026656, -0.999231)11.7812, -17.0202, 33.2416
2given(-1, 0.000319, -0.000173), (-0.00033, -0.997311, 0.073285), (-0.000149, 0.073285, 0.997311)38.4974, -0.7571, 0.0132
3given(-0.406457, -0.91301, 0.034729), (-0.913232, 0.404792, -0.046373), (0.028281, -0.050564, -0.99832)26.6433, 18.4725, 32.1171

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要素

#1: タンパク質
CARBONYL REDUCTASE


分子量: 25989.178 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
詳細: THIS PROTEIN IS IDENTICAL WITH AN ADIPOCYTE 27-KDA PROTEIN
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: EPITHELIAL CELL / 器官: LUNG / Organelle: MITOCHONDRION / 株: DDY MICE / 組織: EPITHELIAL / 参照: UniProt: P08074, carbonyl reductase (NADPH)
#2: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 580 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlMLCR1drop
2200 mM1dropNaCl
32 mg/mlNADPH1drop
420 mMTris1drop
517 %(w/v)PEG40001reservoir
6200 mM1reservoirNaOAc
79 %(v/v)2-propanol1reservoir
8100 mMHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1
検出器タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1994年3月3日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→79.1 Å / Num. obs: 67478 / % possible obs: 72.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.063
反射
*PLUS
最低解像度: 79 Å / Num. measured all: 224849
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 2 Å / % possible obs: 49.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
WEISデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 1.8→10 Å / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 -10 %
Rwork0.154 --
obs0.154 66795 72.2 %
原子変位パラメータBiso mean: 14.09 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7200 0 208 580 7988
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.515
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d20
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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