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- PDB-6x1s: Structure of pHis Fab (SC1-1) in complex with pHis mimetic peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x1s
タイトルStructure of pHis Fab (SC1-1) in complex with pHis mimetic peptide
要素
  • NM23-1-pTza peptide
  • SC1-1 Heavy chain
  • SC1-1 Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Anti-phosphohistidine antibody / post-translational modification
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Kalagiri, R. / Stanfield, R.L. / Wilson, I.A. / Hunter, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Structural basis for differential recognition of phosphohistidine-containing peptides by 1-pHis and 3-pHis monoclonal antibodies.
著者: Kalagiri, R. / Stanfield, R.L. / Meisenhelder, J. / La Clair, J.J. / Fuhs, S.R. / Wilson, I.A. / Hunter, T.
履歴
登録2020年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: SC1-1 Heavy chain
L: SC1-1 Light chain
A: SC1-1 Heavy chain
B: SC1-1 Light chain
C: SC1-1 Heavy chain
D: SC1-1 Light chain
E: SC1-1 Heavy chain
F: SC1-1 Light chain
G: NM23-1-pTza peptide
I: NM23-1-pTza peptide
J: NM23-1-pTza peptide
K: NM23-1-pTza peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,96123
ポリマ－190,72712
非ポリマー1,23411
水18,5011027
1
H: SC1-1 Heavy chain
L: SC1-1 Light chain
I: NM23-1-pTza peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0146
ポリマ－47,6823
非ポリマー3323
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: SC1-1 Heavy chain
B: SC1-1 Light chain
K: NM23-1-pTza peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0366
ポリマ－47,6823
非ポリマー3553
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: SC1-1 Heavy chain
D: SC1-1 Light chain
J: NM23-1-pTza peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8965
ポリマ－47,6823
非ポリマー2142
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
E: SC1-1 Heavy chain
F: SC1-1 Light chain
G: NM23-1-pTza peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0146
ポリマ－47,6823
非ポリマー3323
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.790, 72.251, 156.747
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.830, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 4分子 GIJK

#3: タンパク質・ペプチド
NM23-1-pTza peptide


分子量: 1080.030 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
抗体 , 2種, 8分子 HACELBDF

#1: 抗体
SC1-1 Heavy chain


分子量: 23908.674 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
SC1-1 Light chain


分子量: 22693.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 1038分子

#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1027 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.29
詳細: 35 % 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M MES pH 6.29, 0.2 M Lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03315 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03315 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→46.72 Å / Num. obs: 230655 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / CC1/2: 0.856 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.126 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 1.3 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 11403 / CC1/2: 0.374 / Rpim(I) all: 0.613 / Rrim(I) all: 1.44 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5dtf

5dtf


解像度: 1.65→46.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2257 11408 4.9 %RANDOM
Rwork0.1999 ---
obs0.2012 219191 98.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 107.38 Å2 / Biso mean: 23.44 Å2 / Biso min: 10.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20 Å2-0.46 Å2
2---0.92 Å20 Å2
3---0.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→46.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12962 0 239 1027 14228
Biso mean--31.48 30.29 -
残基数----1739
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01313571
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0360.01712163
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8151.66218682
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.41.5728426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0675.0051829
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.9822.894501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.93152027
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4361549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21970
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215123
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.022624
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.042.4527106
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.042.4517105
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8943.6548870
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.689 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 722 -
Rwork0.328 13799 -
obs--84.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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